董卓想要杀掉袁绍，但李儒阻止了他，说：“事情还未定，不可轻率杀人。”袁绍手提宝剑，向百官辞别后离开，将节度使的印信悬挂在东门外，奔向了冀州。董卓对太傅袁隗说：“你的侄子无礼，但我看在你的面子上，暂且饶恕他。废立皇帝的事情，你觉得如何？”袁隗回答说：“太尉的见解是正确的。”董卓又说：“如果有谁敢阻挠这项大计，就用军法处置！”群臣们听后都震惊害怕，纷纷表示：“一切听从您的命令。”
宴会结束后，董卓问侍中周毖和校尉伍琼：“袁绍此去会有什么后果？”周毖回答说：“袁绍愤怒地离去，如果追捕得太急，他势必会反叛。而且袁氏家族四代广施恩惠，门生故吏遍布天下，如果他收拢豪杰，聚集徒众，各地的英雄豪杰可能会趁机起事，那么崤山以东的地区就不属于您所有了。不如赦免他，拜他为一郡的太守，这样袁绍就会因为免罪而高兴，必定不会造成后患了。”伍琼也说：“袁绍好谋无断，不足为虑。确实不如封他为一郡太守，以收买民心。”董卓听从了他们的建议，当天就派人拜袁绍为渤海太守。
九月初一，董卓请皇帝登上嘉德殿，大会文武百官。董卓拔剑在手，对众人说：“天子昏庸无能，不足以君临天下。现在有一份策文，应该宣读一下。”于是命令李儒宣读策文，大致内容是：孝灵皇帝早逝，抛弃了臣民；现在的皇帝继承大位，但天资轻佻，威仪不整，居丧期间怠慢懒惰，品德败坏已经彰显无遗，有辱皇位。皇太后没有母仪之德，统政荒乱。永乐太后突然崩逝，众说纷纭。三纲之道是天地之纪纲，现在难道要有所缺失吗？陈留王刘协品德高尚、才华横溢、恪守规矩、居丧期间哀戚不已、言行端正无邪、美名远扬天下所闻。因此应该由他继承皇位以慰万民之望。
李儒宣读完策文后，董卓命令左右侍卫扶皇帝下殿解下玺绶北面长跪称臣听命。又命令太后脱去太后服饰等候命令。皇帝和太后都号哭不止群臣们也都感到悲惨不已。这时阶下有一位大臣愤怒地大喊道：“贼臣董卓竟敢行此欺天之事！我应当用我的颈血溅到他身上！”说完挥动手中的象简直击董卓。董卓大怒命令武士将他拿下原来是尚书丁管。董卓命令将他牵出去斩首丁管骂不绝口至死都神色不变。后人有诗赞叹他说：“董贼潜怀废立图汉家宗社委丘墟。满朝臣宰皆囊括惟有丁公是丈夫。”
董卓请陈留王登上殿堂接受群臣朝贺。之后董卓命令将何太后、弘农王以及皇帝的妃子唐氏安置在永安宫中居住封锁宫门禁止群臣擅自进入。可怜的少帝在四月登基到九月就被废黜了。董卓所立的陈留王刘协是灵帝的中子即后来的献帝当时只有九岁改年号为初平。董卓自任为相国享有各种特权如赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿等威福无比。
李儒劝董卓提拔任用名流以收买人心于是推荐了蔡邕的才华。董卓命令征召他但蔡邕不肯前来。董卓大怒派人告诉蔡邕说：“如果你不来我就灭掉你的家族。”蔡邕害怕只得应命前来。董卓见到蔡邕非常高兴一个月内三次提升他的官职拜为侍中对他非常亲近和厚待。
然而少帝和何太后、唐妃被困在永安宫中衣服和食物渐渐匮乏少帝的泪水从未干过。有一天他偶然看到双燕在庭院中飞翔于是吟诗一首表达心中的怨恨。董卓时常派人探听消息这一天得到了这首诗呈给董卓看。董卓说：“他怨恨作诗这就是杀他的好借口了。”于是命令李儒带领十名武士进入宫中弑杀少帝。当时少帝与何太后、唐妃正在楼上宫女报告说李儒来了少帝大惊失色。李儒献上毒酒给少帝少帝问其原因李儒回答说：“春日融和董相国特地送来寿酒。”何太后说：“既然是寿酒你可以先喝。”李儒愤怒地说：“你不喝吗？”随即呼叫左右侍卫持刀和白练上前说：“寿酒不喝就领受这两样东西吧！”
唐妃跪下来说：“我愿意代替皇帝喝下这杯酒，只求您能饶过皇帝和太后的性命。”李儒呵斥道：“你是什么人，能代替皇帝死吗？”说完举起酒杯对何太后说：“你可以先喝！”何太后大骂何进没有谋略，引狼入室，才招致今天的灾祸。李儒催促逼迫皇帝，皇帝说：“让我和太后告别一下。”于是皇帝悲痛地作了一首歌，歌词是：天地颠倒日月翻转，放弃皇位退守边疆。被臣子逼迫命不久矣，大势已去空留泪痕！唐妃也作了一首歌：皇天将崩后土颓，身为帝姬命运不随。生死异路从此别离，孤独迅速心中悲痛！唱完歌后，皇帝和唐妃相拥而泣。
李儒大声呵斥道：“相国在等着回报，你们拖延时间，指望谁来救你们呢？”何太后大骂：“董卓逼迫我们母子，皇天不会保佑你！你们助纣为虐，必定会被灭族！”李儒大怒，双手扯住何太后，直接将她摔下楼去，又命令武士绞死唐妃，用毒酒灌杀少帝，然后回去向董卓报告。董卓命令将他们的尸体葬在城外。从此以后，董卓每夜都入宫奸淫宫女，夜宿龙床。
有一次，董卓带领军队出城，行到阳城地方时，正值二月，村民们在举行祭祀赛会，男女都聚集在一起。董卓命令军士围住他们，全部杀死，掠夺妇女和财物，装载到车上。车下悬挂着一千多颗人头，连着车子一起返回都城。他们扬言是杀贼大胜而回，在城门外焚烧人头，将妇女和财物分发给众军。
越骑校尉伍孚，字德瑜，见到董卓如此残暴，愤恨不平。他常常在朝服内披着小铠甲，藏着短刀，想要伺机刺杀董卓。有一天，董卓入朝时，伍孚迎上前去，拔刀直刺董卓。董卓力气大，两手抠住伍孚的手腕，吕布便冲进来揪倒伍孚。董卓问道：“谁指使你反叛的？”伍孚瞪大眼睛大喝道：“你不是我的君主，我也不是你的臣子，何谈反叛？你罪恶滔天，人人都想杀你！我恨不得将你车裂以谢天下！”董卓大怒，命令将伍孚牵出去剖腹剐死。伍孚临死前仍大骂不止。后人有诗赞美他说：汉末忠臣说伍孚冲天豪气世间无。朝堂杀贼名犹在万古堪称大丈夫！
董卓从此以后出入常带甲士护卫。当时袁绍在渤海听到董卓弄权的消息便派人送来密信给王允。信中说道：卓贼欺天废主人们无法忍受而你却放纵他跋扈好像不知道一样难道你是报国效忠的臣子吗？我现在集结兵马想要扫清王室但不敢轻举妄动。如果你有心就应该趁机图谋他。如果需要我帮忙我就会听从你的命令。王允收到信后思索无计可施。
有一天王允在侍班阁子里看到旧臣们都在就对他们说：“今天是我生日晚上请大家到我家里来小酌几杯。”众官都说：“一定会来祝寿。”当晚王允在后堂设宴公卿们都到了。酒过数巡后王允突然掩面大哭起来。众官惊问原因王允说：“今天并不是我的生日而是因为想和大家一叙衷肠但又怕董卓怀疑所以才托词说是生日。董卓欺主弄权社稷危在旦夕。想当年高皇帝诛灭秦楚统一天下谁想到今天却丧于董卓之手这是我痛哭的原因啊。”于是众官都跟着哭起来。
这时坐中有一个人却独自抚掌大笑道：“满朝公卿从晚上哭到白天再从白天哭到晚上你们这样能哭死董卓吗？”王允看去原来是骁骑校尉曹操。王允怒道：“你祖宗也食禄于汉朝现在不思报国反而嘲笑我们吗？”曹操回答说：“我并不是在笑别的事情而是在笑你们这些人没有一个能想出办法来杀死董卓的。我虽然不才但愿意现在就砍下董卓的头悬挂在都城门上以谢天下。”王允离开座位问道：“孟德你有什么高见吗？”
曹操说：“最近我屈身侍奉董卓，实际上是想找机会谋刺他。现在董卓对我很信任，我因此能够接近他。我听说司徒有一口七宝刀，希望借给我进入相府刺杀董卓，即使死了也不遗憾！”王允说：“孟德果然有这样的决心，天下就有希望了！”于是亲自斟酒给曹操。曹操把酒洒在地上发誓，王允随即取出宝刀交给曹操。曹操藏好刀，喝完酒，就起身告辞众官而去。众官又坐了一会儿，也都散了。
第二天，曹操佩带着宝刀来到相府，问：“丞相在哪里？”随从说：“在小阁中。”曹操直接进入，看到董卓坐在床上，吕布侍立在旁边。董卓问：“孟德为什么来得这么晚？”曹操说：“马瘦弱走得慢。”董卓对吕布说：“我有西凉进来的好马，奉先可以去挑选一匹赐给孟德。”吕布领命而出。曹操暗想：“这个贼该死了！”就想拔刀刺杀他，但惧怕董卓力气大，没敢轻举妄动。董卓肥胖不耐久坐，于是倒身躺下，脸朝里。曹操又想：“这个贼该休息了！”急忙抽出宝刀在手，正要刺杀，不想董卓仰面看衣镜中，照见曹操在背后拔刀，急忙回身问：“孟德要干什么？”这时吕布已经牵着马来到阁外。曹操惶恐，于是持刀跪下说：“我有一口宝刀，献给恩相。”董卓接过来看，只见刀长一尺多，七宝嵌饰，极其锋利，果然是宝刀，就递给吕布收了。曹操解下刀鞘交给吕布。董卓带曹操出阁看马，曹操谢道：“希望借试一骑。”董卓就教给他鞍辔。曹操牵着马出相府，加鞭向东南方向驰去。
吕布对董卓说：“刚才曹操似乎有行刺的举动，被您喝破后，就假意献刀。”董卓说：“我也怀疑他。”正说话间，李儒来到，董卓把刚才的事情告诉他。李儒说：“曹操在京城没有妻小，只独居寓所。现在派人去召他，如果他无疑虑而来，则是献刀。如果推托不来，则必定是行刺，便可擒住他问罪。”董卓认为他说得对，就派狱卒四人去召唤曹操。去了很久才回报说：“曹操没有回寓所，而是乘马飞出东门。门吏问他去哪里，他说‘丞相差我有紧急公事’，然后纵马而去。”李儒说：“曹操心虚逃窜，行刺无疑了。”董卓大怒说：“我如此重用他，他反而要害我！”李儒说：“这必定有同谋者，等抓住曹操就可以知道了。”董卓于是下令遍行文书，画影图形捉拿曹操：擒获者赏千金封万户侯，窝藏者同罪。
曹操逃出城外后直奔谯郡。路经中牟县时被守关军士抓获并带到县令面前。曹操谎称自己是客商皇甫嵩，但县令认出了他就是曹操并把他关进监狱准备第二天解送京师请赏。然而到了半夜县令却悄悄放出曹操并询问他为何要自取其祸。曹操回答说他报国无门才屈身侍奉董卓并寻找机会为国除害，现在事情败露是天意所归。县令听后非常敬佩并亲自为他解绑扶他上坐询问他接下来的打算，曹操表示要发矫诏召集天下诸侯共同讨伐董卓。县令听后更是感动并决定弃官跟随曹操一起逃亡，并告知曹操自己名叫陈宫字公台，有老母妻子在东郡。两人于是收拾行李各背一口剑乘马奔向曹操的故乡。
两人行了三日，来到成皋地方，天色已晚。曹操指着林深处对陈宫说：“这里有一个人姓吕，名伯奢，是我父亲的结义兄弟，我们可以去他家问问家中消息，顺便在那里借宿一晚，如何？”陈宫说：“很好。”于是两人下马，来到吕伯奢的庄前，进去见到了他。
吕伯奢说：“我听说朝廷正在到处发文书捉拿你，你父亲已经去陈留避难了。你怎么会来到这里？”曹操告诉了他之前的事情，并说：“如果不是陈县令，我已经粉身碎骨了。”吕伯奢向陈宫拜谢说：“如果不是您，曹氏一家就要灭门了。请您宽心在这里安坐，今晚就可以在我家草舍中下榻。”说完，就起身进入内室。
过了好一会儿，吕伯奢才出来，对陈宫说：“我家没有好酒，让我去西村买一樽来款待你们。”说完，匆匆骑上驴就走了。曹操和陈宫坐了很久，忽然听到庄后有磨刀的声音。曹操说：“吕伯奢不是我的至亲，这次去有点可疑，我们应该去偷听一下。”
两人于是潜入草堂后面，只听到有人说：“绑起来杀了，怎么样？”曹操说：“对了！现在如果不先下手，我们一定会被擒获。”于是两人拔剑直接进入庄内，不问男女老幼，全部杀死，一共杀了八口人。搜到厨房时，却发现那里绑着一头猪正准备杀。陈宫说：“孟德你太多心了，误杀了好人！”两人急忙出庄上马逃跑。
跑了不到二里路，就看见吕伯奢骑着驴，驴鞍前挂着两瓶酒，手里还拿着果菜回来。他叫道：“贤侄和使君为什么要走？”曹操说：“我们是被罪之人，不敢久留。”吕伯奢说：“我已经吩咐家人杀一头猪来款待你们，贤侄、使君为什么不多留一晚呢？请快点回来吧。”曹操却不理他，继续策马前行。走了几步之后，他突然拔剑回头向吕伯奢砍去，把他砍死在驴下。
陈宫大惊失色地问道：“刚才我们已经误杀了他家人，现在为什么还要杀他？”曹操说：“吕伯奢回到家后看到我们杀死了那么多人怎么可能会善罢甘休？如果他带领众人来追赶我们那我们就必遭其祸了。”陈宫说：“你明知故杀这是大不义啊！”曹操却说：“宁可我辜负天下的人也不能让天下的人辜负我。”陈宫听了之后默然无语。
当天晚上两人又走了数里路在月光下敲开了一家客店的门投宿。喂饱了马之后曹操先睡了。陈宫躺在床上翻来覆去地睡不着心里想：“我本来以为曹操是个好人所以才弃官跟他一起逃亡没想到他竟然是个狼心狗肺之徒！如果今天留下他日后必定会成为后患。”于是他便想拔剑来杀曹操。