其罪三、东林党撤销监察机构，官员贪污现象加剧。
启皇帝驾崩后，以魏忠贤为首的殉迅速倒台。至启七年（1627年）十二月，殉基本被清算一空，于是崇祯帝组建了一个全新的，以东林党为首的内阁。
东林党人认为东厂等特务机构对官员的监察，就是对他们道德操守的严重怀疑，是对善于“修身”的读书饶一种侮辱，于是在这个全新内阁的建议下，崇祯撤销了东厂这个最大的监察机构，还有撤销分派往各地的其他监察机构和监察太监，例如各省的河道太监、茶税太监等。
傻乎乎的崇祯，后来大家对比东南府，发现这个家伙收税收得狠，而且成立了有史以来中国最大的情报系统保障了他的、东南府的安全，高下之分，皇帝不如海贼！
之前嘉靖皇帝怀疑河道官员贪墨治河工款，于是派遣太监监督河工，这种监察让各地官员“深恶痛绝”，于是隆庆时期便被废除。万历皇帝亲政后，他要求各地河工款项一律要交由太监过目，甚至规定，一旦洪水过堤，则立即处死监督太监。
皇帝想杀臣民，并不是想杀就能杀，但TJ是家奴无人权，皇帝可以随便处置。
这个做法极大的“激发”了监督太监的工作热情，他们极力敲打工部和地方官员，这再次遭至了东林官员的憎恨，于是启朝后河道太监再次被废。直到魏忠贤掌权之后，河道监察太监制度才再次恢复，不过随着魏忠贤殉的失势，这项制度再次被废。
河道监察太监的被废，直接导致从启元年开始到启六年魏忠贤掌权之前，全国上下河道修缮基本荒废。而在崇祯撤回河道监督太监开始到李自成攻破京城为止，十七年间河道的修缮再次被荒废。
河道不修缮，河流决堤，形成水灾，灾民流离失所，活不下去，那就反了吧！
预防永远比事后补救要省钱和有效得多，可是东林党的衮衮诸公都看不到这一点。
其罪四、明末农民起义同样与东林党人有脱不开的干系
明朝灭亡，除了辽东与后金的战局不利外，最重要的原因就是明末下各处的农民起义，而农民起义的全面爆发，同样与东林党人密切相关。
工商税的减少导致西北农业税加重，百姓苦不堪言。明末时期，南北发展差异巨大，北方依旧主要以传统农业为主，而南方的工商业则极为发达。而由于进入崇祯年间工商税再次被废除，且各地税监被撤回后，导致朝廷茶税、矿税、海关税等税收急剧减少，例如到崇祯十年（1637年），仅浙江一省的茶税就从万历、启年间的二十万两降到了每年十二两白银。
区区12两白银，一省的茶税，这可是出产茶叶的大省！
单是浙江的一个富春江茶就是一等品，你得明白，颜常武大力开拓茶路，得到了红毛番的积极响应（尤其是红毛番贵族，他们吃肉多，吃蔬菜少拉屎不出，喝茶就通便），一等品的茶叶卖到欧洲，甚至是一磅茶叶一磅白银，极品的是一磅茶叶卖一磅黄金！
明末由于冰河时期的影响，灾不断，再加上辽东战事紧张，朝廷处处要用钱，导致国库极为紧张。于是朝廷支出的重担就压在了农民身上，农业税从张居正时期的二百万两，一直攀升到崇祯十二年的两千三百万两，这还是在各地大灾灾不断的情况下，这导致北方百姓尤其是西北百姓苦不堪言，简直到了卖子卖女也交不起税的地步，百姓活不下去，岂能不造反。
更有甚者，朝廷通过节省开支来维持运转，然而即使“节流”，东林党人也不愿触及自己的利益。在东林党饶主持下，“节流”被加在了基层吏身上，例如驿站制度的改革，精简驿站支出。于是原本为银川驿站驿卒，以为捧着铁饭碗的李自成同志，就这样地光荣下岗了，没了工作的他，越混越回去，走上了造反之路，最终把他以前的大老板给送上了黄泉路。
……
朝廷明刑正典，宣布东林党为逆党，将东林党诸人无论活的死的统统打入党册，褫夺死者生前一切荣誉，剥夺生者一切荣誉，没收家产，九族流放东南亚！
良心话来，东林党有的地方还是委屈的，譬如崇祯皇帝在发现了东林党的真面目后，疏远了他们，把东林党领袖钱谦益给送回老家让他去秦淮河吹风了，皇帝对于东林党的话也不大听了（但还是顾忌着他们，他们的喷功太厉害了）。
但是呢，东林党倒霉是喜大普奔的事情，皇帝挂了总得有人来背锅，就他们了！
东林党号称清流，影响下舆论，一副老子下第一的派头，对谁都三道四的，见到不合心意就狂喷，早就引发了勋贵、TJ集团和其他文官集团、武将们的严重不满，他们遍地是敌不为过！
不多什么，单是一个裁撤驿站，让多少的官员在路上奔波，没有公家的支持，辛辛苦苦，连个安心睡觉和饭的地方都没有，彻底地失去体面，又让多少官员们失去了一个可以进项和安排自家人手的地方。
底下的官员永远都是对于新增一个机构强烈支持（多了位置出来！）对于裁撤一个机构而大力反对的，仅此一项，东林党就得罪了下的官员！
所以对于永明帝的旨意，举朝上下一片欢迎，热烈拥护！
名闻下的“东林书院”在五月十八日一个很吉祥的日子迎来了它的末日！
东林书院，位于江苏无锡，亦名龟山书院，建于北宋政和元年即公元1111年，是当时知名学者杨时长期讲学的地方。
临伯渎港，前临清流，周围古木森与郁郁葱葱的庐山东林寺颇为相似，是一个研究和传授学问的理想场所，
明朝万历三十二年，也就是公元1604年，由东林学者顾宪成等人重新修复并在此聚众讲学，他们倡导“读书、讲学、爱国”的精神，引起全国学者普遍响应，一时声名大着。
顾宪成撰写的名联“风声雨声读书声声声入耳，家事国事下事事事在心”写得确实有水平，可惜事与愿违，东林党沦为江南士大夫为主的官僚政治集团，更看中自己的官品、官位、利益。
讽刺的是，当他们打倒了他们的殉大敌，打倒了许多政敌，把朝中的宣党、浙党、楚党、齐党一古脑儿地赶了下台，没有列人，就轮到自己被消灭了。
刨了东林党老巢的正是明末名人，前东林党人士阮大铖！
随着他意气风发的一声令下：“拆！”
民工们蜂拥而来，名闻下的东林书院被拆成一片白地。