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在远古时期，与泰坦巨兽和平共存的人类建立了先进的古文明，但在王者基多拉降临后，所有文明被顷刻毁灭，只留下了这些海底遗迹。
哥斯拉从第一部就没对人类流露过多少敌意，在这里也能看出来，他和人类早有渊源。
他把火传给了人类，他是人类历史上最古老的神。
而王者基多拉，则是宗教中的红龙，恶魔撒旦的化身。
它是人类宗教反派的最早起源，这场战争，是神魔之战。
“现在是哥斯拉最虚弱的时候，勇敢的上吧叶之琉。”心中仿佛有另外一个声音在跟自己说话。
“不用你提醒啦！刚才它还挨了我一发氧气破坏弹呢！”叶之琉搓了搓手，“都有些对不起他……”
“不过无所谓啦！要想强大必然要付出代价，正常正常！”叶之琉话锋一转，将手中的核弹头放下，开启密码倒计时，然后抬头看向神殿上的棘刺大山。那些棘刺高高的耸立，令人想起罗马万神殿上的立柱，同样威严不可侵犯，仿佛踏入，便处于众神的凝视之下。
沉睡的哥斯拉睁开了眼睛，虚弱的看向他，鼻翼中的气息已经非常微弱，低低的喘息着。
“抱歉了，这不就只能给你送好东西来了，三叉戟弹道导弹的核弹头，当量有两百万吨……”他有些悻悻的道，看着哥斯拉没动静，终于下定决心，取出了心灵宝石，轻轻的贴在他的鼻翼下方的鳞片上。那些鳞片是温热的，坚硬的，代表着这只泰坦巨兽最后的顽强和坚持。
巨大的吸力传来，他闭上眼睛，进入了哥斯拉的内心世界。
从他最开始诞生起，叶之琉清楚的看见了那个称霸了恐龙时代和史前时代的哥斯拉种群。
在一次又一次的大灭绝中，在与寄生巨兽穆托的一次次战斗中，这个种群的数量一次次减少。
随着时间推移，哥斯拉种群消亡了，最后只剩下哥斯拉一只。
他是最后的神。
God，Godzilla.
几万年前，外来物种王者基多拉降临了地球，为了那些与自己和谐共存，将自己奉为神灵的史前人类文明，哥斯拉与王者基多拉展开了拼死决战，这一切也留在了太古的壁画之上。
王者基多拉因为不适应地球环境，再加上哥斯拉百般阻挠，最终永久的沉睡在了南极冰盖，直到现在——被无知愚昧的人类放出。
后来的记忆也愈发清晰，因为地表核辐射一次次减弱，哥斯拉回到了它诞生的海底休养生息，直到广岛核弹之后，人类开启了核能时代，导致地表平均核辐射上升，哥斯拉这才从沉睡中苏醒，并来到地球表面，同样也引起了人类的注意：毁灭死亡之群、挨了人类第一颗氢弹、旧金山大战穆托、与穆托王的血斗……
“我们签订契约吧，互相平等，我需要你的时候，希望你能住一臂之力。”叶之琉睁开眼睛。
他看见的最后一幕，是夕阳之下，哥斯拉拖着燃烧的后背走向大海，滚滚浓烟从后背上散发出来。
他的背鳍全部被穆托王毁掉了，不过所幸，他新长出的背鳍更大也更美，能储存更多能量。
思绪拉回。
哥斯拉艰难的睁开眼睛，挪动脑袋，勉强算是同意了。
他这次遭到的打击实在太大了，没有几万年是恢复不了的。
“嗯，再会了，吾友。”叶之琉不知怎的就挤出一滴眼泪来。
哥斯拉此时的状态，看着实在是太让人心酸了。
当他一脚溜进传送之门时，核弹就在他身后爆炸。
冲击波浩浩荡荡地传开，整座海底神殿被瞬间摧毁。
传送之门在海平面之下打开，激荡的水流翻涌而上。
潜艇也被海底冲击波命中，磅礴的巨力带着它上浮。
“好险……”
叶之琉浮出了海面，召唤出了阿尔法一号战衣穿戴，悬浮于海面——海面上已经下起了大雨，一片狂风暴雨间，他看向暗流涌动的大海。
雷达检测到巨大的物体上浮，叶之琉知道，是他。
“有看到什么吗？”潜艇上，陈艾琳博士和山姆等人爬出艇台，环顾四周，大海上波涛汹涌。
马克缓缓举起望远镜，望向不远处的海面。
海面上忽然出现一个超级大旋涡，漩涡缓缓旋转，隐隐间有蓝色的光芒流转。下一秒，浑身上下笼罩在剧烈光辉中的哥斯拉破开了海面！
他满血复活，眼睛、鳞甲、背鳍皆散发着炽烈而耀眼的蓝光！
他对着天空喷射出巨大的原子吐息，浩浩荡荡，横无际涯。
天空被映照成了一片炫目的蓝色，所有雨丝都在这股吐息的照耀下分开，整片大海都沸腾了，哥斯拉用这样的方式宣告自己已经王者归来！！
“Nice！！！”叶之琉兴奋的大喊，没错，没错，就是这样！他终于按捺不住自己激动的心情了，还好是隐身状态，潜艇上的人没发现他。
而哥斯拉缓缓低下脑袋，凑近了观看潜艇上的人，隐隐有些敌意。
马克依旧淋着暴雨，张开双手，“大家别动！”
哥斯拉意味深长地看了潜艇一眼，旋即猛地扎入海中，一甩尾，拍起巨浪，巨大的棘刺消失于大海中，朝着王者基多拉的方向而去。
“你还好吗？”陈艾琳博士有些不放心马克现在的状态。
“我知道如何找到他！”马克似乎在自言自语。
而潜艇后方，阿果号于赶来迎接潜艇上的众人了。
“我知道如何找到他们！”马克大声的自言自语。
“要去波士顿了，等了这么久，终于等到决战了啊！”
叶之琉心情不错，引擎启动，向最终决战的战场而去！
……
同一时刻。
全球首都已经沦陷，白宫的浓云掠过金色闪电，看上去就像活的一般。阿果号飞掠已经残损的国会大厦时，也不免为这一景象感到震撼。
帝王组织全体成员已经把目标设定在波士顿，因为女猪脚的女儿麦迪逊机智的带着奥卡装置从乔纳·艾兰的基地逃到了他们在波士顿的家。
这个胆子大上天的女孩儿甚至利用体育场的广播扩音器试图让到处肆虐的泰坦巨兽全体平静下来——居然真的让她成功了，怪兽们真的平静下来了，一个两个的似乎都在安静的等待。
等待什么呢？
新的指示吗？
王者基多拉：我有些不爽。没错，他以为有新的怪兽来挑战自己身为新任怪兽之王的地位了，于是当机立断，拍案而起，金色的皇帝不上朝了，直接前往声波的源头。他离开了已经水漫金山的华府，冲向了波士顿市。
它已经想好了，不管是啥泰坦巨兽，只要狠狠地宰掉就行了！
来一只杀一只，来两只杀一双，一减一等于零，就这么简单。
于是暴风雨就这样来了，整座城市都笼罩在风雨飘摇中，滚滚气雾覆盖城市，超级风暴降临。
果然是王者基多拉，所到之处，必有暴风雨相随。
在体育场里，王者基多拉终于发现了真相，原来那些类似于巨兽传信的声波全部来源于体育场的扬声器！他甚至还看见了把这些扬声器打开的罪魁祸首，他使用引力射线轰炸体育场，看啊！看啊！！人类自以为巨大的建筑物，在我面前那么不堪一击，堪堪化为灰烬。
就差一点……就可以杀掉这个该死的麦迪逊了！
可就在这时，怒吼声远远的传来。哥斯拉从大海中缓缓直立而起，随后一脚踏上了码头，裂纹丛生。
烟尘四散，这天这地，都在为他的到来而颤抖匍匐。
哥斯拉俨然已经恢复了健康，浑身上下的背鳍散发着危险的蓝光！在他身后，无数人类战斗机和阿果号母舰一起赶了过来，从哥斯拉两旁掠过，机腹下挂载的导弹开始进入点火状态。
哥斯拉就在这狂风暴雨间仰头怒吼，波士顿的群楼肃穆，仿佛沉默的森林，他籍此宣告对王者基多拉的审判，外来者，就该滚回去！
而人类也终于不再逃避巨兽的战斗，尽管他们渺小如蝼蚁，他们卑微如尘土，可是人类……
也是地球的主人！！