在正面的时间线里，仙剑大会遭到黑暗偃师的入侵，徐天云关键时刻发现了自己的身世，原来自己是古剑斩仙残缺的灵的一部分，因为古剑的灵是残缺的，所以导致在天剑岛封印了三千年就开始有所松动。
黑暗偃师之首的偃师九幽冥王终于现身，干扰斩仙之剑，试图释放出神剑之恶念。
徐天云舍身进入剑中，在剑中直面地狱一般的剑灵世界，原来千万年以来，这些都是被斩仙之剑灭掉的修仙者的怨灵，怨灵给徐天云布下了集体幻阵，徐天云勇闯剑中的十八层地狱，终于将斩仙之剑的邪恶之念压制，但以自身永远困于剑中为代价，成为了斩仙剑的王之剑灵，令剑中的万千怨灵臣服。
徐天云牺牲后，叶泽率青云门府，李卿月率青石门，太华书院，玉圣宫，还有大陆各仙门齐聚天剑岛，一场大战在古剑地界展开。
黑暗偃师因为时机未到，被叶泽打得落荒而逃，后退之中，又遭到沈萱为首的妖族围追阻截，损失极为惨重。
大战之中，徐瑞风见到了一个蒙面女子，那个蒙着面纱的女子就是沈萱，现在她已经当上了妖族之王，即将返回妖界。
临走时，徐瑞风用剑气掀开了沈萱的面纱，痴痴地望着她，二人深情对视一阵后，再次分别。
这一场战斗之后，徐瑞风向掌门辞行，随后离开青石门，只身一人前往妖界找到沈萱，沈萱感动，二人不顾身份在一起了。
黑暗偃师虽然大败，但是很不甘心，将大片大陆和国家的人改造成了偃甲人。
万千黑暗偃甲在九幽冥王的带领下攻击太渊大陆，偃师之国首先抵挡，天师林克被杀，偃师之国随后灭亡。
但因为林克拼死抵抗，九幽冥王的遭到重大挫折，元气大伤，给东临帝国留下了充足的准备时间。
终于，上界堕仙连同魔修的总攻之日来临，曹麟因为不愿意做傀儡皇帝，不接受黑暗偃师将平民百姓全部改造成偃甲人去送死，暗通青云门府试图联手反抗黑暗偃师，但被识破，被邪眼道人的傀儡雪皇后毒死，朝堂瞬间陷入混乱。
混乱之中，曹华和唐清决定离开青石门，在原来御史大夫韦应修根本没死，这一切都是曹麟早就安排好的，演给邪眼道人看的，其实韦应修早就在青石门了，他的任务就是假如有一天曹麟死了，就让他的哥哥曹华重新回来接管帝国。
曹华重回帝国，苏兴立即宣布辅佐曹华对抗邪眼道人，同时，叶泽也没有放弃世界，和青云门府，青石门，一众愿意反抗黑暗偃师的英雄们，在北极的圣子之星处和黑暗偃师展开终极大决战，阻止了黑暗偃师毁灭青玄界的行动。
青玄界得救，世界一片欢呼。
事后，苏兴被封为定国公，东临帝国继续延续了两百年之久。
一百年后，叶泽，苏采琳飞升仙界，三百年后，徐瑞风，沈萱，飞升仙界，五百年后，雪玲，伊言，小野飞升仙界。