谱尼帮助斯嘉丽融合自己圣灵之力后，异域魂王突然出现，将谱尼困入自己多重空间中，艾恩斯让斯嘉丽先走自己一人阻挡异域魂王、混沌埃兰、混沌蒂亚斯与混沌魔使。
艾恩斯在身受重伤后超进化成不灭·艾恩斯，谱尼破除异域魂王幻境，仅仅一击，击败大量混沌教派成员。
而作为混沌教派教主索伦森，却早已经在谱尼降临混沌核心前逃离混沌核心。
随后，奥古斯特加入混沌教派未接受混沌之力，而是完成自我突破超进化成x博士奥古斯特，在千魂要塞与盖亚与瑞尔斯两兄弟战斗过程中自爆牺牲爆炸引爆千魂要塞，导致大量亡魂涌出，阴冥妖姬加入圣光联军，协助谱尼与圣光联军成员们及时建立横跨星云隔离带，阻止一场宇宙大浩劫。
索伦森趁谱尼在分身乏术时派混沌魔使找大暗黑天六位长老一番商量后混沌教派与大暗黑天在抢夺神兽之血意见达一致结盟(实为互相算计)，赛尔号收情报后派迪恩去调查大暗黑天，陷大暗黑天阴谋牺牲。
大暗黑天利用克里奥星系至宝克里奥三星成功解封常长老艾夏拉封印(天长老天蛇太祖妻子)，索伦森在这段时间唤醒封印已久陨星议会(遨天之煞，扫荡之锋，噬梦之灵，葬生之莲)，命令他们带领混沌教派大军攻打五大星系，因为萨尔蒙、白虎、玄武被杀，青龙被天邪龙王击成重伤无法管理卡兰星系，圣灵联军远在混沌星域，三大星系无人守护，无数精灵们惨遭陨星议会与混沌教派屠杀(其中包括很多老精灵们，比如蘑菇怪，钢牙鲨，提亚斯等)，麒麟与朱雀不得不离开自己螺旋星系与裂空星系前往三大星系，成功击退陨星议会与混沌教派，但也导致螺旋星系与裂空星系防卫空虚。
后噬梦之灵带领混沌教派大军趁麒麟不在螺旋星系成功占领螺旋星系，隔离带情况逐渐好转后，谱尼派圣化战联前去保卫各自星系。雷伊及时赶帕诺战场与阿克希亚将扫荡之锋重伤(后扫荡之锋被赶现场遨天之煞救走)，赢星系保卫战首次胜利。后二人支援其他星系，委托艾里克守护帕诺星系。
由于混沌教派人数超过圣灵联军，为减少圣灵联军在实力与数量差距，谱尼给加入圣光联军不久两位神兽之子圣灵之力，后由于索伦森亲自率领混沌教派大军进攻因为自己不在隔离带，导致留守隔离带中的奥斯卡自爆牺牲(同时令索伦森第一次受伤)，迫使圣光麒麟召回自己女儿麒麟之女波西利亚加入战斗。
圣灵联军主力与混沌教派主力在魔神星上空决战，混沌教派大部分成员们被圣灵联军成员们击杀。混沌教派小部分成员们逃走下落不明，陨星议会见混沌教派大势已去后背叛混沌教派逃走归隐，圣灵谱尼因为强行冲破灭神结界导致受伤，最后圣灵谱尼牺牲自己，使用神灵之力消灭混沌魔君索伦森，化作圣灵之心，由明翼带回圣灵峰上层，守护圣灵之心等待圣灵谱尼再次苏醒。
圣灵联军与混沌教派秩序之战到此全部结束，圣灵联军就此解散。
敌对组织
混沌教派(已经覆灭，混沌教派残党们下落不明预计他们日后可能会复兴混沌教派)
大暗黑天(艾夏拉复活后再次隐匿等待卷土重来时机)
宇宙海盗(克里奥星域主线剧情过后再次归隐等待卷土重来时机)
妖族(被索伦森胁迫，后被圣光莫妮卡与圣光斯嘉丽封印)
陨星议会(已经背叛混沌教派逃走等待势力强大后卷土重来)
混沌地王莱茵哈特、混沌飞王凡尔斯
混沌法师萨里奥森
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