新的一周，风眠公会正式进入支线剧情《高达前哨战：爱丽丝的忏悔》。此时风眠公会和刺手玫瑰公会交易的梅塔斯还没有改造完成，为了排除不稳定因素，部分改造完成的梅塔斯也没有进入战斗序列。
进入支线剧情的人数有限制，所以风眠公会只是派出了星光和风澜两支小队，铁雄公会派出一支小队。奥古三支小队。地球联邦军玩家出动了四支小队。
这个支线剧情的主力是地球联邦军的新机体mSA-0011S高达，其他的机体都是为他做配。S高达重新启用了元祖高达的组合机体设计理念，全身由三部分组成。
S高达的上半身，为战斗攻击机，在宇宙或者大气圈内都拥有绝佳的运动性，背包装备2门大口径光束加农炮，无论是mS形态还是G-Attacker形态都可以使用。双翼还载有推进剂槽。
S高达的下半身，为爆击机，拥有强猛的火力以及不俗的续航能力，大腿部的光束加农炮是从mSZ-006A1Z plus·A1型所使用的光束加农炮改良而来，可进行广范围的射击。还可在机体右侧选装高出力的精灵光束炮以代替光束加农炮，机体左侧替换光束加农炮的则是能量补充器。
中心部位用核心战机连接，核心战机跟元祖高达的的核心部件设计相似，标准武装是导弹发射架，就算单独作为一台战斗机也没有任何问题，足以保证机师的逃生以及战斗数据的回收。
头部由于搭载了准塞可缪兵器，有线制御炮系统以及四门火神炮，为了达到及时散热的目的，在头部加装了强力的冷却装置以及大量的散热片确保散热。这也就是机体的脸颊有着类似鱼鳃状物体的原因。
而该机的最大特点就是机体内还暗藏了自我学习型电脑——“爱丽丝”即“发展型逻辑\/非逻辑辨识装置”，这是一部拥有女性人格的超级电脑。也就是智能AI
爱丽丝具有独立人格，能够独立思考、分析，在作战中甚至可以独立控制mS，因此比以往只是辅助用的“学习型电脑”更先进。而“爱丽丝”其能力在与机师的“恋爱”过程中将不断得到增长，因此，机师的人选是以思维方式超越逻辑和常识的“危险分子”为佳。
由于爱丽丝具有真正的人工智能，能够学习理解人类的感情、判断是非，而不是一味的遵从人类的命令，因此联邦的高层们担心这样的技术会拒绝下达的某些“没有道义”的命令，不符合联邦高层的利益，因此导致爱丽丝并不受重视，随着搭载爱丽丝的S高达的损毁，这项伟大的计划也就此终止。
驾驶这台先进机体的机师是獠·鲁兹，地球联邦军少尉机师。其父亲在一年战争期间身亡，母亲则是开发“爱丽丝系统”的科学家，也在开发期间死亡，因此造成了獠叛逆的性格。
除了主角之外，其他的工作都由玩家承担，战舰也是统一的麦哲伦改级战列舰。阿尔法小队集结了三艘战舰向着培曾基地开进。铁雄公会的小队和奥古的小队被留在月球，充当月球守卫队。
此时的培曾基地盘踞着五支隶属于新迪赛斯的小队，外部还有叛变过来的埃诺舰队帮忙，还有悄然而至新吉翁的协助，战力上不虚阿尔法小队。
第一幕是培曾基地的新迪赛斯玩家发动叛乱，用新机体RmS-141赛克·艾恩轻松击溃了用RmS-154巴扎姆改良型搭建第一道防御线的地球联邦军的Npc。顺利夺过培曾基地的控制权。
第二幕是已经控制了培曾基地的新迪赛斯玩家出动和埃诺舰队汇合，打算进入月面都市艾尔斯。艾尔斯市是一座坐落于月球南部的自治都市，由于月球轨道运行的原因，这座都市永远不会面向地球，由于这个原因和其他历史因素，使得这座城市的居民对地球产生了一种奇异的邪教般的崇拜，这种崇拜使他们成为泰坦斯的主要支持者，以至于在格利普斯战争结束时，包括市长凯撒·派恩菲尔德在内的艾尔斯市民兵出动保卫格利普斯2号。
格利普斯战争之后，培曾教导团发动叛乱，组建新迪赛斯，艾尔斯市又支持叛乱者，将这座城市作为新迪赛斯的后方要塞，于U.c.0088年3月12日接纳新迪赛斯军队入驻。
虽然艾尔斯市已经接纳了新迪赛斯，但是隶属于地球联邦的月面防卫队不能答应这种行为。于是二者展开了激烈战斗。此时和主角一同出发的阿尔法小队，也是一同赶往艾尔斯市救援。
坚守艾尔斯市的玩家，使用的机体是RGm-86R努贝尔·吉姆3和mSA-007耐罗。还有3台稀有机体FA-010-A全装甲ZZ高达先行量产试作型。
机体的性能很是不错，但是人数差距过大导致艾尔斯市落入了新迪赛斯之手，但是机体的到了最大限度的保存。
原着中战斗持续了很久，但是剧情里的战斗，在阿尔法小队到达后，战斗就结束了。楼宇等人跑了一路，但是在第一幕和第二幕都没有出手的机会。
直到第三幕，地球联邦军发动“鹰坠行动”。开始攻击艾尔斯市，楼宇等人才得以登场。