此时已是六月，距离第二次关中之战的爆发已经过去五月有余。
孙传庭率军跨过黄河，来到韩城县，逐步了解到了之前陕西发生的情况。
马光玉和孙昂率部到达乾州城下后，发现乾州城上布置了不少火炮，回回炮的抛投射程远远逊色于火炮，使得义军无法对城池进行攻坚，只能与守城官兵对峙了下来。
天长日久，天气逐渐转暖，马光玉人马密集的军营中，人人垃圾乱扔、随处便溺，使得整个军营臭气熏天、蝇虫滋生、蛇鼠横行，最终滋生了瘟疫，并大规模地爆发开来。
马光玉一发现情况，便准备撤回邠州。
孙昂赶紧前来献策：“马爷，现在正是破敌良机啊！”
马光玉一脸疑惑：“我军眼下瘟疫横行，再不班师及时处置，恐怕有全军覆灭的危险，何来破敌良机？”
孙昂道：“属下曾听闻三百年前蒙古人远征西方外夷，曾使用回回炮向敌军驻守的坚城投掷染病尸首，传播瘟疫以此来破敌。”
马光玉闻言眉头深皱：“此种战法是不是过于……”
“马爷，以前那些官府老爷就从来没把我们当人过，我们为什么要对他们大发慈悲呢？”
马光玉深深看了孙昂一眼，随即点点头道：“就依照你的方法，去做吧。”
尸体和石炮比起来要轻得多，回回炮可以安然架设在守城火炮的射程之外将尸体投射入城。
那天漫天尸体被投入乾州城。
乾州守将崔尔达看到那些紫黑腐烂的尸体时，已经大概猜到了义军的意图，便立刻组织人马在城中遍洒石灰消毒，收敛尸体集中火化，以遏制瘟疫传播。
但结果不尽如人意，守城官兵还是遭到感染，很快就有人开始发病。
马光玉和孙昂便守在城外，坐等城中官兵大规模发病死亡，他们就可以兵不血刃拿下乾州城。
然而，恶人自有天收，还没等到城中守军撑不下去，孙昂自己就先感染发病了，发病仅三天时间就吐血而亡。
马光玉军中死亡人数越来越多，士卒尸首堆叠，烧都烧不过来。
无奈之下，马光玉下令撤军，离开前将所有患病士卒和尸体锁在营寨之中，直接放了一把火。
而在凤翔府方向的马守应义军主力，通过与马光玉部之间的斥候和传令兵传播，也染上了瘟疫。
原本坚守在五里坡的周遇吉一见这情况，立刻带着人马撤退到凤翔府治凤翔县据城坚守。
马守应便带着大军包围了城池。
但军中瘟疫蔓延，士气低落，马守应也实在是无力驱使底下的将士继续进攻，便在凤翔府郊外驻扎下来，先行处置瘟疫问题。
而罗汝才在占据耀州城后，才收到高迎祥兄弟被俘上京、闯王大军溃散的消息，大为震惊，更是不敢继续深入关中，一直停留在耀州观望，倒是让他的队伍因此基本没有受到瘟疫的影响。
在蓝田方向的李自成比罗汝才更迟一些收到消息，直接引军撤走，退回商洛。
于是，刘应遇、邢千言和崔尔达腾出手来，合力对付盘踞在咸阳和醴泉的义军。
在醴泉县的王自用和王嘉胤得知马光玉部撤走后，大为惊慌，俩人一合计决定弃城去咸阳与革左五营合兵。
他们派出斥候半夜用吊篮下到城外探查，见官兵还驻守在城外营寨，便兵分两路，王嘉胤率主力出东门，王自用率一部两千人出南门，分别向咸阳疾行。
王自用刚出醴泉县城仅仅几里地，邢千言就率数百骑军追了上来。
王家军两千人马皆是步卒，完全没有一战之力，被邢千言冲杀了几次对穿，溃不成军。
邢千言阵斩王自用，余部全部投降。
另一边的王嘉胤出城向东一直奔出二十里地，全程顺利，没有遇到官兵追剿，到达付官寨一带停留歇息。
“计划成功了，官军全都追紫金梁去了，也不知道他们现在跑到哪里了，要不要回师去救援呢？”
王嘉胤正暗暗想着，忽然传来一阵喊杀声：“贼将休想逃走！”
王嘉胤大吃一惊，循声望去，发现在东面出现了一支官军人马，定睛一看，那领头之人正是早些时候路过泾阳县时在城上大肆嘲讽挑衅他的梁九，顿时大怒：“狗官！今日老子定要拿你项上人头祭奠我王家军死去的弟兄！”
说着手持马槊，拍马杀向梁九。
梁九丝毫不惧，持槊正面迎上。
“锵——”两槊交接，错身而过，冲杀之势已老。
双方士卒也冲杀到近前，短兵相接，混战在一起。
王嘉胤这边是王家军的主力队伍，有五六千人，还有为数不少的一些骑兵。而梁九这边人数只有一千出头，且绝大部分是步卒。
王家军直接形成一个巨大的圆圈，把官兵包围在中央，一点点消耗。
梁九带着几十名精锐骑兵在义军中左冲右突，企图为队伍杀出一条血路，无奈义军人数太多，自己和手下直杀到手中的刀都卷刃了都没有丝毫效果。
正当王嘉胤带着手下骑兵调头迂回，直向梁九围杀而来的时候，西北方向忽然出现一支人马，正是收复醴泉县后追踪王嘉胤而来的崔尔达。
崔尔达带着一支人马斜刺里冲杀过来，情急之下，王嘉胤只能放弃围杀梁九，带着骑兵前去抵挡崔尔达。
但是崔尔达带来的人马也不多，只能暂且拖住王嘉胤，使梁九得到喘息之机，冲杀出了义兵的包围。
双方僵持了小半个时辰，自西面又出现一支人马。
邢千言高举着马槊御马冲来，朝王嘉胤高声喊道：“王嘉胤，你睁开眼看看这是谁的首级！”
王嘉胤循声看去，看到王自用的首级，顿时怒冲心脉：“啊呀呀呀——你该死！”
就在这愣神的功夫，梁九不知从何处冲出，口中大叫：“贼将受死！”
一槊就将王嘉胤捅了个透心凉。
“贼首已伏诛！降者不死！”
众官兵立刻齐声呼喊。
义兵见状，纷纷丢下武器蹲下投降。
至此，在陕北带头起事、极具声望、纵横大明各地数年的王家军就此覆灭。