正当夜天等人行至途中时，乘坐的船却出现了故障，好在附近就有一个城市，夜天随即让小黄放出了小蓝，然后三人坐着小蓝来到了这座城市——马察市
然后夜天三人来到了神奇宝贝中心，结果一进门，夜天怀里的依依和小黄肩膀上的丘丘就显得没有了精神，而乔伊小姐则是正在和一个理工男在电脑前忙碌着。
只见神奇宝贝球的传送系统不断的把神奇宝贝球传送走，但是传送进去的完成了最终进化型烈焰马却变成了没有进化的绿毛虫，而那个理工男却是完全无法接受这个结果，竟然直接启动了强制关机的按钮，然后跑出了神奇宝贝中心。
夜天随后才从乔伊小姐那里知道这个理工男就是神奇宝贝传送系统的开发者——秋叶原博士，神奇宝贝中心的神奇宝贝球传送系统现在已经完全停止运作了，但是如果不快点让秋叶原博士回来解决的话，那些之前传送走的神奇宝贝就危险了，而且这种事情最近一直发生。
但是每一次秋叶原博士都会来解决，可是这一次却比以往更加恐怖，已经有超过百只神奇宝贝被传送走了，先前只有几只被传送走，但是都被找回来了。
最后乔伊小姐请求夜天帮忙去找回秋叶原博士，然后拿出了一张手绘地图交给了夜天，夜天随即带着叶子和小黄前往了秋叶原博士的研究所。
然后就来到了一个破旧的大房子面前，夜天随即推开了门走了进去，结果一进门就看到房子里面黑漆漆的一片，完全没有人住的样子。
三人走进去后，找了一圈都没有见到博士，突然出现的一个巨大博士头机器人倒是把叶子和小黄吓了一跳，然后就被夜天一记回旋踢踢到了一边。
但是突然，秋叶原博士的声音响起来，然后向夜天三人讲述了神奇宝贝传送系统的问题的原因：博士开发出了一只电脑神奇宝贝3d龙用来维护神奇宝贝传送系统，但是最近3d龙开始变得奇怪了，他随即开始检查，然后发现是有病毒入侵了3d龙，然后让3d龙开始不再受他的管控，并且时常下载一些奇怪的软件，最重要的是，它还把他的浏览器记录给完全复制后删除了！
随后秋叶原博士请求夜天进入电脑中的数码世界去处理一下这只3d龙，夜天听后没有一点点犹豫就拒绝了，毕竟你这个剧情已经突破了次元壁要和隔壁数码宝贝串台了。
但是秋叶原博士却违抗了夜天三人的个人意愿，直接将夜天强行送入了数码世界中，还中二的说道：“被选中的少年啊！去拯救数码世界吧！”
“我c！暗影，水手里剑！”夜天在进入数码世界之前将暗影放了出来同时凝聚波导之力将叶子和小黄推开了，然后暗影一发水手里剑击穿了墙壁就找到了秋叶原博士，暗影随即一招擒拿手控制住了秋叶原博士，叶子和小黄也是一脸气愤的看着秋叶原博士。
而夜天则是进入到了数码世界中，然后就看到了一只桃红色与蓝绿色的棱角分明，形状有些类似纸鹤的神奇宝贝，正是3d龙（0号机）。
正见这只3d龙又在下载一些乱码的文件，夜天好奇的看了一眼后就亚麻呆住了，随后就后悔的捂住了自己的眼睛，不！我的眼睛不干净了！
而3d龙也发现了夜天，随即朝着夜天使出了破坏死光，而夜天则是迅速躲开，然后拿出了腰间的神奇宝贝球，结果发现自己的身上除了大师球以外就只剩下了空白的神奇宝贝球，而依依和其他神奇宝贝则是在传送进数码世界前就被留在了传送装置里面，而且还困在了装置里面出不来了。
夜天随即想要释放波导之力和常磐之力，但是却收效甚微，并且3d龙同时还在分析夜天的特殊能力，紧接着3d龙变成了一个巨型高达，然后朝着夜天攻来。
而夜天则是连忙躲避，然后一记帝骑踢踹向了变成高达到3d龙，结果自己的攻击竟然直接穿过了3d龙，但是3d龙却反手释放出十万伏特击中了夜天。
“kao！玩不起是吧？”夜天随即爆了粗口，紧接着准备释放暗影之力，结果腰间的大师球突然开始振动。
紧接着夜天身上浮现出了一只类似龙之俯冲一样的巨龙虚影，眼睛也变成了龙一样的竖瞳，随后一击命中了高达形态的3d龙，3d龙瞬间缩小成原本的大小，然后开启了格式化模式。
而夜天背后的巨龙虚影也随即消失，夜天这才回过神来，然后就看到了3d龙完成了杵在自己面前一动不动。
夜天随即用左手触碰了一下3d龙，并且右手已经准备好了暗影之刃，结果3d龙竟然在夜天触碰到的一瞬间苏醒了过来，然后就看到3d龙对着自己就是一通扫描识别，最后更是吸收了暗影之刃。
紧接着身体变成了粉色和紫色，然后直接找到了夜天腰间的空白神奇宝贝球钻了进去，于是夜天就阴差阳错的收服了这只3d龙（0号机）。
随后夜天将其放出来，让其恢复数码世界的正常运行，3d龙随即就去将所有困在了数码世界的神奇宝贝球分别传送到了应该到的地方，然后朝着夜天点了点头。
夜天随即说道：“打开回到现实世界的传送门！”3d龙随即眼睛放出光芒在夜天的面前投射出一道门，然后示意夜天走出去，夜天随即将3d龙收回了神奇宝贝球中后走进了传送门。
再次出现时，夜天已经回到了现实世界中，依依和战舰都着急的看着夜天，而它们两个的神奇宝贝球就在一旁放着，至于黑暗球和暗影的高级球则是在另一边放着。
而另一边的魔魇已经将秋叶原博士彻底催眠，然后诱导着秋叶原博士说出3d龙的秘密。