莉萨重新认识了在虹之谷生活的人类和机器人，并带领他们反抗威利的计划，不过威利操控巨大机器人威胁，被独孤刀剑操控的超级非想天则击败。独孤刀剑便和艾克斯以及杰洛杀入了托比亚宫殿。
这时候独孤刀剑因为没有装备机械装甲，因此只能依靠艾克斯和杰洛的通讯和艾莉雅联络。
艾莉雅说道：“艾克斯，杰洛，听得见吗？”
艾克斯回答道：“我听见了，威利好像是在宫殿的一间驾驶室中。”
艾莉雅说道：“不，威利已经开始移动了，他手里还有人质，正想要把她带去改造工厂。”
杰洛惊道：“留琴……”
艾莉雅说道：“目前你们必须在五分钟的时间内追上他，他的目标就是机器人改造工厂。”
艾克斯回答道：“明白了。”
艾莉雅说道：“祝你们好运。”
独孤刀剑问道：“怎么了，杰洛哥？”
杰洛说道：“威利准备亲自带着留琴放进改造工厂。”
独孤刀剑说道：“我们得必须行动了，要把留琴姐姐救出来，艾克斯哥哥，现在艾莉雅姐姐怎么说？”
艾克斯回答道：“以我们现在的速度还是能赶得上的，不过现在威利即将到达改造工厂至少需要花上五分钟的时间。”
独孤刀剑说道：“那我们立刻出发，务必救出留琴姐姐。”
艾克斯说道：“我们走！”
艾克斯和杰洛两人高速滑行，而独孤刀剑则是高速飞行，遇到每一个托比亚兵，艾克斯用能量炮射击，杰洛用光线剑战斗，而独孤刀剑则是拿出戈贝尔枪变化而成的多功能步枪射击，顺便还用步枪上的枪托砸坏机器人。
艾克斯说着：“你的战斗方式……有点像艾克赛尔呢。”
独孤刀剑说道：“是吗，我怎么觉得不太像呢。”
艾克斯说道：“一会儿是用剑，一会儿就是用枪，你拿枪的样子就跟艾克赛尔有点像呢。”
独孤刀剑心里冒汗：“这是重点吗？！”
只见艾克斯聚集了超高的能量，蓄力发射出巨大的能量炮弹。贯穿消灭了前方的托比亚兵，同时，杰洛用能量炮和光束剑杀敌，也消灭了不少地面托比亚兵，而独孤刀剑用多功能步枪射落了附近飞行过来的托比亚兵。
这时候，艾莉雅传来消息，说道：“离威利逃脱还有四分钟，请注意掌握时间。”
独孤刀剑想着：“看样子挺吃紧的啊。”
此时在外面，莉萨等人保佑着：“希望能很快抓到威利……”
很快的，独孤刀剑三人迅速追击，这时候独孤刀剑三人发现了一台控制装置。
艾莉雅说道：“艾克斯，请等一下，这个控制装置是威利操控托比亚兵的最重要的设备，破坏它可以停止所有托比亚兵的行动。”
艾克斯答应道：“我明白了，我试试看。”
说着，艾克斯聚集了能量，蓄力发射了巨大的激光炮弹，击中了控制装置，此时控制装置连环爆炸，所有的托比亚兵突然短路，陷入了瘫痪状态。
独孤刀剑说道：“这么一来，没有能阻挡我们的敌人了，抓捕威利就更简单了。”
离威利逃脱还剩下一分半的时候，独孤刀剑看到了他，并向艾克斯和威利指示。
独孤刀剑说道：“看到威利了！留琴姐姐在他手上！”
独孤刀剑、艾克斯和杰洛三人以非常迅速的手法，三人将威利团团包围，用枪炮瞄准了威利。
艾克斯大喝：“不许动！快把留琴放下！”
威利把剑刃架在留琴的脖子上，说道：“你们才是，留琴现在在我的手上，你们谁敢往前一步！我的剑发出的激光可以将她完全分解掉！”
独孤刀剑说道：“我劝你还是乖乖地束手就擒，你所控制托比亚兵的装置已经被我们破坏了，如今重归于莉萨姐姐的命令，一切就结束了！”
威利说道：“那又怎么样？”
只见威利拿出遥控器按下了开关，在场所有的人，包括威利本人在内，瞬间被关入了一枚火箭之中。
威利大笑道：“哈哈哈～你们上当了，这艘火箭还有十分钟的时间，就会飞向外太空后爆炸，就算你们找到了我，我也要和你们同归于尽！”
独孤刀剑双眼突然射出涅法雷姆激光，射中了威利的身体，此时威利已经彻底晕倒。独孤刀剑用步枪上的激光刺刀斩断了绑在留琴身上的绳索。这时候轰隆一声，城堡的一个开口打开，独孤刀剑等人所在的火箭开始升空。
莉萨惊喊道：“啊……刀剑！！”
薇薇特惊喊着：“留琴！！”
此时，艾莉雅的通讯传到了艾克斯的耳中。
“艾克斯，再这么下去，火箭会被惑星吸引过去，会因此而产生冲撞。”
艾克斯说道：“这台火箭的系统已经无法再操纵了，帮我联系一下莱特博士！”
这时候，莉萨等人已经赶到托马斯家中，托马斯透过视频通讯，和火箭的视频连接。
独孤刀剑说道：“出现了！”
莉萨问道：“刀剑，威利呢？”
独孤刀剑说道：“放心，他在这里已经被我击昏过去了，因为刚才我用我的涅法雷姆激光射了他。”
薇薇特含泪说着：“留琴，你还好吗？”
留琴说道：“嗯，刀剑君刚刚救了我。我很高兴再看到你。”
莉萨说着：“留琴，对不起，我……”
留琴回答道：“我明白的，莉萨，我一直都很相信你。”
莉萨哭了声：“留琴！！”
维拉说着：“哥哥，威利想要跟你们同归于尽！有什么方法可以挽救的吗？”
独孤刀剑说道：“啊～对了，莱特博士，快用时空传送门把我们传送过去！”
杰洛说道：“是了，有了它我们就可以来到你们那边。”
托马斯说道：“我知道的，杰洛，不过你们的火箭以这么快的速度在移动，要是没有你们确切的位置那也是没用的。”
艾克斯灵光一动，瞬间把脑部记忆的数据发送给艾莉雅，说道：“莱特博士，我已经把我们的位置发送给艾莉雅了，快叫她把数据传输！”
托马斯点头道：“我明白了。”
于是艾莉雅走到了面前，把手按在了时空传送门的手印上，把独孤刀剑等人的位置传输……没过几秒钟，数据传输完成了。
艾莉雅说道：“好了，莱特博士。”
托马斯扳动开关：“传送！！”
时间只剩下最后几秒，火箭轰然爆炸，时空传送门已经启动，这时候，首先钻出来的是威利的身影。
托马斯说着：“威利！”
只见威利没走几步就扑倒在地上，吓了部分人一大跳，连他的面具也一同摔成了两半。这时候，独孤刀剑、艾克斯、杰洛以及留琴四人跳了进来。
薇薇特跑上去和留琴重新聚在了一起。
“留琴！！”
“薇薇特！！”
她们互相拥抱，因为姐妹的重聚，感动了周围的人。
“莉萨！！”
“留琴！！”
莉萨也走过去，和留琴拥抱，就这样，三个最好的姐妹就这么重聚了。
独孤刀剑心想着：“这么一来，都结束了吧……”
托马斯这时候想起了一件事，说道：“艾克斯、杰洛，帮我把威利带回去。”
艾克斯点头道：“明白了。”
当艾克斯和杰洛把威利扶起来的时候……
杰洛说道：“站起来，威利！”
只见另外一半的面具掉下来的时候，真面目显现了出来，发现威利的面貌长得和托马斯有点像。
托马斯严厉道：“威利，你要彻底觉悟啊！”
独孤刀剑问道：“莱特博士，威利和你到底是……莫非他是你的？”
托马斯回答道：“是啊，威利他……正是我的双胞胎弟弟。”
李敏说道：“怪不得你们两个这么像。”
众人惊讶，托马斯叹气道：“唉～虽然我们两个都是科学家，不过威利他却走错了路。”
威利就这么被艾克斯和杰洛带走了，如今，被称为机器人王国的托比亚星终于迎来了和平的曙光……两道彩虹也在所有的山谷中映射出来。
蕾斯蒂亚说道：“刀剑，彩虹出来了，有两道……”
独孤刀剑回答道：“嗯。”
莉萨却默念着：“父王，这是您在告诉我，要建造一个新的虹之谷的意思吧？”
薇薇特问道：“奇怪了，刀剑君去哪了呢？”
留琴说道：“刚刚还在的呢。”
艾克斯说道：“我知道他在哪。”
原来，独孤刀剑却暗中离开，他和他的妹妹们以变回十岁的面貌来到了当时降落的地点。
蕾斯蒂亚说道：“刀剑，你就这么不告而别了吗，这太没有礼貌了吧？”
独孤刀剑说道：“因为我迫不及待要去下一个秘境了。”
维拉说道：“是啊，真不知道宇宙旅行到底什么时候能结束，我们都想回地球了。”
这时候，数道光传送到独孤刀剑等人的身边，包括艾克斯、杰洛、艾莉雅、伊莉斯、莉萨、薇薇特和留琴总共七人。
艾克斯说道：“找到了。”
伊莉斯问道：“这就是刀剑君吗？怎么看起来比之前还要矮了？”
杰洛说道：“不，这个才是他本人真正的面目。”
莉萨说道：“怪不得一直都叫哥哥姐姐这种奇怪的称呼呢，原来这才是你的真面目吗，刀剑？”
独孤刀剑回答道：“没错，这是我的独有能力，可以随时改变自己的面貌。”
莉萨说道：“这样啊。”
艾莉雅说道：“刀剑君，有一件……女王听说了的传言，你知不知道地球上有个名叫幻想乡的地方？”
独孤刀剑说道：“幻想乡？我当然知道，在我们地球上一个叫日本的国家中穿越的一个裂隙结界才能到达的地方。”
蕾斯蒂亚问道：“怎么了吗？”
莉萨说道：“实际上……”
留琴说道：“我要到幻想乡，为博丽的巫女服务。”
独孤刀剑问道：“你要成为灵梦姐姐的女仆？”
薇薇特说道：“还有我，我要为科学家河城荷取服务。”
独孤刀剑问道：“这样真的好吗，莉萨姐姐？”
莉萨回答道：“其实我已经下定决心了，我想让她们找一个更能安身的地方。”
独孤刀剑拿出了一个卷轴，回答道：“拿去吧，这是通往幻想乡的传送卷轴，只要你们找到了传送点，随时可以通过它返回你们的星球。”
莉萨惊喜问道：“这么说，我可以随时来看留琴和薇薇特了？”
独孤刀剑回答道：“没错。”
莉萨喜道：“那真是太好了。”
艾莉雅说道：“刀剑君，你真是不可思议的人物呢。”
杰洛走上前来，说着：“兄弟，走之前我传你一套剑法。”
独孤刀剑问道：“莫非是杰洛哥哥在竞技场用过的？”
杰洛拔出光线剑，回答道：“没错。”
于是，杰洛施展了一遍速度很快，而且适合用光束近战武器的剑法套路，名叫做光束流星剑。只施展一遍，独孤刀剑瞬间领悟。
杰洛说道：“就是这样使的，你了解吧？”
独孤刀剑回答道：“嗯，我已经看清这套剑法的套路了。”
艾克斯说道：“太好了，这么一来，你就能和异常体机器人战斗了。”
艾莉雅笑着：“嘻～我很看好你的，刀剑君。”
伊莉斯笑着：“真让人羡慕呢，嘻嘻～”
独孤刀剑想着：“异常体机器人啊……说不定会是艾克斯哥哥和杰洛哥哥的敌对势力呢……”
接着莉萨问道：“你一定要走吗？”
薇薇特说道：“毕竟刀剑君他们证明了人类和机器人是可以和平共处的。”
独孤刀剑点头道：“嗯，虽然我之前没怎么和机器人打交道，不过自从遇到你们，我不禁会想到会和我最亲的义姐……”
蕾斯蒂亚笑道：“嘻～你心里想的一定是未来吧？”
留琴说着：“刀剑君……”
留琴握着独孤刀剑的手说着：“我们……幻想乡见了。”
独孤刀剑说道：“再见，等我旅行回去，我有空会到幻想乡找你们。”
就这样，独孤刀剑穿越了传送门，传送门消失。
杰洛感叹着：“地球……还真是不可思议呢。”
艾克斯也说道：“是呢。”