然而，正当刘秀磨刀霍霍向隗嚣时，突然从洛阳传来一个不好的消息：有人造反了，且规模迅速扩大，正朝京师洛阳扑来：先是颍川郡乱民造反，攻陷数县；接着河东郡的驻兵也跟着叛变。京城骚动…
这时，刘秀想起西征前，光禄勋郭宪拦路斩马绳的事。看来，人家根本不是作秀，洛阳城的确离不开刘秀。
8月，刘秀从上邽日夜兼程，返回洛阳。返程前，刘秀给岑彭写了一封信。信里有很著名的几句话“人苦不知足。既平陇，复望蜀”就是要岑彭在搞定隗嚣后就迅速南下，平定公孙述。
9月1日，刘秀到达洛阳。召来前颍川太守、现执金吾寇恂“颍川这地方还得卿去平定”寇恂道“颍川百姓素来奸狡。这次是听说陛下远征陇蜀，所以才起来造反。若陛下能亲自南征，乱事即平。臣愿执锐前驱”6日，刘秀南征，颍川盗贼悉降。郡中父老百姓遮道迎接寇恂，并拜请刘秀“再借寇君一年”刘秀答应，让寇恂暂留长社县，安抚官吏百姓，受纳余降。
一波未平一波又起。东郡、济阴郡盗贼亦起，刘秀派李通、王常前往平定。耿纯曾做过东郡太守，威信素著，于是刘秀封耿纯为太中大夫，率兵一起前往东郡。东郡百姓无不欢迎耿纯入境，盗贼九千余人不战而降。消息传回，刘秀再封耿纯为东郡太守。
24日，刘秀返回洛阳。
9月，已投降的原齐王、现安丘侯张步带着妻儿逃奔临淮郡，欲与其弟张弘、张蓝招集故众再起，被琅邪太守陈俊追杀斩首。
搞定隗嚣，这是个艰难的技术活。岑彭和吴汉都在冥思苦想地琢磨着。然而不久，老天就赐给他们一个天大的良机。俩人一看，喜出望外。好了！他们知道该怎么去对付隗嚣了。
隗嚣之所以跑去西县，不是西县城多么牢固，而是驻守西县的将领绝对靠谱：老将军杨广！马援曾给这杨老将军写信，想策反他投降，结果什么回音都没…可见，无论多烂的西瓜园里，还是有一两个中用的西瓜的！
对隗嚣来说，杨广老将军不仅可靠，且能打敢战。所以吴汉和岑彭包围西县后，都不敢轻举妄动。但天要亡隗嚣，鬼神都挡不住。不久11月，杨广老将军病逝，弃隗嚣而去了。其大将王捷在离此不远的戎丘城，登上城头，向城下的汉军大喊“为隗王守城者，皆怀必死之心。愿自杀以明志”说完拔剑自刎！
孤零零的隗嚣，看着西县城外密密麻麻的汉军，一股从未有过的绝望心情从心底生起。人生多荒谬，晃然一瞬间，英雄变狗熊。如没意外，西县将是他的葬身之地。
西县的确是个埋葬隗嚣的好地方。吴汉也是这样想的，岑彭更是这样想的。两人都认为：杨广死后，隗嚣就是个弃儿，让一切恩怨都在这里划上句号吧！于是两人马上分工，吴汉攻城、岑彭率人去城外的谷水，把谷水下游堵住，用谷水来淹西城…
这叫以其人之身还其人之道。相信来歙能看到这一幕的话，心里肯定特别解恨。但来歙可能也不会料到：就像隗嚣当初围打自己一样，貌似稳当的歼灭战，竟也出了个大意外！
当初刘秀要亲自率军征伐隗嚣有诸多因素。其中一个主要原因，说出来都没人相信。隗嚣狡猾强悍，前线也根本离不开他！如他不上前线，他那帮将军可能就要乱套吃败仗了！
自刘秀起兵以来，将军们的意见，刘秀不听，从没吃过亏。可如将军们不听他的话，多数是要吃亏的。当初邓禹建功心切，刘秀劝他别急，不能一口吃成大胖子，结果邓禹不听，犯了冒进主义攻打赤眉军，屡战屡败。
现在，吴汉又成了第二个不听领导话而吃大亏的将军。
刘秀返回洛阳前，曾再三告诫吴汉“你的那支部队，都是各郡临时组织的民兵。战斗力不强不说，更可怕的是这个庞大的群体，每天都要在前线啃掉多少珍贵的军粮。而前线军粮所存不多，陇山路途遥远，崎岖难走，军粮极不好运。士兵万一有逃亡的，还打击军心士气。不如打发一部分人回家，留下精锐攻打隗嚣。这样的话，可保证军队的质量”
然而刘秀走后，吴汉根本就没把这话放在心上。在吴汉看来，这话在杨广还活着、西县久攻不下的情况下，可能是成立的。但现在肯定不成立了！隗嚣孤军无援，只要自己一鼓作气，短时间内拿下西县，就肯定不存在缺粮危机了。
吴汉很自信。可问题恰恰就坏在他太自信上！吴汉并不知道：隗嚣尽管很烂，但还不是烂骨头，能一啃就下。隗嚣攻打来歙不成功，却很成功的学到了来歙的守城精神。一天天过去，吴汉紧攻猛攻急攻，就是拿不下西县！
危机却在逼近吴汉。吴汉部队攻城不下，军粮开始紧缺，逃兵越来越多，军心浮动…此时，吴汉只有寄希望于岑彭了。
事实上，岑彭也很着急。冰冻三尺非一日之寒，他要淹没西县，一两天肯定也是不行的。大约估算一下，现在水位距离城头，也就只有一丈余了。再等等，隗嚣就等着做水鬼了…
当初，隗器围攻略阳城时，可能也这样对自己说“再等等，来歙就成略阳城的水鬼了”可事情坏就坏在“再等等”上，刘秀策反了他手下的部将投降，让他紧张得逃到这里…历史是多么惊人的相似，就在岑彭说“再等等”的时候，隗嚣的援军来了！
隗嚣的部将王元、行巡、周宗等人率五千余蜀兵前来救援。往吴汉军营冲来时，敲锣打鼓的大呼“蜀兵百万已到”一时间，汉军上下都惊惶不安。
王元等人乘势杀入吴汉军中。汉军又疲又饿又慌，王元那五千蜀兵犹如狼杀进羊群，杀气冲天，硬是撕开一条血路，冲进西县城。然后又护着隗嚣杀出城外，另投天水郡冀县而去。
大鱼明明就要蒸熟了，竟还是被猫叼走了。看着隗嚣绝尘而去的背影，吴汉郁闷得一句话都说不出来。此时他的军粮已经吃完，不得不撤军东返。另一支由耿弇和盖延率领的部队也跟着撤军。
然而此时，隗嚣却不干了。吴汉和岑彭差点就要把自己闷死，这个刻骨铭心的大仇岂能不报？于是隗嚣决定反击，追杀汉军！
在岑彭的断后下，吴汉等人终于安全撤回长安，岑彭更是撤回了南郡郡治JL县津乡。只有祭遵还留在右扶风的汧县。安定、北地、天水、陇西等诸多郡县，又回到了隗嚣的手里。
校尉温序在这次战斗中，被隗嚣的部将苟宇生擒。面对苟宇的劝降，温序怒叱“叛虏怎敢迫胁大汉将军”持节乱楇，杀死数人。引起苟宇部下的众愤，争欲杀之。苟宇道“此乃义士，就给他一把宝剑，让他自裁吧”温序接剑在手，又把自己的胡须全部纳入口中，道“毋令吾须污土”拔剑自刎。随温序一起被俘的从事王忠得苟宇允许，收敛其尸，送归洛阳。刘秀特赐墓地，并封温序三子为郎。
20年前，高句丽侯绉被严尤诱斩于长安，王莽贬高句丽王为下句丽侯。20年后的12月，高句丽王遣使朝贡，刘秀下诏复其王号。
本年，大水。
建武9年（33）1月，祭遵在军中去世。消息传回，刘秀悲痛异常。命冯异并将其营。同时派人护丧东归。来到hN时，刘秀素服亲临，哭奠甚哀。丧礼上用太牢祭祀。命大长秋、谒者、hN尹专门负责丧事，大司农负责经费。刘秀亲临祭奠之后，又去慰问祭遵的家属，见其室家萧条。之后在朝会上刘秀常常感叹“安得忧国奉公，如征虏祭将军啊”卫尉铫期为此进言“陛下至仁，哀念祭遵。但经常这样的话，会让群臣们感到惭愧忧惧”刘秀乃止。
事实上，刘秀此次西征并没白忙。隗嚣貌似跟刘秀打了个平手，实际上已元气大伤。不久，隗嚣本人也带着无限悲愤归天了。
隗嚣死后，大将王元、周宗等人拥护其幼子隗纯为王，继续据守在冀县。同时，公孙述又派赵匡、田弇二将率兵前来支持隗纯。刘秀命冯异前往阻击，两军相持不下。
公孙述为解隗纯的困境，又派田戎、任满、程泛率数万人从益州巴郡与荆州南郡交界的江关顺江东下，击破冯骏等军，攻陷南郡的巫、夷道、夷陵三县。占住荆门、虎牙二山，横江架桥，并设关楼。立赞柱以绝水道，结营跨山以塞陆路，以拒汉兵。
6月，吴汉率王常、王霸、朱祜、侯进四将军、五万余兵马北伐卢芳的部将贾览、闵堪所在的代郡高柳县。因匈奴出兵相救，吴军兵败而归洛阳。朱祜留驻常山郡、王常留驻涿郡、侯进留驻渔阳郡、王霸为上谷太守，以备匈奴。
吴汉灰溜溜地回到洛阳后，准备挨批。但刘秀什么都没说。没说不等于没做。明眼人一眼都能看出：上一次西征，最大的赢家不是刘秀、不是隗嚣、更不是吴汉，而是来歙！
当时，来歙只凭二千兵，就顶住了隗嚣数万大军半年多的进攻。可谓打出了惊天地泣鬼神的境界。这种绝无仅有的守城之道，让诸将都长了见识！
现在刘秀要做的，就是重新调整军队领导指挥权。命来歙全权指挥驻守长安的部队和将军，马援为其副手。来歙得到军权后，立即给刘秀上书，建议再次西征“公孙述完全以陇西、天水二郡做为屏障，若拿下二郡，公孙述也活不长了。而现在正是拿下二郡的好时候！当地正在闹饥荒。当然我也知道国家目前很困难，皇帝你要办的事也很多。但无论如何，请你拨给我足够的军粮，让我率军西征，一举剿灭隗纯”
刘秀很快批复：同意！并下令准备6万斛军粮，用400头驴运往汧县前线交付。
8月，来歙率冯异、耿弇、盖延、马成、刘尚五位将军，向天水郡再次发起进攻！
8月，杜茂、郭凉率兵攻打卢芳部将尹由所在的雁门郡繁畤县。在代郡高柳县的贾览急忙率匈奴骑兵来救，汉军战败。
本年，贵人阴丽华的母亲邓氏、弟弟阴被盗所杀。刘秀伤之，追封阴丽华的父亲阴陆为宣恩侯、阴为宣义侯，让阴就袭封父亲宣恩侯的爵位，又召阴就的哥哥、侍中阴兴，也想封他爵位。阴兴坚决不肯“臣未有先登陷陈之功。而一家数人，并蒙爵士，令天下觖望。诚所不愿”姐姐阴丽华来问原因，阴兴又说“外戚家苦不知谦退，嫁女欲配侯王，取妇眄睨公主，愚心实不安。富贵有极，人当知足。夸奢益为观听所讥”
本年，寇恂一年的颍川太守任期到期，被刘秀召还。改由渔阳太守郭伋为颍川太守。郭伋到任后，招降山贼赵宏、召吴等数百人，皆遣归附农。随后因擅放降贼，郭伋上书自劾。刘秀不怪。不久，赵宏、召吴的余党们便远自江南、幽州、冀州，纷纷来降郭伋，骆驿不绝。