不管怎样，山本佑西毕竟是微生物学和病毒学方面的专家，他在学术上的造诣和经验是要远远超过松本武夫的。所以当他看了松本武夫的实验数据的病毒样本之后，立刻就想到了那几种巧合下被打翻落入装有红色苔藓的培养皿中的病毒之所以能够融合，一定是那种红色苔藓中的某种成分起到了作用。
首先，病毒本身是没有分解营养物质的器官的，它也不能制造营养物质，所以只有靠侵入宿主的细胞后才能活下来。病毒入侵宿主细胞后不只是合成蛋白质，它会把衣壳留在宿主细胞外面，只有遗传物质进入宿主细胞内，然后进行复制，在宿主细胞内的细胞器里合成衣壳，再经过遗传物质和衣壳组成新的病毒体。
而那种红的藻类的细胞正好为偶然间调入培养皿里的那几种病毒提供了这样的条件。让他们完成了重组和新生，创造了拉弥亚病毒。
作为病毒的宿主，红色苔藓在感染多种病毒合成的拉弥亚病病毒后变成了黄褐色的粘稠液体，同时也在为拉弥亚提供着养分。但是这种红色的苔藓是生长在八十多度的温泉水附近的，由于生长环境的缘故，它在温度降低后就会在几小时内死亡，不能再为拉弥亚病毒继续提供养分，失去了养分供给，这也导致了拉弥亚病毒失去活性，进入一种假死状态。而假死状态的拉弥亚病毒也是失去了自我保护的能力，所以人体的免疫系统才会很快的将其杀死。
不得不承认，山本佑西确实是这方面的天才，在想清楚其中的道理后，他先是对这种红色苔藓进行了提纯，去除掉其中无效的组织成分，使这种红色的苔藓变成了更加精纯的液态，接着他又将提纯后的红色苔藓溶液重新滴入带有假死状态的拉弥亚病毒的黄褐色液体。得到了新的，更加精纯的营养物质供给后的拉弥亚病毒不但立刻从假死状态中恢复活跃，还彻底解决了活跃时间短的问题。
得到这个研究结果，意味着山本佑西不仅可以向自己的上司石井四郎和关东军司令部交差，甚至可能还因此成为日本学术界的英雄，他甚至开始期待凭借此项成果可以让自己提前回到日本去与家人团聚。
但是他还没来得及向上级汇报这一成果，就收到了日本宣布战败的消息。
一九四五年八月十日早晨，苏联派遣军进入了中国东北，这个消息对于守卫在满洲的日本关东军部队来说无疑是震惊的。眼看日军的溃败就在眼前，让横行一时的731部队成了无头苍蝇。面对苏联的威胁，731部队的首要任务就是保护这个实验部门的庞大秘密，不能让任何人知道731部队的真正研究内容。
然而，保守这个秘密就意味着要付出沉重的代价，作为31部队的最高指挥官，石井四郎做出了一个极端的决定，就是要求所有涉及到731部队的人员销毁所有资料，炸毁研究基地，并且全部自杀。而这个命令所涉及的部队，不仅仅是位于哈尔滨的731部队，也包括了其他分布于中国各地的细菌武器研究部队，自然也包括了松本武夫所在的3357部队。
但是在命令下达以后，各支部队内部掀起了惊涛骇浪般的抵制情绪，因为这些部队里很多成员都并非真正意义上的日本军人，所以他们纷纷拒绝服从石井四郎的命令，要求携带家属回到日本。因此，石井四郎也做出了妥协，要求离开的研究人员和家属必须携带一颗氰化物毒药，以防被抓后套出从事细菌武器研究的秘密，而且在回到日本后，更要严格遵守保密规定，决不能将这些事泄露出一丝一毫，并且不允许这些人在从事公职。
对于日本的战败，山本佑西并没有表现出多少失望和懊恼，他是世家子弟，而且是独子，所以即使不能够继续从事学术研究，他也有庞大的家族产业可以继承，所以不管是载誉而归还是溃败撤军，总之只要能回到日本他就满足了。
于是接到撤退命令以后，山本佑西命人用水泥和混凝土封闭了连接基地与水丰水库大坝的出入口，销毁了基地里所有的研究记录和病毒样本。不过担心回国后军部有可能进行审查盘问，山本佑西还是留下了一小部分已经休眠了的拉弥亚病毒的样本。
但是不知是出于什么考虑，对于那些自己千辛万苦提纯出来的红色苔藓溶液，山本佑西并没有舍得把它们一起销毁，而是装进了一个密封的铝制罐子，为了有适合的温度可以让它长期存活，他还把罐子沉入了坑底泉眼下的温泉水中。