大昭寺西北有座赭红色的岩峰，称玛布日，意即红山，相传这里是观音菩萨诵念六字真言，救度众生的道场。当年，松赞干布为了迎娶大唐文成公主和尼泊尔赤尊公主，特在山上修建了宏大的宫堡，成为全藏的中心。那个时期，是西藏历史上一个高峰，也是佛教传入并发展的黄金时代，松赞干布由此被誉为一代明君，被视为观音菩萨化身。可是历经千载，当年的宫堡早已不存，山上仅有一座不知修于何时的观音堂。
五世达赖非常崇敬这位藏王，黄教掌权后，他决心效法松赞干布，在红山重建宫堡，作为全藏中心，再现雪域辉煌。
五世达赖自绘图纸，命索南第巴筹划督工，于顺治二年（1645年），西藏局势平稳后开始兴建，前后用了10年左右时间，修筑完现在的白宫部分，仍以当初所取的“布达拉”命名，意为普陀。五世达赖也由此与松赞干布一样，被认为是雪域总怙主观音菩萨之化身。白宫落成后，五世达赖由哲蚌寺甘丹颇章移居白宫内，宫内墙上多绘有壁画，既有佛教内容，也记载了历史上重大事件、人物。五世达赖感念民工修造时的种种艰辛，特在宫内一面墙壁上描绘了当时的情景，包括死伤的场面。如今的布达拉宫包括白宫、红宫两部分，红宫部分是后来桑结嘉措设计并主持建造的。
五世达赖回到拉萨稍事休息后，在尚未完工的布达拉宫前殿列席了清朝对固始汗的册封仪式。顺治帝委派的两位钦差面南而站，五世达赖立于一侧。钦差宣读圣旨，大意说固始汗协助五世达赖平定西藏叛乱，安定一隅，功劳深远云云，特赐“遵行文义敏慧顾实汗”。
固始汗接过顺治帝所赐金印金册，向京城方向叩头谢恩。印文为“遵行文义敏慧顾实汗之印”，对“固始汗”这一称号予以认可。金册中对固始汗“归诚向化”予以褒奖，称赏其“尊德乐善，秉义行仁，惠泽克敷，被于一境”。
送走二位钦使后，他动身去日喀则看望师父。这一年，四世班禅已是84岁高龄，师徒相见互赠哈达、礼物，五世达赖在扎什伦布住了5天，详细讲述了此行进京的情况，并向寺僧放布施、熬茶。回忆起往事，五世达赖感慨地说：“这些年每遇法障，多亏师父护持，得以安然度过，望师父早日调理康复 。”
“我自幼身体孱弱，现在已是高寿，格鲁能有今天实属不易，老僧愿来世与佛爷再续今世之缘。”
五世达赖紧紧抓住四世班禅双手：“师父，弟子何尝不愿生生世世永续师徒之缘，容我与汗王尽快商定此事，一定达成师父愿望 。”
一个月后，固始汗在索南第巴的陪同下亲赴扎寺，向僧众熬茶放布施之后，请四世班禅登上大经堂池巴法座，以藏王名义给他献上了最崇敬的曼札大礼。
扎什伦布寺以往池巴均有任期年限，外寺高僧活佛任满后仍须返回原寺，四世班禅即是以安贡寺活佛身份担任扎寺第十六任池巴的，其地位仅是黄教中一个大寺住持。而通过举行上述仪式，则表示：得以班禅名义转世，辈辈成为扎什伦布寺池巴，具有仅次于达赖喇嘛的宗教地位，二者互为师徒。后来，班禅被认为是弥陀佛转世。
晚年的固始汗因腿脚不便，也移居拉萨。这年一入冬，固始汗明显觉着身体不适，延医问药，略有缓解。五世达赖闻讯后亲去探望，一把脉知这病势沉重，恐金石无力矣。
“多谢佛爷法驾光临。老夫初时不过偶感风寒，不想一躺半个多月不见起色，看来不服老不行啊。”
“汗王但请安心养病，明日我让宫中侍医过来助诊。噢，对啦，布达拉工程告竣，待哪一日天暖，有烦汗王大驾亲去，主持开光典礼。”
数日后，开光大典举行，会场周围聚集了上万僧民。整座建筑全部刷白，庄重、素洁、神圣，太阳一出，金光照射，立体轮廓凸显，仿佛是冰雕玉砌一般，信众纷纷虔诚地匍匐下拜。从此，这座有着高大墙基，覆盖全山的庞大的六层宫堡式建筑，成了雪域佛国的象征，成了藏地众生灵魂的安栖地。
典礼之后，固始汗在巴雅尔的搀扶下随五世达赖第一次进入宫内参观，望着彩柱如林的大经堂、小巧雅致的房间和琳琅满目的壁画，赞叹不已。巴雅尔瞅见前方一面墙用大幅黄缎遮住，悄声问益西：“总管，想必那是还未画完吧？”益西答：“一会儿就知道了。”一行人在黄缎前站住，五世达赖摆摆手，几名侍从小心将黄缎取下，一面大幅人物画像呈现出来。巴雅尔大吸一口气的嘴半天未合拢，一旁的丹增瞪大眼道：“这不是父王吗？”固始汗久久凝视，两滴清泪顺着消瘦的脸庞滚落下来。
画中的固始汗坐于莲台之上，身体略前倾，头戴翻皮蒙古帽，络腮长髯，面带微笑，慈祥和善，背后有日轮，四周是花卉装饰，下方为一队侍从。
一阵静默之后，五世达赖开口打破静默：“将汗王尊容画在这里，就是要让以后辈辈达赖和藏土众生铭记汗王的恩德与功绩。”固始汗枯瘦的大手紧紧握着五世达赖的手，久久无语，站在一旁的丹增和巴雅尔早已泪流满面。
布达拉宫典礼过了没几日，一天，巴雅尔慌忙赶到宫里，报告说汗王病危。五世达赖连衣服也未换，快马驰向王府。
固始汗脸色腊黄，豆粒大的汗珠布满额头，气息微弱，只有双眼拼命睁着，他知道不能不见佛爷一面就走，他还有话要说。五世达赖几乎是冲到榻前，双手叠握，四目相视，似互有千言万语，又觉得其实什么也不用说。
“佛爷，弟子尚有最后一言。”
五世达赖点点头，将身体向前靠了靠。
“老夫虽是粗人，但大理还是懂的，顺治皇帝的心思我明白，我一死，丹增和老十就返安多……”
“汗王啊——”五世达赖长嚎一声。
时为顺治十二年（1655年），固始汗逝，终年74岁。
固始汗以大智大勇统一全藏，他大权在握，但做事谨慎，从不居功自傲，死后将一个完整的西藏奉还，着实难能可贵。顺治帝闻之，送达祭文以示哀悼，内云：“闻厄鲁特固始汗病故，念其归顺我国，克尽忠诚，常来贡献，深为可嘉，宜予祭典，以酬其忠。”
布达拉宫举行了隆重的追念超度法会，依照蒙古习俗，三百诵经喇嘛均腰系白带，帽缀白球，丹增多吉、多尔济身披大孝在前牵引灵车，车上载一巨木，中心剖空，将遗体置于其间合上，称为树棺。五世达赖合十，诵往生咒，绕棺三周，用孔雀羽蘸银壶法水点洒其上。宫中卓尼钦宣布法谕：“固始汗本系金刚手菩萨化身，为雪域佛国三怙主之一。”
法会结束，汗王府的送葬队伍向一条大山谷行去，达赖特使、班禅特使和索南第巴送至谷口返回。固始汗的树棺被抬至深山后，择处深埋，然后驱马踩踏，消除地表痕迹，待来春野草丛生，人莫知之。
其实，老汗王十年前对十个儿子的安排是用心良苦的 ：大公子丹增多吉与黄教上层的良好关系，固始汗希冀能以此取得达赖、班禅对和硕特的长期支持；七公子扎什巴图尔勇武善战、桀骜不驯，将他分封安多西北是为了威慑、抵御准噶尔；二公子察汗丹津深沉多谋，让其总领诸弟，挟制七公子，维持内部团结。
然而虽然如此深谋远虑，在老汗王晚年，几个儿子之间的明争暗斗已经开始了。老将军巴根出家仰华寺后，七公子以反击准噶尔入侵为由，将巴根手下5000兵马的大部分抓到自己手里，对周边几个兄弟居然发号施令起来。俗话说：门神老了不拿鬼，况且固始汗又相距遥远，只好眼睁睁看着老七坐大。
这样，老汗王划分的南北左右翼格局，没几年就被打乱。
老二察汗丹津随五世达赖进京后，深感朝廷为安定蒙藏而尊崇黄教，暗思之，越觉得父王拥黄主张的英明。但他想，只有依托一个大寺，自己作为施主的地位才能稳固。于是，他不动声色派人四处察看，在当时他治下的今甘南夏河寻到一方风水灵地。又想，将来的主持活佛若在黄教中属旁宗支系或辈分太低则难以发挥影响，所以一直留意寻找一个合适的活佛来主持新建大寺。可是心愿未遂，察汗丹津就去世了。他去世后，这个规划以及在京时顺治帝赏赐的世袭贝勒衔，都留给了儿子罗卜藏丹津 。
一天，罗卜藏在大昭寺礼佛，拜到文殊像前时，只见菩萨启齿一笑，大觉惊异，醒来方知是一梦，于是决定到拉萨去寻找新寺主持。在大昭寺果然见了菩萨像，与梦中一般，再三祈祷，捐了丰厚礼品作为添油钱，大喇嘛见状特请到后殿用茶。罗卜藏叙说了梦境，大喇嘛双手合十连称施主大吉，并告之：“前些时，阿旺追尊活佛曾来此礼拜，献哈达时，菩萨笑了，有多人在旁瞧见，传开都说活佛是文殊化身。”罗卜藏细问日期，竟与自己做梦是同一日，更觉惊异，当从大喇嘛口中得知活佛身世时，大喜。原来阿旺追尊一世与达赖一世根敦朱巴、班禅一世克珠杰，同为宗喀巴大师20余大弟子之一，现为拉萨郊外一小庙活佛，因身份高贵黄教内无人敢小觑他。
“传说宗喀巴大师在日，徒众数千，着名的弟子仅二十多位，凡是有能力寻找、发动施主捐助建寺的弟子，在世时获崇高地位，圆寂后都形成了自己的转世系统。但还有数位弟子缘分未到，至今伏藏世间。想必阿旺追尊活佛是其中一位？”自语至此，罗卜藏起身告辞，匆匆赶回住处，命仆人带上贵重礼物前往小庙。
献上礼物和哈达说明来意后，交谈中得知活佛正是甘南人氏，对结缘故乡甚表欢喜，于是一行返青海。寺庙开始破土动工，数年后建成，颇具规模，名拉卜楞寺，阿旺追尊易名为嘉木样一世活佛，嘉木样即欢喜、高兴的意思，一直传承至今。自此，做为拉卜楞总施主，罗卜藏威望大增，实力雄厚，成为能与七叔分庭抗礼的东部集团首领。但这已是几十年后的事情了。
一日，索南进宫见五世，说：“佛爷，有一事禀告。”
“说吧。”五世达赖以为是外界对近来施政的反映，他正在搜集这方面的意见，发现索南吞呑吐吐，有点奇怪，便做了一个让他快说的手势。
“佛爷，是这么个事，也可能小僧看走眼多虑了。”说着将一张未贴出的关于撤走汗王府的布告呈 上。五世达赖瞅了一眼，一时弄不清怎么回事。
“小僧想，佛爷的金印和老汗王的金印为大皇帝同时所赐，乃天工精制，可两个戳记互相比较，却……”索南继续说。
五世达赖这才认真观察，自己的戳记，边沿齐整，满汉蒙藏四种文字笔划规范，字迹优美，总体风格庄重大气，再看汗王戳记，显然刻制水准相差太大，四种文字刻工粗糙，尤其那一行汉文字迹歪扭，且边缘起毛，不像是金属所制，不由心中惊讶，难道……
“佛爷，您没有见过汗王的金印吗？”
五世达赖摇摇头，略一沉思，对索南道：“一个人做同样两件东西也不会完全一样，咱们不费这个心啦，对别人也不要再提起。”他已经直觉到背后肯定有个秘密，然而，这个谜他到临终也未解开。
安葬完固始汗，稍事准备后，丹增就带着汗王府的所有人打算回安多。告辞时，[雨林木风7] 五世达赖亲自出宫送行，忆起这些年来的情谊，二人颇为伤感，挥泪告别，命索南第巴率人一直送到唐古拉山口。望着远去的人马，那颗印又跳进索南脑中，随即一想，摆摆手，“就让这个秘密跟着丹增一起离开吧。”
至此，除图布率领的骑兵驻在藏北当雄外，区内蒙古军队已全部撤出。送丹增时，五世达赖让索南返回时也请图布同来。图布献哈达行礼后，双方互相端详，数载不见，都多了几许成熟沧桑。
五世达赖询问了在当雄的放牧、生活等情况后，说：“自从你率队驻扎，藏北商旅通畅，劫道的蝥贼不见了踪影儿，都感谢你们啊。图布啦，我们是老朋友，虽然大公子回安多了，但是只要你和手下的弟兄们愿意，我非常欢迎并诚恳希望你们留下。”
图布一直在用心观察着南北的局势，他心里明白，北边安多，兄弟几个尔虞我诈，老百姓民不聊生。再看南边藏区，稳定有序，欣欣向荣，况且他的手下均在当地娶妻成家，逐渐融入社会。近个时期，因风闻大公子离藏，大家都担心下一步会不会……此刻，图布听到五世达赖恳切挽留，激动地跪拜感谢：“佛爷，当初老汗王在当雄屯兵是为了防范来自北边的意外状况，我代表弟兄们发誓，用生命扞卫藏北大门的安全。”
后来，图布和他的弟兄们果然实践了诺言。
“图布啦，起来说话。我再交给你一个任务，以后如果有藏兵北上侵扰，你们就关上北大门把他阻拦住，总之是友好交往，各安其境。”
这一席话更使图布感佩不已，望着佛爷推心置腑的目光，他鼓鼓勇气，说：“佛爷，说一句轮不到在下操心的事，大公子恐在安多难以立足。”
五世达赖心里一惊。
图布接着说：“此事现在也难以细讲，只是在下的揣测，但愿不是这样。”
分手时，五世达赖委任图布为当雄民兵队长，让他回去后将队伍编制、训练、武器、给养等拟定个计划再细商。
其实，当黄教登上这片高原的政治舞台后，五世达赖早就发现府库空空如也，他们马上面临财政危机。没有经济基础和军事实力来支持，统一的政权将难以维持。之前他着重处理经济这一块，在军事方面有固始汗，现在固始汗逝世，是他自己组建基本军事力量的时候了。这也是他叫图布回来的原因。
作为一个农牧业社会，土地和牧场的占有形式决定着利益的流向。以往，藏区的土地占有形式大致有四种：1、贵族、庄园主、牧场主占有；2、寺院占有；3、西藏地方政府占有；4、农民个体占有。以前二者为主，其中第二种主要是指掌权教派属下的大寺院，第一种主要是指掌权教派大寺院的大施主，即依附的大贵族、大庄园主、大牧场主，第三种数量较少，且多为前二者的变相占有，第四种虽有一定数量，但徭役繁重，总体实力不强。
当初，小藏巴汗被抓，噶举派倒台后，其经济支持也基本丧失。五世达赖和固始汗商议后，决定抓住这个百年不遇的机会，对传统的土地占有形式作一番根本性的变动。主要原则是这样的：1、西藏进入和平时期，寺院没有必要继续占有土地牧场以从事经济活动；2、为减轻民众负担，实行僧人定员制；3、不经批准不得新建寺庙，由第巴府根据寺院名额拨付粮油及僧人培训、举办法事等开销。主要寺庙僧人定员如下：哲蚌寺7700；色拉寺5500；甘丹寺3300；扎什伦布寺3800；其他教派主寺如萨迦寺、止贡提寺、楚布寺、敏珠林寺等，定额为500。扎寺及其属寺的供奉由班禅喇嘛辖下几个县自行解决。
固始汗则以军政在握的胜利者身份宣布，西藏的全部收入奉献五世达赖以作供养，这为实行上述变革奠定了法理依据。但设想一提出，即遇到来自包括格鲁在内各教派的巨大阻力，故该法令一直未正式公布。五世达赖从京城回来后，二人再次商议此事，决心挟两颗金印之威公布推行。
公告明确规定：1、没收噶举派的土地牧场一律收归政府名下；2、原先被占用的政府土地牧场一律退还；3、藏区各教派所有寺庙的土地牧场上交；4、以上生产资料的使用由五世达赖委托第巴府统一支配；5、凡是租种上述土地的农民继续租种，地赋上交政府，头一年数额不变，以后可视情况调整，不再使用“属民”称呼，负担的差役由政府统一下派。牧区情况另作安排。
曾几何时，面对没收的大量土地草场，黄教中不乏有人视为可以自由享用的教派斗争的胜利成果，为战胜小藏巴汗出过力的地方势力也在盘算该从中得到多少赏赐。公告一出，这些人大失所望，抵触情绪可想而知。布告犹如一枚深水炸弹，水面浪花不大，水下已经鼎沸。反对的不敢表达，满意的不敢行动，所有人都在观望，都好像在等待着什么。
总结历史上西藏社会动荡不断的原因，五世达赖发现，这些问题的背后实际是各地方势力之间的吞并攘夺，但却无一不是打出某某教派的旗号，标榜自己，骗取民心。因此，变动土地牧场占有形式的法令，其中一个目的就是削弱地方势力，也包括异化为地方势力代表的寺院。
教派关系是一个重要而敏感的方面，五世达赖提出并长期秉持“教派平等、互相请益”的方针。在政治上，他根据西藏的特点，逐步建立起格鲁派占绝对优势，以三大寺为权力核心，以达赖喇嘛为最高首脑的政教合一权力体系。在清王朝支持下，在帝国主义侵入之前，这个权力体系稳定运转了200多年。
丹增多吉返回安多后，正值新年临近，于是兴致冲冲召集众兄弟聚会叙谈。酒过三巡，老七发话了：“大哥，你放着好好的藏王不做，跑回来同兄弟们争这点儿草场干什么？”其他兄弟们都放下酒杯看着丹增。
老七居然说出这样的话，实在大出丹增多吉的意料，他扫了一眼，那几个兄弟一张张虚情假意的面孔透着冷淡甚至是厌恶的表情，他似乎听到每个人都在重复着说：“还回来干什么？还回来干什么？还回来……”
他颤抖着站起来，说：“弟兄们，父王怎么说的，难道忘了吗？今天算你老七喝酒喝多了说出这种糊涂话，我们万不可坏了父王的一世英名啊。”
众人告辞后，丹增和察汗丹津又聊了一会儿。
“老二，没想到众弟兄会变得如此……唉！”
“汉人有句话：士别三日当怎样？何况大哥与兄弟们分别了十年。刚才会议上说你和十弟回到自己领地，你没看见老三和老七那个脸色？”
“我们回来不是理所当然吗？”
“人心不足呀。按说这些年他二人经营你们的牧场，白得许多利，可吃惯了，不愿意再吐出来啦。大哥呀，你得有个精神准备，往后麻烦少不了。”
丹增开始不信，觉得管不了别人，自己和十弟在自家领地上安份过日子还不行吗？可问题没那么简单，烦恼一个接一个：划界时领地被缩小、分到的多是贫瘠草场、拨归的人畜不足数，时常发生牛羊丢失的情况，甚至发生争斗……他明白这是有人在挤兑他，就拼死命支撑着，苦撑了三年后，他才意识到这片土地再无他立足之处了。只好带着三年前从拉萨带过来的家当，打马离开。
“大哥，咱们去哪里？”多尔济问。这位十弟才十五岁，长方形面孔，双目机敏有神，浓密的眉毛直插鬓角。三年的磨难使他早熟、沉稳、有胆量，而那个和他同岁的侄子——丹增的儿子，却显得头脑简单一些。
丹增茫然四顾，仰天长啸。深秋的寒风，吹着口哨，打着旋儿，无情地扫过这群走投无路的落魄之人。
“大哥，还回西藏吧，求求佛爷收下我们。”
半响，丹增拍了拍小弟仍嫌单薄的肩膀，无奈的点点头。于是，三年后，丹增多吉带着家眷、随从一百多人，停在唐古拉山口，派人带着亲笔信赶往拉萨。
五世达赖看过信后递给索南：“索南呀，你看该如何？”
索南笑说：“佛爷慈悲，小僧猜定会收留大公子。”
“不是收留，益西呀，你去山口，对大公子要象迎请贵客一样。索南啊，你派人将原来的汗王府好好整修一下。”
益西退下后，索南低声说：“大公子此番来藏，不管怎么说，与过去身份不同了，那方金印已留之无用，可否请他交出？”
“第巴不愧精细之人，按说那方金印已失去效力，大公子主动交出最好，若留着，万不可向人家索要，况大公子是有难来投。”
“只怕日后会出现今天料不到的麻烦。”
“凡事因因果果，不可强求，随缘吧。”
丹增到拉萨的那天，老远望见佛爷出宫迎接，他滚鞍下马，哭奔前来，正要跪拜，被五世达赖一把扶住：“大公子平安就好，世法无常，人难尽意，什么也无须再说，就跟过去一样，只管安心住下便是。”
在洗尘宴上，索南宣布：“佛爷向大公子赠奉‘达延汗’尊号，重开汗府。”敬酒时，索南又言道：“佛爷讲大公子对藏土有恩德，是贵客，既称汗王，理应布告周知，文字已拟好，只待金印双钤。”
“丹增承蒙佛爷收留，感恩不尽，名号不名号的算了吧，布告出去怕是会贻笑大方。”
五世达赖在一旁向索南使个眼色，索南赶紧说：“名号还是要的，总要有个堂堂正正的身份吧，这也是给安多那几个忘恩负义之人看的，布告之举嘛，大公子既不情愿也就罢了。”
五世达赖不由心想：“这颗印离藏三载又返回，不知是与谁的缘分未尽。”
丹增在汗王府住下后，生活自不用愁，重大活动也常受邀参加，只是心情郁郁，兀自发闷长叹，几年下来，身形消瘦，时感胸部不适。五世达赖得知后，亲去汗王府探望，并为其把脉诊断：“汗王身体各部无大碍，只是心区存有积液，医书上称为心水病，系忧伤过度导致，只要调整好情绪，积液自会消退。”接着又多方劝慰，丹增只是默默点点头。
两年后，丹增患病身亡。五世达赖得知大吃一惊，等赶到王府时，家人因不及赶制树棺，已将遗体装殓于一长柜中。五世达赖诵往生咒绕柜九周，做了一场法事，因天气炎热，匆匆葬了，终年52岁。丹增唯一的儿子继承了汗位，五世达赖赠他的名号是达莱汗，时年21岁。
此处说四世班禅身体不好，但前面未曾提及，不免突兀。