虽然明军还没有攻占安南的镇安府，虽然红河流域、朱河流域还有大量安南军民在武装反抗，但接到阮氏一族及阮主主要部将已经登船前往广州的电报后，明廷还是立刻对外宣布已经收复了原安南承宣布政使司全境，并在稍后做出了分割安南的决定。
根据这个决定，大明首先与恢复占城国号的占婆签署了一份以茶曲河及其支流为明占两国接壤地区东段分界线的划界条约，并约定在进行必要的勘界后，签署一份关于明占两国西段边境划分的条约----在明占西段边境线确定后，明占两国还要分别与澜沧王国勘定边境线、签署相关的边境界分条约。
在依照事先约定将茶曲河以南归还占城后，明廷接着将茶曲河以北至原明安边境以南的安南国土一分为三，设立了交趾、九真两个道及日南都司等三个一级行政区。
其中交趾道下辖河内、海阳、宁原（即原安南太原、北宁、北江等地）、谅山、西池（即原安南山西、越池、和平等地）、南定等六个府，首府为河内府。
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九真道下辖清化、荣州、顺化、会安、镇安（尚不在大明控制之下）等五个府及西原直隶州（属于明、占、澜三国尚未议定的待划界地区），首府设置于兼顾全道南北的荣州府。
日南都司则下辖宣光、河江、高平、北??、老街、安南莱州等地及拾宋早再山以东、黑水河（李仙江）河谷等原安南西北山区内一众土司----大明虽然同意宣光武氏、高平莫氏扩大领地，但为了避免日后尾大不掉，在日南都司设立后，大明将日南都司境内的一众土司整合为32个卫、12个独立千户所及8个直属县，武氏统治其中3个卫又1个独立千户所、莫氏统治其中六个卫；并且大明还册封两家为郡王，同时还安排两家家主轮流前往远离两家老巢的都司治所老街出任都司都指挥使（实权掌握在大明派遣的都指挥使同知手中），如此既履行了之前对武氏莫氏的承诺，又为日后分化瓦解两家预埋了伏笔。
对安南的分割虽然在纸面上完成了，但由于安南全境并未完全顺服----相对来说，阮主控制的安南南方比较稳定，这一方面是阮主政权的高层基本都被送往南京了，当地反明力量群龙无首，没办法组织起有效的抵抗来，而另一方面则是蓝江以南至茶曲河以北这片区域内的沿海平原异常狭长，没有反抗军可以容身的纵深，反明武装就只能逃入生活困难的长山山区内自生自灭，就算能勉强活下去，也没有实力出山袭扰----所以明廷并没有撤回除羽林、建武两师外的征讨部队，相反还进一步增加了大量从国内精简下来的内镇兵。
是的，就在弘光十五年，为了减少军费支出，朱由崧实施了进一步的军事缩编，在这次缩编中，各道内镇兵马的总数从15万人缩减到了10万人，边军和京营则合并为了统一的野战部队，实施了全面的京营化改造，总兵力也从原来的约30万，缩编为了25万人，但裁减下来的部队并没有全部解甲归田，其中相当一部分被调往安南，替换了原来在明军兵力不足时用来充数的广西土司兵及宣光武氏和高平莫氏的部队----由于还指望从安南获得人口，所以各宗藩、功藩兵马并未撤回----另一部分则编入了五洋水师陆战旅之中，以确保各支陆战旅能保持3个645人编制的陆战团（注：新一轮缩编后，野战部队的团都变成了1150~1250人的大团，而内镇各团及五洋水师陆战旅下属各团依旧维持每团645人的小编制）。
但数万军队长期镇戎安南的花费依旧很高，所以，明廷便采取了人口置换的策略来釜底抽薪、消除安南动乱根源，让与母国分离小三百年的安南能更好的融入大明之中。
既然是人口置换，自然要让安南现有百姓离开安南，所以，明军在基本控制安南后，便开始对反抗大明统治的安南各地实施严苛的清剿，并在清剿的过程中将数十万安南百姓驱赶到了海边，然后分别运往海外宗藩及大明国内----对于朱由崧来说，安南的人口是非常宝贵的，所以并不准备虐待这些被强制迁移的安南人，因而，这些被强制迁移的安南中的大部分会与正常的大明百姓一样，在海外宗藩、功藩受领土地，为大明海外拓殖做贡献；那些被运往大明本土的安南百姓要苦一些，得在大明的河工工地上老老实实干上几年，适应了北方相对寒冷的气候及学会了大明官话后，才会被安置去受地垦种；至于反明的安南士绅就没那么好命了，但凡抓到就直接发往极东充实，少量的还会丢到阿拉斯加去采金。
安南百姓离开后，则需要让大明百姓进驻，所以，弘光十五年十二月一日，明廷颁布了一条为期二十年的《均田令》----后来又断断续续的延长及重新实施了一段时间。
这道《均田令》其实不是要没收或赎买大明地主阶级的土地，实现土地的重新分配，而是宣布拥有大明户籍的百姓都应该获得相应规模的耕地----耕地是根据道来的，每个道的授田标准是不同的，但底线都是要保证农户在缴纳田赋后还有温饱以上的生活----凡田亩数不足者，可以向大明官府申请授地，至于本乡本县本府授地不足者，若愿意移居边境，则可以按接收地的授田标准领取开垦土地。
考虑到城市居民或不愿意为农，以及移居边疆后不适应当地气候，所以，为了避免受地者弃耕返贫及某些人随意出卖官府授地，《均田令》中还明确规定，授地后需要连续完成20年的税赋缴纳，百姓从官府领取的土地才会归属本人所有----若受领者中途死亡，则土地由其长子或指定继承人继承。
由于《均田令》一定程度上与明军退伍官兵的优待政策有抵牾的地方，所以，明廷随后又追加一条命令，即官兵服役届满，可以在《均田令》基础上叠加原有针对退伍军人的优惠政策，籍此鼓励普通百姓积极的参军服役······