一幢大楼突然间就消失了，紧接着他竟然出现在了太空中，然后大楼就发生了剧烈的爆炸。原来整幢建筑的材料都含有烈性炸药。幸亏卡特博士用外星盟友提供的光传送技术，将大楼转移到了太空中，不然整座城市都会被夷为平地。而建造这座大楼的就是一直躲在地球上的外星人。
巴尔，这个狡猾的家伙为了不被人类抓住，竟然还制造了几十个克隆体，混淆视线，让人类和他的敌人永远无法找到真正的他。但聪明的卡特博士发现了他们体内都暗藏的定位装置，于是满宇宙的追杀。这些巴尔的克隆体，直到最后一个克隆体被抓住后，为了纪念所有邪恶的系统领主被消灭，人类和外星盟友共同举行了一个仪式。
可没想到，820死之前竟然一点都不紧张，他说自己还有保命的绝招，原来他让自己的克隆体返回了。1939年，破坏了当年运送星际之门的货船。这个重大的历史事件被改变后，整个未来都发生了翻天覆地的变化。
他们在过去每杀死一个人，未来那些相关联的人就会诡异的消失掉。奥尼尔将军冲上去想问他到底干了什么，却被巴尔用针头刺入了心脏。米切尔上校直接一梭子子弹打死了巴尔，但这已经没有什么意义了，最后就连巴尔也消失了。
卡特博士他们赶紧冲向了星际之门，准备返回地球。这时，身后的城市在快速的消失，他们趁着自己还没消失前，跳入了星际之门。但他们走出新门后，却发现自己并不是在基地中，而是在一个破旧的船舱。而且这里异常的寒冷，气温达到了零下五十多度。
上校找了一圈，发现没有出去的路，于是他用炸药炸开了个出口，没想到猛烈的爆炸导致船体晃动，即将沉入大海。慌乱中，上校找到了几件棉衣分给大家，然后从爆炸的缺口爬了出去。这期间丹尼尔博士的腿不小心掉入了海水中，现在已经被冻得没有了知觉。
在北极零下五十多度的气温下，这可是非常可怕的事情。他现在已经无法走路了。上校和卡特博士让他在这里等着。然后漫无目的的去寻找救援。
可在这荒无人烟的北极，怎么会有人救他们呢？没想到幸运的他们真的遇到了两名军人。卡特博士问，军人是怎么来到这里的？军人指了一下冰面，说那里有他的坐骑。
卡特博士顺着他指的方向看过去，吃惊的发现一艘巨大的潜艇正缓缓的从冰面下升上来。原来是潜艇侦测到了他们开启星际之门的震动，赶过来查看情况的。
他们发现并营救了快被冻僵的丹尼尔博士，然后又派人来寻找卡特博士。他们大家登上潜艇后，发现找到他们的人竟是老熟人奥尼尔将军。但是此时的奥尼尔将军却并不认识他们。大家这才意识到，地球上的历史也已经改变了，他们几个被空军带到秘密基地进行了。什么才知道现在的世界里并没有发现星际之门，所以现在的卡特博士也没有加入新闻计划。
他如今是一位宇航员，但是他在不久前的一次太空事故中已经去世了，而米切尔上校的名字在所有档案中都查不到。他的爷爷就是当年运输星际之门的那个船长。
米歇尔猜测，一定是爷爷被巴尔杀死了，所以也就没有了他的爸爸和他现在的世界中只有丹尼尔博士还好好的活着，并且一直在进行着考古研究。空军很难相信他们说的那些离奇的故事，但几个人却又活生生的突然出现在了大家眼前。
最后没办法，只能让他们签了保密协议，让几个人各自隐姓埋名的悄悄回去生活。而此时的巴尔，因为是从未来穿越回去的，所以他总结了自己曾经失败的教训，早早的干掉了老对手，不断的壮大自己的势力。
现在的他已经成为了银河系的霸主，他带领着自己的星际舰队来到了地球，准备占领整个人类世界。看着满天巨大的外星飞船，整个世界陷入了慌乱，巴尔在飞船上竟然拿出了一部卫星电话打点的总统，并和总统约好在白宫见面。
就在他以为一切都按计划顺利进行的时候，他的王后却偷偷的一箭刺穿了他的身体，并逼问他为什么拥有地球人的通讯工具。而且为什么每件事他都能领先第一，女，这其中到底隐藏着什么秘密？巴尔被逼无奈，只好说出了实情。
他告诉王后，他拥有一台时间机器，可以返回过去改变历史。王后从巴尔口中得知了时间机器的存放地点后，毫不犹豫的杀死了他。王后一直想找机会替代巴尔同志，他的地方现在终于如愿以偿，他向舰队下达了命令，轰炸地球上的城市。
只见炮火像雨点一般砸向了地球，人类毫无招架之力，死伤无数。卡特博士，他们此时想办法见到了总统，他们告诉总统自己有办法返回过去改变历史，阻止这场毁灭世界的灾难。总统面对这些强大的外星人毫无办法，他只能答应了卡特博士他们的要求，并派出战斗机护送他们去星际之门。那半路上，他们遇到了外星飞船的追击，好在他们正巧遇到俄国的战机编队迎面飞来。
在强大外星敌人的压力下，俄国战机和美国空军联手击退了敌人。几个人来到星际之门的秘密存放地点后，发现老朋友till也在这里。但是此时的他却是巴尔的护卫首领。他来这里是准备去巴尔的秘密基地，想办法给死去的主人报仇呢，却不愿归顺王后。所以他的到来吸引了很多外星人的火力轰炸。这里整座建筑很快就要扛不住了，大家来不及多说，赶紧打开了星际之门，跑了进去。
从新闻的另一端出来后，大家发现这里正是巴尔操控时间机器的地方。卡特博士启动机器后，知道了巴尔是通过恒星的耀斑来实现时间的穿越，而不同恒星的耀斑可以穿越到不同的时间点。卡特博士努力搜寻着合适的横行，这时王后也来到了这里，他的卫兵一波波的冲进来，准备占领这个基地。上校，他们奋力的抵抗着，但是王后的卫兵实在是太多了，他们源源不断的传送进来，很快大家就坚持不住。
丹尼尔博士第一个被杀死，紧接着卡特博士也被杀死了。但是他在临死前打开了通往1939年的星际之门。上校知道唯一能救大家的办法就是回到过去阻止吧。于是他赶紧冲进了新门。为了防止再有人使用时间机器返回过去。
临死前引爆了炸弹，将这座秘密基地炸毁了。现在所有的重任都落在了米切尔上校一个人身上，他提前隐蔽在了爷爷的那艘货轮上。船员下来查看货物的时候，把他当成了船长，他分别船员一把枪一起等待着巴尔的到来。
很快，星际之门就启动了。星门连接上之后涌出的浪漫在货轮上开出了一个诡异的蓝色大洞。紧接着，巴尔的卫兵从新闻中走了出来，上校他们马上开枪，将卫兵打死了。然后巴尔也走了出来，上校毫不客气的一枪打在了他的头上，瞬间避免上校完成了他的任务，阻止了巴尔对未来历史的改变。时间又来到了2008年，巴尔被移除宿主身体的日子，只见一根钛合金针头插入了巴尔宿主的大脑，将里面的google机身体系到了瓶子里退，可宣布最后一个系统民主判处死刑。
然后将瓶子摔碎在了地上，里面的巴尔基身体痛苦的扭动了几下就死亡了。所有人都不知道自己曾经回到过过去，并阻止了一场人类浩劫。
唯一能证明这一切存在过的痕迹就是上校衣柜上的一张照片。他一直以为那是他的爷爷和爸爸，但他不知道的是，照片里的年轻人正是穿越回过去的自己。