明代建国后，朱元璋于1368年改应天府为南京，1378年定南京为京师，1421年明成祖以北京为京师，恢复南京之名，作为留都。南京被称之为六朝古都，是指东吴、东晋、南朝的宋、齐、梁、陈六个政权曾在南京建都。城墙高12米，基宽16-18米，顶宽12-14米，城周有观敌台98座，四周均有登城马道，有垛口5984个。一块十几公斤重的城砖，层层压在一起砌成墙，约3.5亿块城砖，历时达27年，终完成京师应天府四重城垣的格局。南京明城墙一反旧制,将瓮城设于城门内,在城体上革命性的设置了 瓮洞 (藏兵洞),大大加强了城门的防御能力。崇祯望着宏伟的南京城，感慨万分。兵部尚书史可法，南京将军赵之龙等南京主要官员早早就在南京城口迎接，等崇祯下了轿。各种乐器交相呼应，首先在前列奏军中典雅庄重的音乐，间歇有比较清雅的音乐，乐器列有十六个铜器喇叭，大小各八个，八个唢呐，接着是两面云锣、两根龙笛、两根平笛、两根乐管、两根笙、四面铜鼓、“二金”、两个“铜点”等一些其他的古代乐器。崇祯走到跟前让南京官员平身，乘轻步辇缓缓的进入南京城。轻步辇前面有十名佩刀大臣导路，后有俩名佩刀护卫，护卫后跟着是豹尾班侍卫，其中执枪者十人、佩仪刀者十人、佩弓箭者十人。南京皇宫极具*，内部的布局跟北京没啥变化，后宫内虽说没有皇后和嫔妃等人，但是宫女却都是满员的。每日都进行打扫，皇宫内外的管理也是一丝不苟。甚至连冷宫也都还保留着。就如同在北京一样。
进入南京后，朱由检马上把皇后，范芊芊，李岩，红莲梓等一杆人叫来对他们再三叮嘱，南京不同于北京，江南是东林党的老巢，他们这次是虎口拔牙，凶险异常，大伙一定要小心谨慎，一切以忍为主。另外朱由检也把此次南巡的目的也一一告知他们，目的有两个：一是消灭东林党，另外就是拖延时间，把匪寇死死的钉在江南。为北方经济和兵力的回复争取时间。
与王承恩和司礼太监韩赞周的协同下，在根据历史上的一些记载，几日后朱由检对江南人员有了一定的初步了解：首先就是管控南直隶这三个人：兵部尚书史可法，司礼太监韩赞周，还有守备南京将军赵之龙。史可法就不必说了，此人是南明的重要支柱，历史上困守孤城，誓死不降，对大明的忠心是没有什么问题的。而司礼太监韩赞与王承恩一直有书信往来，经过王承恩的再三肯定，此人可保朱由检在南京的安全。至于南京将军赵之龙，就是个酒囊饭袋，袭职其父赵世新，最后降清。此人身据高位，在南京自成一派，跟东林党没啥瓜葛。不用理他就是。这三个跟东林党没有关系，这是不幸中的万幸。不过三人以下的其他官员那十有八九就都是东林党的人员或者是无能之辈。进入南京后，连续几日崇祯都没有上过朝，但是他知道这种清闲的日子不会太久，正所谓：树欲静而风不止。果然随着李自成夺取武昌府的消息传到南京，兵部尚书史可法和南京将军赵之龙两人一起匆忙来见崇祯。一场无烟的战场拉开了序幕。
“吾皇，万岁万岁万万岁”
崇祯点点头道：“两位爱卿请起，二位怕是为李自成占领武昌府之事而来的吧。”
史可法上前一步道：“吾皇英明，正是为此事而来，李自成已入两湖，又得武昌，势力日渐强大，朝廷因立即派兵镇压。”
崇祯道：“史爱卿所说不错，然大明刚刚与后金一番交战后，又连续作战于陕西，大明北方被严重破坏，北方兵马也早已人困马乏，无力再战，如需派兵讨伐李自成，怕需从南方调兵。不知可有人选？”
“臣，不同意史大人的建议。”还未等史可法回答，南京将军赵之龙已上前反对。
两个人一起来，可是意见却不一样,崇祯道：“那你说说，你的想法。”
“是，江南地区一直是大明最安稳的地方，江南士兵都没有经历过大战的洗礼，人数虽多，可是在微臣看来不过是一群乌合之众，守城尚且困难，如何能剿灭李自成的兵马。如若想剿灭李自成兵马，还需从北方精兵，可皇上刚刚也说了这北方刚经历大战，根本无兵可调，因此臣认为此时最重要的是守，而不是攻。等北方稳定，南方兵马重新整顿后才能出击。万不可操之过急。”
赵之龙的意思很明显，大明匪患一直以来就有，哪里是一时半会能彻底剿灭的。江南的兵马虽说没他说得那么不堪，但是也好不到哪去。确实也没有剿灭李自成的可能。想攻，那就要调北方京军下来，但是这崇祯绝对不愿意的，所以守，确实是不错的选择。再说，武昌府离南京还差甚远，根本威胁不到他的利益。崇祯思虑了一番道：“二位意见可谓是南辕北辙，但也各有道理，朕一时也无法决断，正所谓兼听则明，偏信则暗。明日早朝时多听听各位臣工的意见后再做决定。二位先回去休息吧。”
见皇上这么说，大伙心照不宣，东林党都还没表态呢，两人也乖巧的退了下去。
东林党方面，连续刺杀的失败，让东林党内部出现了一丝的骚动。在相互推卸责任后不了了之。东林党总坛内“老爷子”有些疲惫的躺在靠椅上打盹，年纪大了难免，不过武昌府失陷，淮王战死消息打扰了他的睡梦，吃惊的他睁大了眼睛，嗅到了一股足够让东林党覆灭的危机，又接到史可法，赵之龙面圣的消息，立即下令召集东林党在南京的官员前来商议。
于是第二日，一场决定东林党命运的高级人员重大会议就在“坟地”内举行。坐在中间为首的自然是“老爷子”，“老爷子”的真面目除了七大使者和几个东林党最高领导人知道身份外，其他人根本无从得知，每次见外人时，脸上都戴着一个恶魔的面罩见人。下面居左第一位站着的是南吏部尚书黄道周，往下依次是朝廷官员马士英，高弘图等十几位官员。据右的是天枢为首的东林党使者，以往东林党的联系一般都是秘密的单一联系，极少有如此大规模的聚会。不过这次各位都知道李自成夺取武昌意味着什么，都乖乖的退居一旁等待“老爷子”的训话。
见大伙都来齐了，老爷子问：“武昌府失手，问题的严重性不用我多说了吧，各位说说，接下来如何处理？”
天枢道：“没想到那些匪寇不向北去骚扰崇祯，既然掉转目标指向南方。这正好扎进了我们的软肋。一直以来我们对大明将领的培养，军队的掌控都是弱项，又因我们经常弹劾带兵大将所以导致兵部官员及在外领兵大将都不怎么待见我们。虽说这些年我们已经开始着手这方面人员的培养，但离全面掌控大明江南的兵马还相差甚远。此时武昌丢失，李自成一定会乘机清扫两湖，做强做大。这就如同一道催命符般，因此尽快掌控江南大明兵马已刻不容缓，即使不能确保出兵剿灭李自成，也不能再让李自成再进一步。”
老爷子又问道：“如何掌控江南？”
黄道周上前一步道：“两个方面：其一，学曹操“挟天子与令诸侯”，其二就是逐一更换江南各省统兵大将。”
老爷子点了点头，黄道周的想法基本跟他吻合，又问道：“那个投靠过来的匪寇首领高杰，如今怎么样了？”
马士英走了出来道：“经过一番劝说，加上又是给官给银的，此人可用，经过我们从中协调，高杰已官居总兵。”
“恩，不过总兵不够，他的能力是有的，他要钱给钱，要官给官，此刻正是用人之时，要让他死心塌地为我们所用。除了他之外，刘泽清也时候让他挪挪官位了。明日你们就上折弹劾江西总督郭维经，浙江总督张国维。让他们两个顶上。这两个最重要的地方必须由我们的人完全掌控兵马。”
“是，我们这就安排下去，明日一早就上折子给皇上，弹劾郭维经和张国维。”底下所有人异口同声道。
“具体怎么操作，怎么继续挖掘可供我们使用的人，等下黄道周和马士英两位与各位下去相互讨论，不要怕花钱，拿出可行方案给我。就这样各位先下去休息吧。”除了黄道周和马士英外，各位官员都知趣纷纷离去，到另外的屋内享受去了。
崇祯三年六月十五，崇祯到达南京留都的第八天，第一次破天荒的上了早朝，就在崇祯洗漱完毕时，司礼太监韩赞周带着一摞奏折来到崇祯面前：“皇上，今早发生一件怪事，突然在南京的大多数官员同时上折弹劾江西总督郭维经，浙江总督张国维，您看这些都是。”
崇祯微微一笑道：“怪事年年有，不过你这不是啥怪事，这是有人有话要说。上朝吧，把这些都带上。”