在与未知文明共同战胜邪恶组织后，联合舰队在宇宙中的声望达到了新的高峰。然而，和平的时光总是短暂，新的威胁在宇宙的深渊中悄然觉醒。
一股神秘的黑暗力量在遥远的星系中聚集，形成了一个强大的黑暗军团。他们拥有着能够扭曲时空的超级武器，以及无数经过基因改造的恐怖生物战士。
联合舰队立即进入最高战备状态，全力投入到装备升级和火力进化的工作中。科学家们日夜奋战，结合从各个文明获取的先进技术，研发出了新一代的“量子脉冲炮”，其威力比之前的“星辰毁灭炮”提升了数倍。同时，还制造出了“灵能护盾发生器”，能够有效地抵御黑暗军团的时空扭曲攻击。
在大规模战场模式的规划上，联合舰队采用了全新的战术布局。将舰队分为多个战斗群，每个战斗群都配备了不同类型的战舰，包括火力输出型、防御支援型和灵活突击型。并且，利用先进的人工智能系统实现了舰队之间的无缝协同作战。
当联合舰队抵达黑暗军团所在的星系时，眼前的景象令人震撼。无数巨大的黑色战舰排列成复杂的阵列，周围的星空被扭曲得不成样子。
战斗瞬间打响，联合舰队的量子脉冲炮齐射，一道道璀璨的能量光束划过星空，照亮了黑暗的宇宙。黑暗军团也展开反击，他们发射出时空扭曲波束，试图打乱联合舰队的阵型。
在激烈的交火中，双方的战舰不断爆炸，化作一团团绚烂的烟火。联合舰队的突击型战舰如闪电般冲向敌人，利用灵活的机动性避开敌人的攻击，并对其关键部位进行精准打击。
战场上，修仙者们施展出强大的仙法，召唤出巨大的灵剑，从远处对黑暗军团的战舰进行攻击。火影们则使用各种强大的忍术，制造出巨大的查克拉风暴，席卷敌人的防线。
然而，黑暗军团也并非等闲之辈。他们派出了一种能够自我复制的金属生物，这些生物迅速附着在联合舰队的战舰上，试图破坏战舰的结构。
联合舰队立刻启动了新型的“电磁脉冲装置”，将这些金属生物瞬间消灭。同时，生物能量文明派出了强大的能量巨兽，它们冲入敌阵，释放出狂暴的能量波，给黑暗军团造成了巨大的混乱。
随着战斗的进行，联合舰队逐渐占据了上风。但就在这时，黑暗军团启动了他们的秘密武器——“黑洞炸弹”。这种炸弹能够制造出小型黑洞，对周围的一切进行吞噬。
联合舰队面临着巨大的危机，主角果断下令，所有战舰集中火力，对黑洞炸弹进行攻击。在千钧一发之际，联合舰队成功摧毁了黑洞炸弹，避免了一场毁灭性的灾难。
经过漫长而激烈的战斗，联合舰队终于彻底击败了黑暗军团。宇宙星空再次恢复了平静，联合舰队的名字成为了和平与希望的象征。
但他们知道，宇宙的征程永无止境，未来还会有更多的挑战等待着他们去面对和征服……