回到真新镇，小智和花子就分开了，花子直接回家，而小智带着皮丘和喵喵去大木博士的研究所接回魔尼尼。不过喵喵会说话的情况还是被大木博士发现了，大木博士对喵喵爆发出了极大的热情。毕竟这可是他见过的第一只会说话的宝可梦。
大木博士想到了让喵喵作为翻译官来和其它宝可梦沟通，还将喵喵介绍给了其他博士，小智也沾了喵喵的光，提前认识了各个博士。不过，喵喵就苦了，当起了翻译官，每天都有答不完的话。不过喵喵毕竟是小智的宝可梦，加上小智的家离得近，所以喵喵每天还是要回小智家的。
就这样，终于来到了小智旅行前夜。花子已经将小智的行李都准备好了，小智的那只皮丘也在之前进化成皮卡丘了，终于要进化成皮神了！皮丘成功进化的时候，把小智激动得一夜没睡。值得一提的是小茂也提前获得了一只宝可梦，是一只钻角犀兽。
第二天早上，小智终于要出去旅行了，带着花子准备的行李，和皮卡丘一起前往大木博士的研究所拿宝可梦图鉴和精灵球了。小智旅行并不打算带上喵喵，因为小智需要喵喵在大木博士的研究所照顾在旅行途中收服被传送回的宝可梦们。而魔尼尼则是爸爸留给妈妈的宝可梦，日后会进化成魔墙人偶，可以帮妈妈做家务，因此，小智也就放弃带它出去了。所以小智就和原剧情一样，带着皮卡丘去旅行了。
到了大木博士的研究所后，小智就碰见了小茂。两人一见面小茂就一脸不爽地说：“小智，你这家伙终于来了，你再不来，就没法知道我选择什么宝可梦了。哦，对了，我听说，你放弃选御三家成为初始宝可梦了，真可惜耶。”小智心说：我现在已经有了三只宝可梦了，而且都不是一般的宝可梦，没错，无论是前世被人们称为皮神的皮卡丘，还是会说话的喵喵，都是如同外挂一般的宝可梦。对于损友小茂的嘲讽小智只是一笑而过。大木博士这时出来对小茂道：“小茂，你还选不选了？不选就让其他人先选。”小茂听到这话着急地说道：“来了！”之后就去拿宝可梦了，生怕别人拿走了他中意的宝可梦。跟原剧情一样，选择了杰尼龟。小智看到小茂选择了杰尼龟，心道：果然如此！小茂选择好宝可梦之后就开着跑车走了。
因为小智之前自动放弃了御三家，联盟也作出了补偿，给了小智一个特权：联盟将不会过问小智的宝可梦的来源，也就是说，小智想要收服什么宝可梦都可以，就算是神兽，只要是被小智收服了，就是小智的。这个特权也许对其他人来说没有任何用处，但是对于熟悉剧情的小智来说却是非常有用处的。不过小智也没打算滥用这个特权，因为有些神兽小智对其并不感兴趣。
就这样，小智拿了宝可梦图鉴和精灵球之后带着皮卡丘向着常青森林的方向出发了。