在桧皮镇这里进入正轨后，林云林雨又再次回归了日常生活，回家后的林云林雨先跟父母简单说了一下两人的经历，那些不能说的他们都没说。
接着他们又去隔壁看望一下三姐妹的情况，发现她们已经摆脱了胎中之迷。在了解她们虽然能感应到英灵殿的存在，却不能从里面拿东西后，从狄俄斯库里兄妹那里拿到那三台手机，然后林云开始教授三姐妹如何使用手机上的系统。
在教会三姐妹怎么操作手机里的系统后，林云又拿出三只宝可梦的精灵球，说道:“这三只宝可梦分别是咩利羊、蚊香蝌蚪和小磁怪，你们喜欢那只就挑那只吧。”
敖霜儿开口说道:“没有龙系宝可梦，算了，我就选咩利羊吧，至少它的超级进化也有龙属性。”
敖水儿问道:“雪儿，你不会和我抢蚊香蝌蚪吧？”
敖雪儿越来越头道:“水儿你既然喜欢水系我就不和你抢了，我就选小磁怪了。”
分配好宝可梦后，三姐妹从林云手上接过精灵球，林云提醒道:“不要在外面放出宝可梦，不然宝可梦会回到较近的空间旋涡里面。”
敖霜儿抱怨道:“虽然我们有了初始宝可梦，不能发出来，这有和没有有什么区别。”
林云无奈的说道:“你们至少可以让狄俄斯库里兄妹帮你们养一段时间，你们还可以通过手机视频和它们交流感情。”
敖水儿不满的说道:“这和养电子宠物有什么区别。”
林云安慰道:“你们至少有了宝可梦，再等一段时间，这个世界上出现宝可梦后，你们的宝可梦就能放出来了。”
敖雪儿叹气道:“现在连捕捉宝可梦和亲自饲养宝可梦的地方都没有，也不知道我们什么时候才能真正的开始培育宝可梦。”
林雨见三姐妹的心情有所下降，转移话题道:“我们在城里的那个空间待了一个多月，这外面发生了什么，能不能和我们说说？”
敖霜儿开口说道:“那些被宝可梦入侵的城市现在大部分都被解决了，当然也是那些宝可梦比较弱小的原因。就是樱花国那边比较倒霉，不知道他们的那个空间漩涡通往什么地方，跑出来的都是幽灵系宝可梦，导致那里死了不少人。”
敖水儿补充道:“毕竟现在武器对幽灵系宝可梦没什么作用，樱花国人在发现解决不了幽灵系宝可梦后就组织那片区域的人离开了。而住在那座城市的人害怕那些幽灵宝可梦都纷纷离开了那座城市，现在那里成为了名副其实的鬼城了。”
敖雪儿接着说道:“当然事情并没有结束，为了弄清楚宝可梦的来历，一些激进的国家派士兵进入了空间旋涡里探查，就比如对面的漂亮国就派了许多人进去。”
林云林雨听到这就知道那些进去的军人的下场应该不怎么好，接下来敖霜儿的话证实了这一点，她说道:“当那些国家的军队进去后没多久就有一群强大的宝可梦出来，进行了一番破坏后又退回了空间旋涡里面。那些国家的领导还说是他们的军队击退了那些宝可梦，可每过一段时间那些宝可梦就会出来破坏一番，让那些人成为了别国的笑柄。”
林雨笑道:“现在那些宝可梦还离开不了异常地带，能破坏的也只是周围的一片区域，他们好像现在一样骚扰那些宝可梦。等世界融合到一定进度后，那些宝可梦可是没有区域限制了，他们要准备受那些被他们招惹的宝可梦更恐怖的报复。”
三姐妹听到这话后也幸灾乐祸了起来，准备看那些国家的好戏，林云林雨又和三姐妹聊了一些最近发生趣事后才回到了家。
林云林雨在家没休息几天就被军队的人接走，分别前往不同的地方进行翻译工作。毕竟林云林雨现在也是在国家挂了职的，至于林云林雨还未成年，在世界大变甚至关乎到人类存亡危机面前，在无人可有的情况下也只能让他们上了。
有着系统的指引，林云林雨帮国家寻找到了一家德文公司的精灵球制造厂，解决了精灵球制作的问题。之后找到了一只识字的胡地，解决了宝可梦世界文字翻译的问题。
期间林云林雨所在的队伍也遭受到了不少间谍的袭击，由于林云林雨兄妹的存在，他们都没有成功。后来那只识字的胡地学会了心灵感应，林云林雨兄妹终于从翻译官的位置退了下来，回到了桧皮镇成为了宝可梦学院的第一批学生。
林云林雨两人再次见面的时候是在通往桧皮镇的空间旋涡外，作为一魂双体的两人见面后相互点了点头就是打招呼了，接着他们进入空间旋涡来到桧皮镇后就见到了两年不见的父母。
见到父母的两人少不了一阵念叨，有关心、有责备，透露出的都是担心。
然后带着两只进化成了超能妙喵与它们的父母见了一面，然后在桧皮镇里逛了起来。现在的桧皮镇已经不是他们第一次来的废墟，除了住房外还有几个研究所，还有一个国家少有的精灵球制造厂，顺便看了看他们一个星期后要去的学校。
回到桧皮镇的第三天，林云林雨见到了许久不见的三姐妹，交流后得知她们也成为了第一批宝可梦学院的学生。她们现在已经搬进了桧皮镇宝可梦学院的宿舍，这会她们也只是出来闲逛才碰面的。
他们五人在路上走着走着，突然抬头看到了天空的太阳，林云林雨还没反应过来时，桧皮镇里突然传来紧急集合的广播声。
林云林雨正疑惑有什么事要紧急集合，突然想到了天上的太阳就明白了怎么回事，这个桧皮镇里虽然有白天黑夜，可没有日月星辰，这应该出现了大事，不然桧皮镇的天上也不会出现一颗太阳。
林云林雨和三姐妹告别后就来到集合地点时这里已经聚集了不少士兵，很多人都在讨论天上突然出现的太阳。不久后这里驻守这里的最高长官来了，士兵们顿时安静了下来。
那名长官等了一段时间后，见人差不多到齐后开口说道:“刚才我接到外面的通知，说宝可梦秘境已经融入外面的世界了，现在我们已经不是在秘境里。”
听到这位长官的话后，林云林雨证实了心中的猜想，宝可梦世界已经完全与这个世界融合了，现在宝可梦秘境融入世界只是刚刚开始，以后还有更多的秘境产生和融合进世界里去。