船至山东徐家渡时，乾隆到皇太后御舟上问安，期间提起乌什暴乱。
乾隆说原以为此次暴乱，是民夫闹事。细查之下，竟是地方伯克与驻地官员相互勾结，压榨当地百姓而起。
乾隆二十四年平定大小和卓以后，由于战乱，收复后的新疆是千里之地，空无人烟。兆惠班师后，乾隆令阿桂留在新疆屯田、移民。命他一面在主要城镇派驻官员，屯兵驻守，一面建立起当地民政体系。仍在各城任命伯克，伯克官居三品，拥有的土地，不用缴税。
对新疆农民开荒的自有土地，仍按旧例，每年将所获粮食的十分之一上缴国库，而农民垦种的公地和官地，则采取对分制，国库和农民一人一半。此法远比之前的准噶尔赋税要轻许多。
清廷的政策本是好的，可到了地方，不但驻地官员，就是当地的伯克也是随意役使回人为自己开荒种地，并令回人自携牛具耕种，对回人所购牛具，随意加价，一只瘦羊竟要四两银子。不仅如此，随意向回人摊派财务。因清朝政府取消了伯克世袭，伯克任免权利掌握在驻地大臣手中，伯克为了贿赂驻地大臣，更是巧取豪夺、加重盘剥当地百姓。
而在平定大小和卓后，大小得卓部众有些逃到境外，这些势力跟国内一些假意服从清廷的势力相勾结，暗中一煽动，致使不明真相的回人百姓更加痛恨清廷。
驻外大臣理宜洁己奉公。约束下人。而此次因暴乱自尽的大臣素诚，素质低下，即糊涂又贪财好色，他儿子更胜于他。他父子及属下办事笔贴式等，遇到回人妇女，稍有姿色的，不问是何人，唤至官署，任意奸淫，毫无避忌。其中就包括小伯克赖和木图拉之妻。
此次办送沙枣树苗进京，不过运几棵树苗能用多少人？可素诚派他儿子运送，沿途行李，俱令回人背负，以致所派回人甚多，高达三百来人。并将小伯克赖和木图拉一并派出。启程之前，小伯克赖和木图拉向素诚之子请示树苗要送到哪里，素诚之子认为他很冒失，不问情由打了他数十鞭子。赖和木图拉忍着伤痛，又向另一名笔贴式请示，结果又被打了三十大板，因此惹怒众回人。新仇旧恨，遂引发暴乱，暴民向驻守在乌什的清军发起进攻，素诚兵败后杀子自尽。又放火焚烧官署，暴民随后把官兵及往来贸易之人尽数杀死，又把在城外居住的百姓都赶至城里。
太后闻言叹道：“哀家还以为素诚父子是忠诚之士，为国捐躯，没想到竟是这等奸恶之徒！真是死有余辜。只是，战乱一起，又要有多少生灵遭受涂炭了。”
乾隆说：“儿子闻奏，不敢小觑，‘以回人断无，无故作乱之理，必系彼处大臣官员等将伊等苦累不堪，致启衅端。’故传旨命明瑞亲自前往查办。”
太后又问：“回人虽是官逼民反，终究反了，听说杀官夺府，十分勇猛。可新疆各镇都有屯兵，何以区区数百名乱民却是数月难以平定，此为何故？”乾隆叹了一口气：“不提起这些人倒好，一提起来，儿子的气就更是不打一处来。”
素诚父子尤为可恶是死有余辜，而阿克苏办事大臣卞塔海更是让乾隆气得肝疼。
乌什事变后，素诚手下兵将前往各处求援，因阿克苏离乌什最近，卞塔海最先接到消息，卞塔海领兵到乌什时。当时城内回众，并没有全部叛变，曾有人悄悄开门迎接卞塔海，卞塔海因不知来人是敌是友，不敢贸然进城，情有可缘。应该向来人探听探听城里有多少叛贼，有多少是被肋迫的百姓。而卞塔海并不查讯致乱缘由，先放鸟枪，把开城人轰了回去，到第三日，更是用火炮攻打城门，这不仅激怒了叛贼，连回民也开城迎战。卞塔海被袭击，败走数十里。至使步兵百余名，炮三座，都被回人缴了。可恨的是卞塔海丢失了三门军炮，竟瞒而未报。
更可气者。走了个孙悟空，来个猴。卞塔海前脚刚败走，纳世通带领援军赶到，而纳世通。领兵刚至彼处。还没开战，竟怕明瑞争功，六百里行文阻止明瑞前来。然后再给乾隆上折子，‘办理乌什官兵，现在一千八百余名，已足敷用。伊犁事务紧要。明瑞可毋庸前来。止须拨马四五百匹接济。已由驿六百里行文知会等语。’
这份奏折，给乾隆弄得无语了。明瑞是节制各城将军，遇此等事情，理应前往查办，而且乾隆命明瑞前往。并不单单是以壮军威，主要是调查暴乱起因，即便乌什平定，明瑞还是有应办之事。纳世通身为参赞大臣，新疆的二号人物，连这个道理都不懂，未得圣谕，他有什么权利先发行文。
乾隆何等聪明，心知肚明，纳世通是怕明瑞前来抢功。暴乱之下，军、民，随时都有死伤，兵贵神速，平乱宜早不宜晚，把功劳看得比士兵、百姓的命都重要，是何等混帐官员，无耻至极。
乾隆怕明瑞看到纳世通行文后，真就回转伊犁，自乾隆十三年以来，乾隆看尽前线官员的丑态，对明瑞也不敢高估。忙又下了一道谕旨，催促明瑞前往。
好在富察明瑞与其他官员不同，见到纳世通行文后不但没有返回伊犁，还派观音保带了五百名精兵，火速前往增援。
观音保到达乌什时，纳世通初战告捷，他更是把全部心思用在阻止明瑞前来抢功上面。观音保到达乌什时，正赶上纳世通再次攻城。纳世通竟安排观音保的部队，负责防守城外通北山区的路口要道，不许观音保参与攻城。乾隆在上谕中直接责问‘观音保所率官兵，俱甚强状。攻取乌什，理应调用此兵，但被派去堵截逆贼逃遁之道，用意何在？伊等意欲不用观音保所领兵丁，而仅用伊属兵丁，则成事后独享战功矣。’
而此时正当是安抚没有闹事的回众，令其倾心出力之时，纳世通反拨给观音保回兵二百名，令其任意驱使，说白了就是专门侍候观音保等人，观音保哪见过这阵仗，根本没敢用。由此可见，驻地官员压榨回人，已是普遍现象，乌什之始乱，继而贼势猖獗，暴乱不能立时完结，跟这些官员卑鄙无耻、平日任意压榨回人有关。实堪发指。
乾隆都不知道该骂这些人什么好。
二月二十七，明瑞赶到时，纳世通已多次强攻，仍是毫无进展，在此过程中不但被叛军又夺走一门炮，观音保还受了伤。
此时乌什城已汇集了从叶尔叶尔羌、库车、阿克苏、喀什噶尔、喀拉沙尔以及伊犁方面开来的平叛部队达四千之众。再加上明瑞的部众，清军已达万余人。
清军如此大规模攻势，仍是久攻乌什不下，乾隆估计，必然是全城尽叛，故而给明瑞传旨，若是乌什回人稍知害怕或擒获首恶，趁机投降，还情有可原。倘若不怕死，仍是抗拒，得城后，必严行查办，不可姑息。叛犯妇女，不必解京，送往伊犁该处配与厄鲁特人。将乌什城拆毁，土地给其他回人耕种。
从闰二月始，清军不断对乌什发起军事强攻，叛军虽伤亡惨重，清军却未能取胜，战争进入了相持险段。为尽快结束战事，明瑞采取了‘扰其耕作’、断其樵牧的策略。乾隆觉得此法可行。没多久，乌什城内出现了，‘粮尽樵断，马毙人饥’的局面，但清军仍是久功不下。
乾隆只能派阿桂前往协助明瑞办理乌什事务。因为阿桂曾带领回民一起建设新疆，回人对阿桂的感情，远远超过明瑞。