在很久很久以前，宇宙诞生时，各种物质畸变，异化而生出了数种有意识的上位存在，可以简称它们为“上位者”。
其中有一个上位者叫“尊主”，祂代表着宇宙的暗面，掌握吞噬一切的力量。尊主有意识地攻击其它的上位者，并吞噬它们，获得了它们的力量。尊主希望有朝一日吞并所有的上位者，成为宇宙中的唯一，至高无上的主宰。
还有一个上位者叫“无光之影”，祂是最特殊的存在，是宇宙暗面的影子，也是宇宙暗面的对立，正如阴阳相生相逆。吞并无光之影，尊主就能成为最强。
无光之影拥有着匹敌尊主的力量，且无论尊主吞并多少上位者，都没有办法打败无光之影。
在漫长时光长河中，双方有过千万亿次的较量，尊主掠夺了几十位上位者，终于得到力量重创无光之影，然而还是没有将其抓住。
尊主也元气大伤，不得不沉睡。休眠之前，祂分离出三位“异神”，老大开岁，掌握时空之力。老二绀香，可以嫁接宇宙的黑暗。老三桃良，可以嫁接恒星级的光与热。尊主命三位异神追查无光之影的下落。
无光之影逃进时空的罅隙，来到了一个蔚蓝色的星球。
这是一个生机勃勃的星球，蕴含着充沛的自然能量，上面还诞生了一种极富智慧的物种，“人类”。除了人类之外，星球的自然能量造化，还产生了一些仙灵，譬如蛤蟆、蛞蝓、蛇、朱雀、狼等等。
无光之影对这个星球很感兴趣，祂去过宇宙中所有的星球，只有这颗星球上的生物孕育出了智慧。
祂又发现，人类虽然拥有智慧，但缺乏自保的力量，于是无光之影将自己的部分力量化作一个种子，埋入这个星球的土壤中。祂有自己的想法，等种子成长开花结果，原本的力量会翻数倍，祂再将这股力量取回，可以将自身恢复的时间缩短一倍。
为了保护这颗星球不受“异神”伤害，无光之影设下特殊的结界，这个结界让祂更虚弱了。祂离开这颗星球，前往其它的时空间，引开力量最强大的异神开岁，为种子成长创造时间。
一颗小小的种子，在自然能量的浇灌下茁壮成长，长成了参天巨树，人类认为这棵树是神灵的衍化，对其顶礼膜拜，称之为“神树”。
后来，一个相对弱小但内心善良的上位者在星空遨游时，发现了这颗星球，暂且称祂为“星空”。星空想要那颗“神树”的力量，又不想伤害这颗星球。祂不敢离那颗星球太近，因为只要自己靠近过去，那颗星球就会被祂强大的力量扯得四分五裂。这是善良的祂不愿意看到的。
于是星空派遣自己的侍女前往那个世界，让她帮忙取走神树的果实。
侍女的名字叫做大筒木辉夜。
辉夜长着美丽的容颜，她来到人间，这里的一切是那么陌生，又那么美丽，远比她所在的那颗星球富饶。
她守着神树，等待着它开花结果，于是此间的人们将她当做神树的仙灵，称呼她为卯之女神。
让辉夜没有想到的是，这个美丽的星球，也存在着战争与杀戮。
残酷的战争之下，无数生灵因此消失，这让辉夜感到痛心。
这是一个美丽的世界，她不想就这样被人类因为自己的私心与欲望破坏掉，可是她又没有足够的力量来阻止他们。
有一天，神树开花，结下了孕育着无穷力量的果实。
辉夜违背了“星空”的命令，私自吞下神树果实，以一己之力平定战争，统治了这个世界。
得到力量的辉夜发现，在星球之外有三双眼睛注视着她。
那些眼睛有熟悉的感觉，祂们似乎也来自某个“上位者”。这让辉夜感到不安，好在有一道结界笼罩着世间，阻挡了那三位异神。
为了对抗异神，她利用神树制造一支强大的军队，也就是白绝大军。但白绝大军，需要以人类作为祭品。
辉夜的两个孩子不明真相，不理解母亲的做法，只看到母亲辉夜对人类的霸道统治，看到人类成为神树的养料。母亲的所作所为，对人类而言太残忍了，因此他们站在辉夜的对立面，联手将其封印。
十尾的空壳被封印为“月亮”。
正是因为月亮，让大筒木羽衣发现了“异神”的存在和笼罩星球的那道结界，而因为与母亲辉夜的战斗，让那道结界变脆弱了。
羽衣让自己成为十尾人柱力，他想找到修补结界的方法，于是创建忍宗，希望结合人与人之间的羁绊，共同找出解决的方法。蛤蟆丸、白鳞、蕾姆、朱雀、阿芙乐尔等仙人，也加入了羽衣的忍宗。
在众仙人的帮助下，羽衣用阴阳遁创造了新的禁制，交出五仙人分别保管。羽衣选中阿修罗为忍宗的继承人，然后将十尾分成九份，让九只尾兽分开生活。做好一切安排，溘然与世长辞。
异神们注视着忍界，看到了神树的存在。
祂们知道这是无光之影留下的复生之法，于是想要抢先一步得到神树果实，而要降临忍界，就不得不破坏掉六道仙人的禁制。
异神中最有智慧的桃良，将“尊主”创造他们时留下的一块石头扔进忍界。这块石头被和泉守兼定捡到，锻造成了武器“人间无骨”。桃良与忍界建立联系，蛊惑忍界之人从内部破坏禁制，人间无骨是异神入侵忍界的第一步，可惜失败了。
后来，就有了十二月杀。
被开岁追杀的无光之影十分虚弱，打开时空隧道，躲入了另外一个平行世界，发现了一个和忍界一样美丽的星球。
这个星球的人类有着灿烂的文明，用科学完成了很多连祂都觉得匪夷所思的事情。
无光之影变身一只小黑猫，流浪到某个公园，被一个身患不治之症的年轻人抱回了家。那个年轻人真衰啊，才给它喂过饭，就心脏病发作嗝屁了。
只有在忍界祂才能找回力量，但祂实在太过虚弱，打开时空隧道需要消耗大量的能量，回到忍界之后，它恐怕要陷入沉睡。
看着死在身前的年轻人，无光之影有了主意。
“这是一场交易。”无光之影用尽最后的力量，显化出万花筒写轮眼，带那个年轻人的精神体一起进入忍界，投生在克隆人宇智波秋山身上。宇智波一族继承了神树最主要的一份力量，最有助于祂恢复。
无光之影在叶格的精神体深处沉睡，等待着被唤醒，慢慢取回自己失去的力量。
最后开岁进入佐助体内，与鸣人叶格一场大战，战斗产生的巨大能量唤醒了沉睡的尊主，尊主的目光看向忍界，祂一旦降临，忍界必将被摧毁。于是无光之影逆光而行，顺着那条线前往宇宙的尽头，祂再一次与尊主对决，两人实力不分轩轾，因此这场恐怖的战斗将以亿年为单位。