今天的碇真嗣很紧张。
在海边看到一个蓝色头发的少女，但揉了揉眼却又不见了。不知从哪来的炮声，飞机引擎声，甚至差点炸死自己的导弹爆炸声。
又遇到前来接自己的紫发姐姐美里，在路上还发生了不亚于核弹的爆炸，这将美里贷款买来的汽车掀翻了。
最终来到一个巨大机甲前，真嗣看到那双锐利的眼，不免心里发毛。
久违的父亲在上方的房间中出现，冷冰冰地凝视着自己。
“碇真嗣，你去驾驶这台EVA。”碇源堂命令道。
“驾驶！怎么可能！”美里小姐反驳道。“他连最基本的测试都还没进行，怎么能将责任交给他呢？”
“这是没办法的事，美里。”站在旁边的直子说。
在来来回回的激烈交谈中，真嗣根本没听，脑海和口中只响着几个字：我不要驾驶！
碇源堂下定了决心，下令：
“将绫波零抬出来。”
不一会儿，机械门响动。真嗣看过去，今天看到的蓝头发少女就绑满绷带躺在上面。不知怎得，他感受到一种愤怒的视线正在自己身上。
“你不去，那就让他去。”父亲直直地看着自己，面上表情没有一丝变化。
那名少女想要站起，可强烈的阵痛让她又脱力倒了下去，口中吐出大量鲜血......
终于，真嗣同意了。
他进入一个圆柱形容器中，在经历摇晃不堪的移动后，又保持平稳。突然，容器中涌入了一股橙红的溶液，他下意识的憋气，但那些人告诉他这是已经配比好的LcL溶液，可以供自己呼吸，便也放开了。
整个空间明亮起来，面前显示出自己不认识的数字和符号。他握着冰冷的操控器，鼻子嗅着容器中血腥味，心中的紧张又多添加一分。
耳机中不断传出报告声，随后又感觉机体一颤，发出了被固定的声音。
“发射！”美里一声令下，“砰”的一声。弹射器激发起发光的电流子带动初号机向上疾驰。
“哐当\"一下巨响，初号机被上升固定器捕获。同时，面前的门被打开，显露出使徒的模样——一个带着诡异面具的巨人，中间有肋骨包裹的红色核心。
“这就是使徒吗？”真嗣流下冷汗，眼中恐惧又兴奋地看着它。
“请试想下走路的感觉。”直子说道。
他全力回想着，但过分的紧张又让他大脑一片空白。但也就那么一会儿，初号机终于动了起来，像刚学会走路的婴儿。
耳机中传来了直子的鼓励声，EVA继续行走着。果然，可以说在意料之内，初号机倒了下去，使地面为之颤抖。
“快点站起来，真嗣！”美里焦急的声音传来。可此时，使徒已经走到初号机的面前。他想要再次站起，可一直没有反应。
“不要害怕，放轻松，过度紧张会导致精神紊乱从而无法操作的。”直子提醒道。
但已经晚了，使徒抓起初号机的头部，从手掌的红心处生成了一束激光尖刺，向着那刺去。
“一下，两下，三下......”护甲被撞击的声音不断传来，真嗣因为神经的连接而受到了前所未有的疼痛。
血肉被刺破，组织被撕开。初号机被使徒丢了出去，重重地砸在了发射口。被刺穿的头部迸射出了血红色液体，初号机彻底失去了动静。
“头部装甲受损，精神连接正在断开，驾驶员生命体征无法检测！”工作人员大声报告。
“可恶!”美里咬了咬手指。“让东区防御系统进行阻击拖延，并继续尝试联系驾驶员。”
发令所现在已经乱成了一团，但从战略指挥所回来地碇源堂和冬月依然在上面不动声色看着，似乎稳操胜券。
“啊......啊......”真嗣从昏迷中醒来，摸了摸自己的头，发现完好无损。
“我的脑袋没有炸裂开来？”他心中疑惑，但耳机中一遍又一遍的呼唤声让他又从回到战斗上。
双手重新握住操控器，盯着眼前的使徒咬牙吼道：
“给我去死！”他用力推动，但初号机并未冲上去，只是在原地抽搐。
使徒飞了一小段距离，向下砸到初号机身上，用手不停地锤向初号机的头。它又将其举起，对着它的左臂掰扯着，痛苦的感觉让真嗣放开控制器。
“啪嚓”骨折的声音传来，真嗣痛苦的声音也在同一时间回响在发令所中。
随后整个机体又被使徒丢了出去，掀起阵阵灰尘直到停下。
“驾驶员生命体征彻底消失，生死不明。”工作人员的报告声不绝于耳，但美里却一点都听不进去，她只关心真嗣的安危。作为战术指挥官的她现在已无法冷静。
“使用pLAN·b，周围布防系统全部打开，预备弹射出插入栓，通知回收小组准备。”她命令道。
“不用了。”碇源堂终于发话了。这让所有人都看向了他。
“我们已经赢了。”他又缓缓说道。
“为什么......”美里还没说出口，底下人员惊喜喊道：
“快看，初号机动了!”
美里转身看去，屏幕中的初号机眼睛中发出了亮光，慢慢站了起来。
“嗷——”向天空长啸一声，它冲了出去。使徒感受到了危险，率先打开了At力场。
紫色的猛兽撞了上去，绽出了橙红的波纹向四周扩散。但初号机用自己的At力场去中和，手不断伸了进去，再向四周拉扯，一瞬间At力场就被消灭了。它一脚将使徒踢向一座山上，发出了镂空的金属声，好像打进了一个庇护所。
它将使徒又丢到一旁，直接扑向使徒，双手硬掰断了它胸前的肋骨并向红色核心砸去。
“砰......砰......砰......”似乎是为了发泄心中的怒火，红色核心裂出越来越大的纹路。
看上去胜利近在咫尺，但除了碇源堂和冬月，没有一个人开心起来。一股危险感在发令所上方飘荡。
“这就是......暴走吗？”直子愣了愣神。
“我们真的能驾驭住它嘛？”美里想着，不紧腿一软，想起了在南极的遭遇。
只见初号机继续砸着，突然使徒不知从哪来的力气，把初号机踢了出去，然后......
“它要自爆！”不知谁说了一句，那个使徒用全身包裹在初号机的头顶，快要破碎的核心发出耀眼的光芒。
“轰！！！”比N2爆弹还要响的声音和冲天的十字架绿光笼罩着整座第三新东京市。随着能量的消散，整座城市又恢复了宁静，只留下了一片火海，照着初号机那伟岸的身躯。
它不断向前走着，直至回收区彻底消耗完能源停下，头盔也掉落了下去。
碇真嗣从伤痛中缓了过来，插入栓的灯光也重新亮起。看到眼前的这一切，他倍感迷茫。
“使徒被消灭了？”他心中疑问，不过相比于这个，他更在意那头盔下的样貌——一双眼睛空洞无比，不停吸收着他的灵魂。声音不断从里面传出，似乎有东西要出来。
洞口处长出了新肉，再现出了绿色的眼球，模仿自己的眼神。就在这一瞬间，真嗣像遇到什么恐怖的事，开始大叫：
“不要过来！啊啊啊啊啊啊啊啊！！！！！！”
他晕了过去。