达赖汗仓惶引兵抗拒，他是固始汗子孙中军事能力最为杰出的一人，其自康区千里行军、跨越艰难，为父报仇的一战，堪称经典。
可是此时和硕特蒙古军队虽然表现出了骁勇顽强的战斗意志，而大顺军也由于长途跋涉的行军以及不适应青藏高原气候，表现并不尽如人意。
但是。
在两军交战的关键时刻，达赖汗的后方却又爆发了大批雪区僧俗贵族的叛乱行动。
和硕特汗国大军受此影响，军心大乱，在白天刚刚被蒙古军队击退的顺军，经过商议以后，决定由米剌印、马科两人亲自率军，在当晚便趁着夜色，全力猛扑蒙古军营地。
马科的副将果毅将军张国武引兵急战，黑暗中连续踹破和硕特军数个营盘，造成了敌军的蜂拥逃窜。
米剌印故技重施，用打败固始汗的战术，再次重创了达赖汗，和硕特蒙古军在黑夜中遭到袭击，顿时大溃，余众多遭到藏军沿途截击袭扰，基本上全军覆没。
只有达赖汗率领十余骑出逃西域，投奔了准噶尔部的首领僧格台吉，继续同大顺军为敌。
和硕特汗国灭亡以后，顺朝即在雪区恢复了达赖系统的统治权力，但同时为了达赖系统的力量和保持顺军的军事干涉力量，李来亨又提升了第巴系统众雪区地方贵族的权力。
第巴本是达赖的管家，其由雪区宗教首领的日常生活总管，逐渐演变为雪区事实上的行政系统首脑。
此时得到顺朝军事力量的支持以后，甚至有了称王的打算。
可李来亨绝无支持第巴取代达赖的打算，大顺在雪区除了另外借军事威压力量扶持起数个宗教领袖以外。即在第巴系统内部，也广建诸侯，使得雪区各地的地方贵族都可以进入拉萨第巴执政，实际上将第巴变成了类似顺朝政事堂群相制的体制，杜绝了一人掌握大权的独断可能性。
此外李来亨又以米剌印为西藏都督府都督，留顺军精兵三千人暂驻雪区，以维系大顺的军事存在。
不过米剌印系回教教徒，不受雪区僧俗各界贵族的支持，后来大顺发兵讨伐准噶尔时，准噶尔部首领僧格台吉便秘密授意他那个在雪区学佛的弟弟葛尔丹，联络雪区僧俗各界起兵驱逐顺军。将米剌印刺杀后，又坑杀了顺军将士两千多人。
这以后，直到制将军李懋亨、张国武率军入藏俘杀葛尔丹为止，青藏地区都落入了准噶尔部的手中，一度成为顺朝的心腹大患。
李来亨也吸取了西藏都督府设置失败的教训，改为采取了剥离雪区的方式以弱藏，除将青海全境并入甘肃省外，又将康区全部并入四川省中。
大顺灭亡和硕特汗国的战争，也震动了天山南北。原本被固始汗留在天山南北的和硕特旧部，闻此噩耗，无不为之震惊非常。
准噶尔部的首领僧格台吉也抓住这个机会，以共同对抗顺军扩张为由，强化了卫拉特联盟之间的关系，而准噶尔部和留在天山一带的和硕特残部，为了争夺卫拉特联盟的最高领导权，其斗争也达到了白热化程度。
最终准噶尔部与和硕特残部兵刃相见，大战一场后，和硕特残部被完全击败，准噶尔部顺利实现了对西蒙古诸部的统一整合，实力大为上升。
然而一部分被僧格台吉击败的和硕特余部，经由叶尔羌汗国占领的哈密地区，逃奔嘉峪关投奔顺朝。
其时征虏大将军郭君镇已经因病回京，时任西北经略使的周祚鼎即决定收纳这些和硕特部败兵，于是命制将军马科、赵自牢领兵出嘉峪关迎接和硕特部败兵。
结果顺军刚出嘉峪关，进入哈密地界不久，即遭到叶尔羌汗国兵马的袭击。此前和硕特败兵穿过塔里木盆地东奔时，已经和叶尔羌汗国发生了许多冲突。
现在叶尔羌汗国准备兴兵击灭这些和硕特部残兵，竟然连同顺朝军队一起攻击。
马科、赵自牢随即奋兵反击，昼夜苦战，由于不熟悉西域的地理环境，顺军损失很大，沿途因饥饿干渴而死的人，竟然有上千人之多，付出很大代价才顺利带着和硕特余众撤入关内。
哈密之败，再次引爆顺朝朝堂之上的舆论争议。
许多大臣都认为西域得失，于中原无关，不应该白白耗费这样多的力量去同准噶尔部、和硕特部争夺西域，还上书称哈密之败是因为天心厌战，是上天在警示大顺不能再继续穷兵黩武下去了。
但也有不少关心陕西安危的元勋功臣，他们都认为哈密的得失关系着西北的安定，西北的安定则关系着这些元勋功臣们家乡桑梓的安全。
勋臣们的政治能量可比那些科道言官强大太懂了，李来亨得到众多陕西籍的勋臣背书支持，底气十足，立即便诏令以刘芳亮为征虏大将军，代替因为伤兵回京的郭君镇出镇甘肃，开始部署收复哈密的作战。
叶尔羌汗国此时已经陷入严重的教派斗争，早在阿布都克里木汗时期，天方回教的“和卓”一派即开始进入叶尔羌汗国。
阿布都克里木汗之子马黑麻汗继位以后，黑山派和卓受到汗王的大力支持，这一教派在叶尔羌汗国内迅速发展。稍后，白山派也进入该国，要求分享黑山派的权力。两派之间的矛盾越来越尖锐，甚至发生血腥厮杀。
后来黑山派拥立伊思玛业勒为叶尔羌汗。伊思玛业勒汗镇压白山派，白山派首领阿帕克和卓经克什米尔逃往西藏，达赖随即将阿帕克和卓献于顺朝。
征虏大将军刘芳亮得此奇货可居以后，便命令制将军赵自牢、康大眼率军护卫阿帕克和卓进军叶尔羌汗国，而准噶尔方面，也趁着叶尔羌汗国集中兵力对抗顺军西征的机会，大举攻伐，夺取了全部的伊犁河谷一带。
由于顺军以护卫阿帕克和卓建政为口号，叶尔羌汗国内部不少信奉白山派的教徒纷纷起兵响应，汗王大军兵败如山倒，数月以后即遭到赵自牢俘虏，献俘宫阙于东京。
叶尔羌灭亡以后，西域出现了大面积的权力真空情况，准噶尔部趁机四面扩张，同暂时驻留在哈密附近的顺军接连发生冲突。
本就有意彻底击灭准噶尔部，完全收取西域的李来亨，随即便授意刘芳亮伐准全权，展开了一场规模浩大的新战事。