在与伊布四兄弟依依惜别之后，小智、子麟一行人继续踏上了旅程，不料在途中遭遇了贪吃的卡比兽挡道，随后他们又巧妙地解决了卡兹道馆与亚斯道馆之间的纷争，在之后又奇遇超古代宝可梦，以及一个极为可怕的胖丁。就这样，一行人带着种种经历，来到了风光旖旎的大傻谷。
数日之后，小智、子麟等人抵达了大傻谷——这个因壮丽的大溪谷景色而闻名遐迩的地方。然而，映入眼帘的并非想象中的绝美风光，而是满目的石堆。正当众人疑惑之际，只见浩浩荡荡的人群，少说也有百余人，皆身着登山装，背负登山包，头戴安全帽，手持镐子，成群结队地涌入大傻谷。
“这些人究竟在做什么？”小霞好奇地问道。
“大傻谷，究竟发生了什么事情？”小智也满心疑惑。
就在这时，身后突然传来一个熟悉的声音：“不会吧，你连这种大事都不知道？”众人转身一看，只见全副武装的小茂不知何时已站在了他们身后。
“啊哈哈哈，好久不见，小智、子麟，还有大家。”小茂热情地打招呼。
“你为什么打扮成这样？”小智不解地问。
“因为这里发现了已经绝种的神奇宝贝化石，所以大家都兴奋地前来寻找。”小茂解释道。
“神奇宝贝化石？”小智更加好奇了。
然而，小智的话还未说完，就听到远处传来阵阵加油声：“小茂加油，小茂加油，小茂小茂一级棒！”小茂高兴地回应着，并向那些为他加油的“女朋友们”挥手致意。这一幕，直接让在场的众人震惊不已，尤其是子麟，心中暗想：小茂还是那么不成熟啊。
“不行，再聊下去，重要的化石就要被别人挖走了。”小茂急切地说，“所以，我现在很忙，没时间和吊车尾闲聊了。对了，子麟，你也赶紧去挖化石吧。”
“什么？你说谁是吊车尾？”小智一听，顿时火冒三丈，幸好小霞和小刚及时拉住了他。
“既然这样，我要比小茂那家伙更快找到神奇宝贝化石，让他知道我的厉害！”小智愤愤不平地说。
“可是我觉得这么做，就是故意去吵醒那些变成化石、沉睡在地底的古代神奇宝贝呀。”小刚提出异议。
“可是寻找数万年前就灭绝的神奇宝贝化石，不是很浪漫吗？”小霞反驳道。
“是啊，是啊，我们也很想看看关东的化石神奇宝贝呢。”巴贝娜和荷莲娜附和道。
“那……那个，我……我也……”小春也弱弱地表达了自己的意愿。
经过一番商量，最终少数服从多数，小刚妥协了。不过，他还是问了子麟一句：“子麟，你怎么看？”
闻言，众人的目光再次聚焦在子麟身上。现在在队伍中，子麟的决定通常都很有权威性和关键性。面对大家的目光，子麟平静地说：“去看看吧，如果出了什么问题，我和小智会保护好大家的，不是吗？”
小智也坚定地表示：“没错，子麟说得对，我们会保护好大家的。”
“哦耶，太棒了”x4四位女孩子闻言，脸上绽放出灿烂的笑容，欢呼声此起彼伏。
见此情景，小刚也只能无奈地摇了摇头，默许了大家的决定。
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“真是的，就这么点工具竟然要我们花这么多钱，这商家也太黑了吧！”子麟刚走出店铺就忍不住抱怨起来。
小刚无奈地摇了摇头：“唉，这也是没办法的事。最近大傻谷挖化石的人这么多，商家看到商机，涨价也是情理之中的。”
就在这时，小智却已经迫不及待地急匆匆地跑了出去：“哎呀，你们两个别聊了，小茂都快把化石挖光了，我先走一步了！”
“小智，你别这么着急啊！”小霞和小刚连忙追了上去。
巴贝娜和荷莲娜看着子麟，有些不知所措：“那我们接下来该怎么办，子麟……大人？”小春则目不转睛地盯着子麟，似乎在等待他的指示。
子麟无奈地笑了笑：“我不是说过很多次了吗？不要这么叫我，直接叫我子麟就好了。”
巴贝娜和荷莲娜调皮地扮了个鬼脸，舌头轻轻吐出：“哈哈哈，这样称呼多有趣呢。我就这么叫了，子麟大人？子麟大人？子麟大人……”她们边说边笑，嬉闹着跟了上去。
子麟无奈地摇了摇头，带着小春也跟了上去。他心里暗想：或许，在这个世界上，也只有巴贝娜和荷莲娜敢这样和我开玩笑了吧。不过，这样的氛围还真不错。
另一边，小茂加入了化石挖掘的行列，很快就有了收获。他兴奋地捡起一块化石，高声宣布：“成功了，我得到宝可梦的化石了！”
“耶，小茂加油，小茂加油，小茂小茂最棒，耶！”几个女粉丝为他呐喊助威。
恰好此时，子麟一行人经过，小茂迫不及待地向他们炫耀：“子麟，你看，我得到神奇宝贝的化石了！怎么样，厉害吧？”然而，他还没等子麟一行人开口，又继续说道：“哈哈哈，你别羡慕，我马上找人研究一下，看看是谁的化石，再来告诉你。”
很快，一位考古专家从小茂手中接过化石，用放大镜仔细研究。
“怎么样啊？我第一次挖就挖到了！对了，你知道这是哪种宝可梦的化石吗？我和我的朋友们都等着呢！”小茂一脸得意。
“这个是……这个是宝可梦粪便的化石。”专家的话让小茂差点晕倒。
“讨厌，大便啊！”几个女粉丝失望地喊道。
巴贝娜、荷莲娜和小春听到后，忍不住捧腹大笑：“哈哈哈，他还在我们面前炫耀呢，原来挖到的是大便啊！”
小茂的脸瞬间涨得通红，不甘示弱地喊道：“别小看我！我很快就会挖到真正的化石的！”
正当子麟想充当和事佬，调解双方的矛盾时，远方突然传来一声巨响“砰——”，紧接着地表开始剧烈震动。几人心中一惊：难道是地震？
还没来得及多想，他们就因为地表塌陷而掉了下去。
“啊啊啊啊，子麟大人救我！”巴贝娜和荷莲娜惊慌失措地呼救。
“呜呜呜，子麟……”小春也害怕地哭了起来。
“别怕！我来救你们！哈克龙，去救巴贝娜荷莲娜。比雕，去救小春。甲贺忍蛙，抱住我。”子麟迅速抛出三道精灵球。三道白光闪过，比雕、哈克龙和甲贺忍蛙立刻行动起来。
很快，大家平安落地。巴贝娜和荷莲娜骑在哈克龙的背上，小春坐在比雕的背上，而子麟则与甲贺忍蛙勾肩搭背，稳稳地跳了下来。
“怎么样？你们没事吧？”子麟关切地问道。
三人纷纷摇头，齐声回答：“我们没事。”
“没事就好，不过我们这是掉到哪里了？”子麟环顾四周，疑惑不解。
话音刚落，远方黑影一闪，紧接着一个熟悉的声音传来：“看来，我们是掉进谷底了，不过万幸的是我还遇见了你们。”
来人正是小茂，他的身边跟着那只已进化为水箭龟的杰尼龟。
“小茂，你也掉下来了？这是当初的那只杰尼龟吗？”子麟惊讶地问道。
“嗯，是的。不过我觉得在我们找到出去的路之前，最好还是暂时在一起行动吧。”小茂提议道。
“嗯，说得对，人多力量大。”子麟点头赞同。
小茂的加入让三个女孩子更加信心满满。一行人边走边找出口，很快来到洞穴中一处较为空旷的地方，决定稍作休息。
就在这时，十几个小红点突然在几人周围的黑暗中浮现。
“那是什么啊？”巴贝娜好奇地问道。
“是灯吗？但这么暗的洞穴里怎么会有灯呢？难道这里还有人居住？”荷莲娜猜测道。
“不对！那不是灯，是宝可梦的眼睛！”子麟警觉地高呼。
随着几只宝可梦逐渐靠近，几人才看清它们的模样：两只镰刀盔、两只化石盔、两只多刺菊石兽和两只菊石兽。
“那是什么宝可梦啊？”小春不解地问道。
“是镰刀盔、化石盔、菊石兽和多刺菊石兽。这些都是被认为早在几万年前就已经灭绝了的宝可梦啊。”小茂作为大木博士的孙子，自然对这些宝可梦了如指掌，此刻眼中闪烁着激动的光芒。
“子麟，你要不要试试收服它们？”小茂虽然很想收服这些活化石般的宝可梦，但还是顾及到朋友的感受，礼貌地问道。
“不了不了，我最近收服的宝可梦已经够多了，暂时不想再收服了。”子麟婉拒道。
同时摸了摸哈克龙的头，心中不禁想到：这只哈克龙看样子也快进化了，不过，又想到在大木博士后院里面玩耍“宝宝”们，还是无奈摇了摇头，未来的路，还是任重道远啊。
“好，那我就不客气了。”小茂闻言，兴奋地冲上前去。他知道，抓住这些活化石宝可梦的价值远比化石本身要大得多。
“可是子麟，你不觉得它们对我们好像不是很友好的样子吗？你们看，它们的眼睛里充满了血丝，好像脾气非常不好的样子。不会是出了什么问题吧？还有小茂他真的能行吗？”小春有些担忧地说道。
“没问题，小茂很强的，他可以对付的，不用担心。”子麟安慰道。同时，他注意到那只水箭龟的实力已经今非昔比，达到了道馆级的水平。看来小茂上次之后也在非常刻苦地努力呢。
然而，就在小茂成功收服了几只化石宝可梦后，一阵恐怖的咆哮声突然在子麟一行人身后响起。剩余的化石宝可梦在听到这声音后，如同遇到了天敌般仓皇逃窜。
一个黑影迅速向小春扑来，但子麟凭借敏锐的“危机预感”迅速反应，一把将小春扑倒在地，避免了危险。
“小春，小心！”子麟大喊道。
“啊？”小春一脸茫然。
那个身影未能抓住小春，显得异常愤怒，随即飞到一个石台上，发出震耳欲聋的咆哮。此时，子麟才看清了它的真面目——一只天王级的化石翼龙。
“这是化石翼龙？等等，它还是天王级的？完了，这下我们可有大麻烦了。”子麟的脸色瞬间凝重起来。
闻言小茂也迅速赶到，与子麟并肩站在最前方，将巴贝娜、荷莲娜和小春护在身后，准备迎战化石翼龙。
“靠，本大爷的猎物就是被你吓跑的？水箭龟，给我上！”小茂怒喝道。
然而，水箭龟刚准备发动攻击，就被化石翼龙的一声咆哮震慑得不敢动弹。在场的所有人都感受到了来自天王级化石翼龙的强大威压，尤其是小茂和水箭龟。
“等等？这……这是天王级的化石翼龙？”小茂的声音中充满了难以置信。
再次确认无误后，大家的心情瞬间跌入了谷底，尤其是小春。回想起刚才化石翼龙那锋利的爪子和锯齿般的牙齿，她不禁感到一阵后怕。如果刚才没有子麟及时相救，她恐怕已经凶多吉少了。想到这里，小春不由自主地又往子麟身边靠了靠，仿佛这样能给她带来更多的安全感。
子麟紧咬着牙关，心中暗自思量：如果是道馆级的宝可梦，我可以单吃他。如果它是一个在地上的天王宝可梦的话，我也可以带着凯路迪欧和他五五开。可是，偏偏它是化石翼龙这种岩石加飞行的宝可梦，既难以捉摸又威力强大。没办法了，现在只能看看和小茂联手是否能战胜它了。
于是，子麟深吸一口气，对小茂说道：“小茂，我们两个联手对付它。”
小茂闻言，也从惊愕中回过神来，迅速回应道：“好！”
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