数月后朝中传来消息：皇上驾崩，新君朱由检继位。他根本不将皇兄遗训放在眼里,“忠贤恪谨忠贞，可计大事”。在东林党撺掇下他迅速拿下九千岁魏忠贤，将他赐死。朝中一片圣明之声，无数阉党自知时日不多哀鸿遍野。
崇祯帝并不知道他在不久的将来会被东林党撺掇着向北方农民收重税，搞得饥民遍地纷纷举旗造反。他在头疼无比之时，身边太监提醒道：“忠贤若在，事必不至此。”崇祯帝这才想起皇兄遗言，懊悔之极，专门派人将魏忠贤遗骨寻回，厚葬于京西碧云寺，以此给魏公公平反。
毛文龙受世俗影响，一向同魏公公不对付，大喜对左右道：“我早就说不要把魏忠贤那狗东西放在眼里，咱们该干吗干吗。现在如何？阉党的狗贼们正在被新君清算，当年不可一世的家伙们不但官位没了，家产没收，自己人头落地，子孙为奴，大小老婆亲干闺女都要得用皮肉赎罪，典型的家破人亡。咱们皮岛跟魏忠贤毫无干系，株连的再厉害也株不到皮岛来。”
很快噩耗传来：
毛文龙因为与东林党不睦，得到过阉党人士提拔，被东林党按到阉党的黑名单上。特别是曾有一个被毛文龙断了走私通道的东林党高官进谏先皇，要求撤销东江镇，另一个有远见的阉党党员力挺毛文龙，将那官员驳倒治罪，整死在大牢中。如今东林党得势准备反攻倒算。
东林党党魁钱龙锡召见袁崇焕问他屠龙手段。
袁崇焕道：“入其军，斩其帅。”
钱龙锡曰:“大善。”
毛文龙不知道袁崇焕要来杀他，但他知道人正也怕影子斜，朝中无人难当官。对左右道：“我赶紧上书效忠，赶紧辩解，不能让党争牵涉到皮岛，影响汉满大决战。”
崇祯元年三月毛文龙上书说：
“臣实为受国厚恩，不忍卸担，自矢戮力，以完辽事。观今三月将尽，粮未来一粒，饷未到一分，啼号疾病，白骨满沟，而朝中哓哓污臣者不止，臣亦何苦恋此绝岛，而招人污蔑之毁也。
在崇祯元年五月的奏疏中说
“辽人素无定性，奴一旦以计来诱，臣解衣推食而招抚之众，忍令其兽奔鸟散也耶？夫至于溃散，料言者必定更加臣一番罪案（真个料事如神）！
崇祯二年四月的塘报中，毛文龙又说
“切思卑职九年以来，夷情战守，屡屡无言不尽，无言不恳，部案可查，奈何庙堂□之空言，毫不相关，致令清军填壑，逆虏猖獗。职之死战死守，必尽厥职，唯恐东江破，属国叛，而逆虏长驱，封疆岂忍言哉””
这都是沥血擦泪之语，然而在一些明朝官员，尤其是袁崇焕看来，毛文龙是在危言耸听夸大自己的作用。
毛文龙将上次游击所得牛羊马匹变卖到中原，再加上做生意获得一些利润，东江镇练兵数月开始恢复元气，游击队再次活跃起来。
皇太极继位至今不到两年，后金先在朝鲜败于东江镇折兵二三万，后在宁锦无功而返折兵近万，实力大损（后金兵力总共十万出头），已经不复先前之勇，面对更加狡诈的东江镇游击队感觉力不从心。
后金变弱，东江镇就显得更强，战果更大，每天都有人头、马匹、牛羊送回皮岛，这些都可以换钱。有钱就可以到中原采购皮岛所需，壮大抗战力量，使游击队越战越强。
满洲四面张网围剿东江镇游击队，虽然有所斩获，但那只是皮岛毫发，难以伤其根本。庞大漫长的战争既消耗大量粮食补给，又减少各个牛录的生产活动，满洲没有任何收获，这般耗下去最先撑不住的肯定是满洲。
一想到自己即将为大明清除边患荡平辽东，毛文龙忍不住激情涌动放声狂笑，笑过之后想道: “经过一连串战斗满洲狗物资必定匮乏，通虏晋商一定会加倍要价。那些生意与其便宜卖国贼不如交给我。我赚得银子都会投入军中，军队强大自会加大攻击满洲狗的力度。满洲狗受损越大越需要物资补充，向我采购的规模也就越大，我赚得银子就会越多，军队就会越强大。如此循环此消彼长，满洲狗崩溃得更快。
很多事情迟则生变不宜久拖。当年孔有德何尝没有将满洲狗逼入绝境，我一定要速战速决以免重蹈复辙。以前皮岛本钱有限，现在我帐上已有两万两白银，我要尽皮岛之可能加大同满洲狗的交易力度，粮食、铁锭、盐巴、布匹、草药……，满洲狗要什么我卖什么，一定要从满洲狗那里赚取足够多的银子消灭满洲狗。”
皇太极看着皮岛使者递交的《东满友好经济合作备忘录》，气冲牛斗险些破口骂道：“毛文龙，没有见过你这么不要脸的。一面同我们打仗，一面同我们作生意也就算了，居然声称打仗是为公，交易是为私。今以私人身份急朋友之所急，想朋友之所想，愿意鼎力相助满洲朋友发展国家经济，打破汉人朝廷的经济封锁，出售满洲朋友所需的一切的一切。操你个奶奶，与公与私你他妈都是好人，你收兵回岛就是对我最大的好。”
皇太极一代枭雄，喜怒不显于色，心中衡量道：“汉奸晋商都他妈的黑了心，仗着自己的卖家优势合起伙来坑我。
在中原一两银子买八石粮食，运到满洲这里一石粮食卖八两银子，赚取数十倍差价。
我满洲的金银不是石头沙砾，都是我满洲勇士拼命杀掉明国军人，竭力烧掉明人的房屋，努力毁灭明人城池，奋力屠尽明国村落，夺来的，抢来的，数量有限。
皮岛有官身有舟船，没有什么买不到，可以大批量交易。同皮岛交易，毛文龙获利至少十倍与我，他钱粮的枷锁一旦被打破，军队会壮大十倍，强横十倍，对我满洲形成致命威胁，简直就是饮鸠止渴。
饮下这杯毒酒我满洲还能润润喉咙拖得一时，若不饮下只能杀光治下汉奴胞衣奴才充作军粮，以节省粮食羊肉。
汉奴胞衣虽低贱终究向我臣服为我劳作，在满洲充当着基石的角色，无端杀光还有谁敢向我投降？一旦杀光，满洲人口折半元气大伤，同皮岛兵力相差无几，毛文龙同样会对我构成致命威胁。皮岛这杯鸠酒不是饮不饮的问题，而是怎么饮毒害最小。
汉猪朝廷君昏臣佞腐败透顶，我只要保住军力就能把握转机。
如果能够从皮岛这里买到大批物资就可以反过来要挟那些汉奸晋商降价，否则不要。晋商贪婪无耻，必定不会放弃满洲市场，只能降价。我再用省下来银子向皮岛采购。
晋商降价，皮岛没有理由不降。我再用皮岛的廉价商品继续逼迫晋商降价，再用晋商售价打压皮岛售价。
如此循环可将卖方市场变成买方市场，物价不降都难，皮岛的商品等于白拿。就这么办。”
当下同皮岛使者约定交易物品、时间、地点，保证一手交钱一手交货。
毛文龙大喜，整船整船的物资运往满洲海岸，换回来一箱一箱的黄金白银，人参鹿茸。有钱一切好办，向孔有德岳父胡家大掌柜订购巨量粮草布匹，向朝廷购买大量兵器铠甲，向蒙古采购大量战马牛羊，用大海船运回皮岛武装士兵。皮岛游击队装备精良后勤无忧，扰得满洲寝食难安一日数惊。
汉奸晋商们正如皇太极所想开始降价，这一降就刹不住车，因为皮岛也在降低售价。卖国奸商同爱国军团在敌人的土地上打起价格战，最终皮岛占领满洲七八成市场。若非皇太极有意留下晋商压制物价反弹，皮岛商品已经占领满洲全境。
之所以出现那样的结果是因为很多物品只有朝廷才能大批量生产。汉奸晋商从采购到运输都要贿赂明廷的贪官污吏边军将领，各个关卡山头都要花钱打点，再配上高昂的陆路运输，利润远没有数十倍之巨。
卖国贼们不是没有想过走海路，只是接连几次被皮岛连船带货都截走，只能走陆路。
皮岛虽不得朝廷信任，没有多少军饷粮草发下，终究挂着朝廷边军的名头，采购物资通畅无比，没有哪个不长眼的官吏站出来找事。又有少林、武当、白莲教、胡家商团相助，再以海路大船运输，不费人力畜力，卖国晋商岂能是他们对手。
晋商利润腰斩只余五倍，岂会无动于衷，皮岛兵强马壮它们万万不敢找上门去闹事，于是向朝廷举报毛文龙走私资敌，养寇自重，心怀异志，言行跋扈，目无朝廷，罪在不赦。
猪明朝廷多有无才无德，无能无用，只动口不动手，成事不足败事有余的文武官员。那些官员因为军饷漂没、兵力节制等问题与毛文龙龃龉不断。东江镇同满洲交易量大价优日进万金，多有人知无法遮掩，可谓人证物证俱在。他们纷纷落井下石上书皇上，要求撤销东江镇战区，处死毛文龙以儆效尤。
崇祯新帝忙于捉拿魏忠贤余党，对这些奏折没有心情去看，直接扔进废纸篓。
杨国栋，魏忠贤义子，以行贿魏忠贤，出任山东登莱总兵。他横行一方，勒索从辽东逃难至登莱的难民，逼死无数。先前他认为东江镇少产出多人口，穷苦不堪，虽有连胜不过是依靠奸诈诡计以多打少避实就虚，军队战力不值一提，形同鸡肋毫无油水，掌之无益，素来不放在心上。“丁卯大捷”令他眼前一亮，对东江镇强兵顿生觊觎之心。东江镇进出口生意规模膨胀，利益日大，更是令他垂涎三尺。
杨国栋知道新君正在抓阉党，他在京师为官的不少同党光荣入狱，应该很快就轮到他们这些在外为官的党员啦。要想身免就得向新君示好立功，毛文龙曾受惠阉党，在很多人眼中算是阉党外围中的实力派。他将毛文龙拿下接管东江，不但可以向新君表明心迹争取宽大，还可以掌控大军保护自己。
主意打定，杨国栋立即上书崇祯皇帝参毛文龙十大罪，要求将毛文龙处死。
毛文龙十大罪：
专阃海外八年，糜费钱粮无算，今日言“恢复”，明日言“捣巢”，试问所“恢”者何地？所“捣”者谁巢？凤凰城、汤跕等处，若有一人守侯，不致铁山陷失之惨， 罪一；
设文龙于海外，原为牵制不敢西向也，数次过河，屡犯宁锦，全不知觉，牵制安在？ 罪二；
东偏接境朝鲜，辅车相依，乃日以采参、掘金大肆扰害，鲜寔不堪，致生擕贰 罪三；
铁山既失，鲜半入敌，伤残属国，失律殒师 罪四；
难民来归，冐充兵数，或任填沟壑，或仍罹锋镝，掩败为功 罪五；
皮岛孤悬海中，非用武之地，去岁与内臣合谋，请饷百万，竭民膏血，以填苦海罪六；
零星收降，捏报献俘，假造谩书，欺诳朝廷 罪七；
私通粟帛，易敌参貂，藉是苞苴，为安身之窟 罪八；
通？接济，事出权宜，坑货至百余万，怨声载道，死亡相继 罪九；
岛中辽民，总凑应点，不满三万，欲冐皇赏，册开十五万，从前侵克钱粮，不计其数 罪十；
至如奉旨移镇，竟若罔闻，奉旨回话，绝无应答，煌煌天语，视如弁髦，此等滔天之罪尚可容于尧舜之世哉！ 更有异者，文龙近以漂风为名，突至登州夏家疃上岸，续到多舡，见在登莱沿海窥探，不知意欲何为？” ————————明·右都督山东总兵杨国栋。
那篇奏折引起轰动，朝廷官员多与毛文龙不睦，既然有人挑头立即随声附和要求严办阉党爪牙毛文龙。
这事要在以前毛文龙根本不放在心上，毕竟因为兵员节制，军饷截留等原因，毛文龙同很多朝廷官员针锋相怼彼此有仇。
东江镇以游击战为主，讲究化整为零，避实击虚，速战速决，战斗规模小，每次杀敌少，影响不大。目的是扬长避短减少伤亡牵制后金兵力，追求日积月累杀伤后金有生力量，积小胜为大胜。
明廷的军事白痴看不到成千上万人厮杀的场面自然认为毛文龙在游而不击保存实力虚应其事。再加上毛文龙 “投降书”“议和信”不断送往朝廷，使他们对毛文龙更加不信任，进而诋毁毛文龙。
毛文龙对此表示理解，并不怨恨他们，但是“丁卯大捷”历时三四个月，自损一两万，杀敌两三万，以血的事实向天下，向朝廷证明自己拼死作战保家卫国的决心，朝臣为何视而不见依旧诋毁我？难道说他们认为辽东战事好转，已经不再需要我毛文龙，决定过河拆桥卸磨杀驴？不对，后金还在，国家还没有过河他们就开始拆桥。就算现在我闯过这一关，一两年后消灭后金。外患既除，我对国家再无用处，朝廷官员更无顾忌，一定会像宋朝对付狄青一样对付我，将我无罪整死。既然如此我还等什么？赶紧上书皇上辞职回家，让朝廷的文官进士给后金最后一击立下大功，只有这样我才能保全性命。
崇祯元年八月，毛文龙心灰意冷，上疏请辞。
杨国栋大喜，认为自己马上就可以吞并东江镇部曲。以前没有想法，现在有了想法就要调查一下东江镇的经济兵员人口情况，看看自己每年能够从中搜刮多少万两银子。
杨国栋不查还好，一查吓一跳。
就算太平无事，单单养活东江镇军民一年至少需要50万两银钱。若像现在这般打仗，一年至少百万军费。朝廷户部最多拨发20万两，真正落到自己手上剩不下几个子，剩下的四五八九十百万两需要东江镇总兵想办法。
由于后金战事不利，对治下百姓压迫加重，无数汉奴胞衣逃往东江镇，毛文龙搞走私贸易赚到的钱粮全部贴进去都不够，正在大肆举债。根本说不清楚什么时候偿还？能不能偿还？毛文龙借的是公债，债务人是全东江镇，并非他这个总兵个体。
杨国栋立即意识到他一旦接管东江镇那些烂帐就得落到他头上，除非他不管军民死活，不然他不但贪不到钱还得往里贴钱。若不贴钱，东江镇的亡命之徒轻则闹饷，重则兵变，他想想都头大。
杀头的买卖有人做，赔本的买卖没人做，杨国栋决定不做这个赔本买卖，他再次上书向朝廷推卸接管东江镇事宜。
袁崇焕屡屡受到毛文龙战功羞辱，对毛文龙恨之入骨，发誓将其置之死地而后快，岂能允许他解甲归田逃回江南，于是利用东林党的势力对毛文龙进行挽留。