秦毅被任命为徐州牧的消息瞬间传遍全国，听到这消息，就连秦毅本人也觉得有些意外：“怎么回事啊？我怎么就成了徐州牧呢？”
但这其实也算不上坏事。第二天，曹操匆匆赶回司州，秦毅带着徐庶、曹仁等几位武将一同前往徐州，准备与曹操交接权力。
经过大半个月的忙碌，秦毅终于在徐州稳固了根基。接着，他就一刻不停地返回司州，并让徐庶留在徐州主持大局，其余几位武将则负责徐州的安全事务。自此，徐州的大局算是稳定下来了。
与此同时，曹操也成为实力最强的诸侯之一，掌控着司州和徐州两大地区，他的兵马之众，不容小觑。可以说，此时的曹操，在诸侯中已是势力最大的一个。即便是袁家两兄弟联手，也只是勉强能与曹操抗衡。更别提曹操麾下高手如云，又有秦毅坐镇参谋，可谓是固若金汤。
徐州土地肥沃，是个天然的粮食生产基地。这让秦毅有了更大的施展空间。于是他决定先搁置白起传承之事，兑换了大量的土豆和红薯种子进行播种，同时还运用现代知识改良小麦种植技术。
这些举措使小麦产量大幅提升，进而使得司州和徐州呈现出一派繁荣向上的景象。此外，细盐也在这两州广泛流通，销售渠道畅通无阻，金银财宝滚滚而来，看得曹操喜笑颜开。
在司州和徐州快速发展的这段时间里，其他诸侯却仍在相互争斗。相比之下，曹操的优势愈发明显。
转眼间，一年光阴过去。这一年来，诸侯间的纷争非但没有停止，反而因皇室无所作为而愈演愈烈。刘岱杀害了桥瑁，袁绍向北扩张势力，袁术则向南扩张。而曹操秉持“人不动我我不动人”的原则，牢牢把握着司州和徐州。
正是由于皇室的不作为，黄巾军残部在青州地区滋事闹事，不仅在青州迅速壮大，甚至开始攻打相邻的兖州。而兖州又恰好位于司州和徐州之间，这正中曹操和秦毅的心意——他们早已觊觎兖州已久。如今黄巾军的作乱，给他们提供了绝佳的机会。
等到七月份时，黄巾军已占领了兖州的多个县城。秦毅意识到，出兵的时机已经成熟，如果再拖延下去就不太合适了。
此时的兖州刺史刘岱处境艰难，他在先前对抗桥瑁的过程中损失惨重，根本无力抵抗黄巾军的攻势。而黄巾军凭借着青州和兖州两州的地盘，已发展到二十多万人，且人数仍在持续增长。
青州和兖州本就贫困不堪，加之战乱不断和黄巾军作乱，百姓苦不堪言，民不聊生。在这种情况下，曹操进京请命，联合秦毅共同上书，请求朝廷批准出兵平息兖州的叛乱。
而兖州刺史刘岱对此亦是束手无策，他现有的兵力根本挡不住黄巾军的进攻，不仅抵挡不住，还屡战屡败，失守数县，导致民心浮动，军心也随之溃散。
这时曹操提出的出兵请求，无论是从哪个角度讲，都让人无法拒绝。于是，在秦毅和曹操的率领下，司州的军队先行出发，徐州则由曹仁领军同行；济北相鲍信闻讯后，也率军自济北出发，三路大军齐头并进，直指兖州北部的黄巾军。
此时的黄巾军已颇具规模，战斗力丝毫不逊于当年张角等人。然而，在秦毅的授意下，三路大军均推迟了两天三出发，尽管大家都不知道原因，但秦毅说什么，他们就做什么，已经成为习惯，也不会去追问缘由。
就在秦毅命令下的那几天延迟期间，青州黄巾军将领徐和与兖州将领司马俱联手，对兖州刺史刘岱的主力部队发起了进攻。
原本刘岱手下有四万多兵马，但在与桥瑁的较量中损失惨重，现今只剩两万余人。面对兖州和青州黄巾军的同时进攻，这点兵力如同杯水车薪。
兵力相差十倍有余，光凭战力已无法挽回劣势，即便黄巾军用人海战术，也能将他们淹没。当兖州城北被重重包围的消息传来后，秦毅才下令三路大军出击。
曹操聪明绝顶，自然明白秦毅的真实意图：他打算借助兖州和青州的黄巾军之力，消灭兖州刺史刘岱。
因为兖州地处司州和徐州之间，战略位置对他们两人至关重要。此前，曹操和秦毅曾试图说服刘岱合作，但都被刘岱婉拒，他表示只想安安稳稳过日子。
吃了闭门羹的曹操和秦毅明白，在这乱世之中，无人能够置身事外。更何况，他们俩本来就不是什么善茬。既然没法通过正常手段达成合作，那么只能另辟蹊径。
被围困的刘岱惊恐不已，派出两百名精锐突围求援，企图联系曹操和秦毅。然而，这两百名精锐根本无法突出重围，刚突破第一层包围圈，就被下一层包围圈堵住，总共几十万敌军围城。
其他黄巾军也占据了附近的一些县城，整个兖州陷入战火之中，宛如人间炼狱。然而这次黄巾军并未烧杀抢掠，而是屠杀豪强，分配土地和刑罚。
青州虽是黄巾军起义的发源地，但由于青州太守龚景及青州刺史田楷所率兵马尚算强大，所以未遭黄巾军的进攻。
然而，刚刚经历大战的兖州就没有那么好运了，不仅兖州城被围困，周边各县也遭受了黄巾军的攻击。
围城的第二个晚上，也就是秦毅他们发兵的那天，黄巾军在司马俱和徐和的指挥下，对兖州城发起了总攻。
十几万黄巾军对阵两万守军，这场战斗几乎没有悬念，黄巾军只有一个战术：人多势众，用人海战术把敌人堆死。