重建军部
新四军在抗日新四军第一军部战争中不断发展壮大，使国民党顽固派十分恐惧和嫉恨。1940年3月，国民党顽固派将反共重心从华北转到华中，矛头主要指向新四军。他们先是要新四军全部调到长江以南，隔断新四军与八路军的联系，以便各个击破。这一阴谋未能得逞，又要八路军、新四军全部开到黄河以北，企图与日伪军夹击予以消灭。
1941年1月，国民党在第二次反共高潮中，制造了震惊中外的皖南事变，叶挺被扣，项英遇害。蒋介石下令取消新四军番号。20日，中共中央革命军事委员会命令在江苏盐城重建新四军军部，以陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员，张云逸为副军长，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。1月25日，新军部以华中总指挥部为基础宣告成立。随后成立了中共中央军委华中分会，又称新四军分会，刘少奇为书记，陈毅、张云逸、邓子恢、赖传珠为委员。新军部将长江南北的新四军和陇海铁路以南的八路军，统一整编为7个师1个独立旅。共9万人。
新军部包括司令部、政治部、供给部、卫生部、军工部、财政经济部。司令部设参谋处和作战、侦察、左起:曾山、陈毅、赖传珠、饶漱石通信、机要、训练、管理科。参谋处处长先后是陈锐霆、陈钟昆。政治部设5个部处，秘书长邓逸凡，组织部部长饶漱石(后张凯)，宣传部部长钱俊瑞，锄奸部部长汤光恢，敌军工作部部长刘贯一。情报部部长封裔应。供给部部长宋裕和，副部长叶进明。卫生部部长沈其震，副部长戴济民、崔义田、齐仲桓。军工部部长韩振纪，副部长吴师孟、孙象涵、喻篙岳。财政经济部部长朱毅，副部长朱人俊、骆耕漠。财政经济部兼管地方的经济工作，包括银行和税务，1941年8月撤销。
新四军组成
第一师
从苏中到浙西
1941年2月，新四军苏北指挥部及所辖部队改编为新四军第一师。师长粟裕，政治委员刘炎，政治部主任钟期光。原第一、第二、第三纵队依次改编为第一、第二、第三旅。第一旅旅长兼政治委员叶飞，参谋长张藩，政治部主任吉洛(即姬鹏飞)，辖第一、第二、第二团和特务营。第二旅旅长王必成，政治委员刘培善，副旅长段焕竞，参谋长杜屏，政治部主任陈时夫，辖第四、第五、第六团和特务营。第三旅旅长陶勇，政治委员刘先胜，参谋长张震东，政治部主任卢胜，辖第七、第八、第九团和特务营。
第一师活动于东濒黄海，西抵运河，南临长江，北至淮安、阜宁、黄沙港一线的苏中抗日根据地(今江苏省盐城、泰州、扬州、南通地区)，担负着开展苏中抗日游击战争和作为新四军主力部队机动作战的任务。
为了更好地坚持苏中的抗日斗争，1941年4月26日成立了苏中军区，领导机关由第一师兼，辖第二、第三、第四军分区和联抗。后来又增加了第一军分区和在苏南的第五、第六军分区。苏中军区成立后，第一师在3个旅中各留一个主力团，即第一、第四、第七团，将其余主力分散加强地方武装，使苏中各县都有了子弟兵团。联抗所辖部队也于1944年10月编入地方武装。苏中军区还有一支“海军”。1942年11月组建海防团。1943年扩建为海防纵队，负责渔场巡逻、海上运输和组织渔民抗日。
为了准备对日进行战略反攻，并配合盟军在东南沿海可能实施的登陆作战，中共中央于1944年12月27日，粟裕率第三旅第七团和特务第一、第四团南下，于1945年1月6日到达浙西长兴县，与第十六旅会合。2月5日成立苏浙军区，统一指挥苏南、浙西、浙东的新四军。司令员粟裕，政治委员谭震林(未到职)，参谋长刘先胜。
在粟裕南下后，重组苏中军区领导机关，司令员管文蔚，政治委员陈丕显，副司令员兼参谋长张藩，副政治委员兼政治部主任吉洛。8月，苏中军区为适应大反攻的需要，新建了17个步兵团，编成3个旅。
新四军第一师组成时共1.3万余人，抗日战争时期转战于苏中、苏南、浙西，在战斗中不断发展壮大，到对日反攻时，已发展到主力3.1万余人，地方武装6000余人。
第二师
战斗在淮南
1941年2月，新四军新四军副军长张云逸第二师由原江北指挥部及所辖部队改编组成，辖第四、第五、第六旅和津浦路东、津浦路西两个联防司令部，共1.8万余人。师长由副军长张云逸兼任，政治委员郑位三，副师长罗炳辉，参谋长周骏鸣，政治部主任郭述申。原第四支队改编为第四旅，旅长梁从学，政治委员兼政治部主任王集成，参谋长詹化雨，辖第十、第十一、第十二团。原第五支队改编为第五旅，旅长成钧，政治委员赵启民，副旅长林英坚，参谋长黄序周，政治部主任侯政，辖第十三、第十四、第十五团。原江北游击纵队改编为第六旅，旅长兼政治委员谭希林，副旅长孙仲德，副政治委员黄岩，参谋长朱绍清，政治部主任徐祥亨，辖第十六、第十七、第十八团。
第二师活动于东起运河，西至淮南铁路和瓦埠湖，北临淮河，南濒长江的淮南抗日根据地，担负着坚持淮南抗日游击战争和对西防御国民党顽军东犯的任务。
为统一指挥淮南抗日根据地的地方武装，1943年2月成立了淮南军区，辖津浦路东军分区和津浦路西军分区。淮南军区领导机关由第二师领导机关兼。此时第二师领导人均已变动:师长兼军区司令员罗炳辉，政治委员谭震林，参谋长韩振纪，政治部主任萧望东。
新四军第二师在抗日战争中发展壮大，到抗日战争胜利时，已有4个旅11个团，共3.5万余人，另有地方武装1.5万余人。
第三师
八路军南下部队
根据中共中央确定的“发展华中”的战略方针和“增援新四军”的指示，八路军先后有4支部队越过陇海铁路南下华中，并在1941年1月皖南事变以后编入新四军。
1941年2月，八路军第五纵队改编为新四军第三师，原第一、第二、第三支队依次改编为第七、第八、第九旅。师长兼政治委员黄克诚，参谋长彭雄，政治部主任吴文玉(即吴法宪)。第七旅旅长彭明治，政治委员朱涤新，副旅长田维扬，参谋长黄炜华，政治部主任郭成柱，辖第十九、第二十、第二十一团。第八旅旅长田守尧，政治委员吴信泉，副旅长兼参谋长常玉清，政治部主任李雪三，辖第二十二、第二十三、第二十四团。第九旅旅长张爱萍，政治委员韦国清，参谋长杨志雅，政治部主任张震球，辖第二十五、第二十六、第二十七团。
第三师活动于陇海铁路以南，淮安、阜宁、黄沙港一线以北，东濒黄海，西至运河的苏北抗日根据地，担负着坚持苏北抗日游击战争和作为新四军主力部队机动作战的任务，还起着华中连结华北抗日根据地的枢纽作用。
1942年12月，苏北抗日根据建立统一的党政军机构。苏北军区领导机关由第三师领导机关兼，领导人相同。淮海军区和盐阜军区同时改为军分区。淮海军分区领导机关由第十旅领导机关兼。第十旅并实行主力地方化，与淮海地区的地方武装合编为4个支队，每个支队辖3个小团。淮安军分区领导机关由第八旅领导机关兼。第八旅也以第二十四团实行地方化，分编为射阳、阜宁、涟东的地方武装。
新四军第三师在苏北浴血奋战5年，主力部队发展到2.8万余人，并组建了地方武装2.2万余人。
第四师
淮北铁骑
1941年2月，八路军 1942年，陈毅代军长与二师、四师干部合影第四纵队改编为新四军第四师。师长兼政治委员彭雪枫，参谋长张震，政治部主任萧望东。第十旅由八路军第二纵队第三四四旅改编。旅长刘震，政治委员康志强，参谋长沈启贤，政治部主任高农斧。辖第二十八、第二十九团。第十一旅由新四军第六支队第一、第二团合编。旅长滕海清，政治委员孔石泉，副旅长张太生，参谋长钟友松，政治部主任黎同新。辖第三十、第三十一、第三十二团。第十二旅由新四军第六支队第三团和第一、第二总队各缩编的一个团合编。旅长谭友林(饶子健代)，政治委员赖毅，副旅长吴信容，参谋长罗保廉，政治部主任刘作孚。辖第三十三、第三十四、第三十五团。另辖萧县独立旅，旅长纵翰民，政治委员李忠道(李砥平)，参谋长廉平，政治部主任陈其五，辖第一、第二团。
第四师师长彭雪枫第四师共1.5万余人，活动于陇海铁路以南，淮河以北，新黄河以东，津浦铁路两侧的淮北抗日根据地，担负着坚持淮北抗日游击战争，对西防御国民党军东犯，并向河南敌后发展的任务。
1942年11月，为加强地方武装建设，成立淮北军区。军区领导机关由第四师领导机关兼，司令员彭雪枫，政治委员邓子恢，参谋长张震，政治部主任吴芝圃。辖4个军分区。
1944年9月11日，在夏邑县八里庄的战斗中，彭雪枫英勇牺牲。张爱萍继任第四师师长和淮北军区司令员，韦国清任第四师副师长和淮北军区副司令员。
新四军第四师在抗日战争中坚持和发展了淮北抗日根据地，共歼敌6万余人，主力部队发展到3.2万余人，还组建了地方武装2.3万余。
第五师
转战鄂豫皖湘赣
1941年4月5日，豫鄂挺进纵队 1945年1月新四军五师主要领导合影改编为新四军第五师。师长兼政治委员李先念(后郑位三任政治委员)，参谋长刘少卿，政治部主任任质斌。辖第十三、第十四、第十五旅，第一、第二、第三游击纵队，以及豫鄂边区保安司令部，11月又组建了特务旅。第十三旅由原豫鄂挺进纵队第二、第三、第五团编成，并依次改番号为第三十七、第三十八、第三十九团。旅长周志坚，政治委员方正平，副旅长萧远久，参谋长黄霖，政治部主任栗在山。第十四旅由原豫鄂挺进纵队第一团、黄冈地方武装、第九团编成，并依次改番号为第四十、第四十一、第四十二团。旅长罗厚福，政治委员张体学，副旅长吴林焕，参谋长熊作芳，政治部主任夏农苔。第十五旅由原豫鄂挺进纵队第六、第十、第八团编成，并依次改番号为第四十三、第四十四、第四十五团。旅长王海山，政治委员周志刚，副旅长朱立文，参谋长张文津，政治部主任张执一。
第一游击纵队由原豫鄂挺进纵队第四团和第十团一部组成。司令员杨经曲，政治委员张执一，政治部主任王潜。辖第一、第三团。第五师师长李先念
第二游击纵队由原豫鄂挺进纵队第七团与信南地方武装编成。司令员黄霖，政治委员刘子厚，参谋长余学礼，政治部主任胡任伦。辖第四、第六团。
第三游击纵队由鄂东地方武装编成。司令员兼政治委员何耀榜。同年11月并入特务旅。
特务旅由第四十团和第三游击纵队编成。旅长罗厚福，政治委员兼政治部主任何耀榜。辖第一、第三团。1942年4月撤销番号。
第五师建立地方武装指挥机构，与其它师有所不同。一个不同是，早在1942年，就建立了5个军分区，但是直到1944年10月，才有鄂豫皖湘赣军区，统一领导各军分区。军区领导机关由第五师领导机关兼。
第五师活动于武汉四周，地跨鄂、豫、皖、湘、赣5省边区，长期远离军部，孤悬敌后，担负着独立坚持抗日游击战争，创建和发展鄂豫边抗日根据地的任务。新四军第五师在抗日战争中对敌作战1000余次，歼日伪军4.11万余人，创建了鄂豫皖湘赣边区的广大抗日根据地，主力部队发展到4.7万余人，组建了民兵30余万人。
第六师
坚持苏南阵地
1941年2月，新四军新四军第六师由苏南的新四军部队编成。师长兼政治委员和政治部主任谭震林，参谋长罗忠毅。辖第十六旅和第十八旅。第六师活动于西起南京、芜湖，东至淞沪，北濒长江，南抵天目山麓的苏南抗日根据地，战斗在日伪的心腹地区，担负着坚持苏南抗日
第六师师长谭震林游击战争的任务。
第十六旅由战斗在茅山地区的第二支队改编。旅长由罗忠毅兼，政治委员兼政治部主任廖海涛，参谋长王胜。辖第四十六、第四十七、第四十八团。
第十八旅由战斗在东路地区的第三支队改编。旅长是皖南事变中突围来到苏南的江渭清，政治委员温玉成，参谋长夏光，政治部主任张英。辖第五十二、第五十三、第五十四团。5月又组建了第五十一团。
第六师在抗日战争中经历了艰苦卓绝的反“扫荡”、反“清乡”斗争，始终坚持苏南阵地，直到抗日战争取得胜利。
第七师
燃起皖江烽火
1941年5月1日，新四军第七师由无为游击纵队、第三支队挺进团和皖南事变突围部队编成。师长张鼎丞(未到职)，政治委员曾希圣，参谋长李志高，政治部主任何伟。辖第十九旅和挺进团，共1900余人。同年11月，也是皖南事变突围的傅秋涛任副师长。第七师师长张鼎丞
第七师活动于东起江浦，西到岳西、宿松，南至太平、族德，北邻合肥，长江横贯于中的皖江抗日根据地，担负着坚持皖南和发展皖中、皖西抗日游击战争的任务。
第十九旅旅长孙仲德，政治委员曾希圣兼，参谋长林维先，政治部主任何伟兼。辖第五十五、第五十六、第五十七团。1942年2月，以挺进团与桐西独立团合编为第五十八团。
1943年3月，皖中军区成立。军区领导机关由第七师领导机关兼，领导人相同。此时，日军错误判断新四军军部已迁至皖中，因而对皖中地区实施了大规模的“扫荡”。为适应斗争需要，第七师实行主力地方化，将所辖部队和地方武装组建为4个支队和3个军分区。第七师为了打破日军和汪精卫政权的经济封锁，开展“贸易战“，设法与日汪地方政府达成协议用粮食换军用物资。
浙东游击纵队主要领导人，左二何克希第七师在抗日战争中浴血奋战，共歼日伪军2万余人，主力部队发展到2万余人，组建地方武装7000余人，坚持了皖中、皖南、皖西的抗日游击战争，向东沟通了与第二师、第六师的联系，向西沟通了与第五师的联系，巩固和发展了皖江抗日根据地。
浙东游击纵队
1943年12月22日，新四军军部命令三北游击司令部及所辖部队正式编为新四军浙东游击纵队。司令员何克希，政治委员谭启龙，参谋长刘亨云，政治部主任张文碧。辖第三支队、第五支队、金萧支队、浦东支队(后称淞沪支队)、三北自卫总队、四明自卫总队，以及教导大队、警卫大队、海防大队，共2300余人。第三支队支队长余龙贵，政治委员林达。第五支队支队长王胜，政治委员邱相田。金萧支队支队长蔡群帆，政治委员杨思一。浦东支队支队长朱亚民，政治委员姜杰。三北自卫总队总队长兼政治委员王耀中。四明自卫总队总队长罗白桦，政治委员刘清扬。