失去了400多门火炮后，荷军49艘武装商船就愈发挡不住船只总数、船上火炮数量都远超过自己的郑家水师主力舰队的攻击了，所以，打着打着，荷军武装商船队也开始实施转进了；由于郑芝豹部是从新南安湾南口冲入了，因此，这些荷军武装商船便试着海湾北口逃去，当然也有些荷军武装商船慌不择路，试图从廖内诸岛之间的狭小水道逃跑，但这些荷兰武装舰船与之前深入相同水道的荷军运输船一样，很快在充满暗礁的狭小通道中触礁搁浅了；倒是乖乖向海湾北口逃跑的荷舰利用郑家水师主力大半是慢速戎克船的机会，得以顺利摆脱了少数郑家软帆船的追击，然后逃生了。
第二次新南安湾之战大体进行到明弘光十二年、西历1656年十月四日下午未末（15:00）前后宣告结束的，在这次战斗中，郑家水师击沉击毁荷军武装商船8艘、运输船27艘，俘虏荷军武装商船3艘、运输船23艘，自身只有2艘大鸟船受了重创及另有1艘同安船损毁而已，可谓是大获全胜。
不过，当荷军残余舰船逃出新南安湾，逃入龙牙门海峡相对开阔的水域后，郑芝豹因为担心荷军主力舰船的出现----明廷向郑家通报了荷军的规模，并且郑家在龟喀岛、卡里蒙群岛、丹绒比艾等地的海岸炮兵在毁灭前也通报了当面荷军舰队的实力，因此郑家其实是知道荷军第3舰队大致拥有多少舰船的----选择了见好就收，未能进一步扩大战果。
郑芝豹的担心是可以理解的，毕竟荷兰第3舰队还拥有30艘专业海军战舰，其中甚至有10艘以上的三*级战列舰，总装备火炮在1500门以上，真要突然杀出了，并与之前溃败的荷军武装商船队来个前后夹击的话，郑家主力舰队有可能转胜为败，丢掉了已经到手的大好局面，所以，现在该稳一把再说。
那么，也许有人就要问了，第二次新南安湾海战，荷军主力舰队为什么没有赶来参战呢？
是没有接到位于新南安湾里的荷军舰船及时通报吗？
还是接到了通报，却来不及赶到呢？
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其实都不是，事实上，在第二次新南安湾之战爆发的前一天，荷军主力舰队已经与明军水师主力干上了。
是的，郑芝豹的通报船没来得及沟通明军主力舰队，但明军主力舰队却自己找上门来了，并很凑巧的与荷军主力舰队相遇，然后将对手故意引离了坦宾岛以东海域，算是与郑家水师打了一个极其默契的配合。
啥？椰城外海之战九月十九日就结束了，就算明军主力舰队在椰城外海虚张声势了两天，也应该在九月二十五日前全部回到了新邾港整休，为什么之前不出兵援助郑家，非要坐视郑家有了相当损失后，才姗姗来迟呢？
这是明廷故意在削弱郑家水师的力量吗？
亦或是潘龙和之前与郑芝豹不快，所以，坐视郑家蒙受巨大损失！
要说朱由崧有没有削弱郑家水师意思，那肯定是有的，但绝不是现在；至于潘龙和与郑芝豹的矛盾也没有大到需要借刀杀人的地步；因此这些猜测都是无中生有，并不是事实。
之所以，明军主力舰队在消灭了荷军第2舰队后，没有第一时间赶赴马六甲海峡东段出口，与郑家水师主力汇合，然后共同迎战荷军第3舰队，主要是因为在椰城外海的作战中，明军水师主力舰队消耗了太多的弹药，需要等待后方运输补给船队送来补充的缘故。
对的，明军水师主力舰队的确轻轻松松的就战胜了荷兰第2舰队，但问题是，明军目前没有穿甲爆炸弹等可以轻松打穿荷军船体的弹药，因此战胜荷军第2舰队主要是靠炽热弹烧毁荷军船帆，从而在遏制了荷军的机动能力后，再用榴霰弹以打死靶的方式造成荷军水手伤亡，使之无力损管，要么因此投降、要么就只能坐视本舰被大火烧毁，亦或许无奈自沉的。
而这种战斗方式必然会拉长战斗时间，并消耗大量弹药，因此，一场仗打完之后，明军水师主力舰队实际没有足够的弹药来马不停蹄的进行第二轮的战斗----通常来说，明军舰队中都会配属运输船，以便战斗后能快速补给，但这一次的情况特别紧急，软帆船队丢下了行动缓慢的运输船队，以本身能实现的最高速度实施了南援，这才勉强在第二次明荷战争前，赶到相邻海域，进而能及时参与到阻击荷兰第2舰队的作战之中，但这么一来，也导致了战斗结束后，明军水师主力舰队后继乏力，只能无可奈何的干等后续运输船抵达的尴尬局面。
也就是千呼万唤始出来的运输船队在九月二十九日顺利抵达了新邾港，这才使得充分补给但要的明军主力舰队能在十月一日出航，并于十月三日抵达坦宾岛以东海域，与敌第3舰队主力编队发生接触，进而引诱该编队向东远离坦宾岛东部海域。
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什么？荷军指挥官为什么会追击明军水师主力舰队呢？难不成他忘了己方的武装商船队还在新南安港内盘桓吗？
首先，威特·德·威斯将军注意到明军水师这边一共有18艘四级舰，这已经足够引起他的兴趣了；其次，威特·德·威斯中将并不认为己方近50艘武装商船没办法应对明军剩余舰船----没错，荷兰人或许能搞清楚郑家水师的真实实力，却没办法知晓分布在北起鄂霍次克海、南至帝汶海的明军水师的全部实力，因此，荷军掌握的消息是明军一共就12艘西式软帆船，如今出现了18艘，或可以说是在合理误区内，所以，荷兰人觉得这已经是明军全部的西式战舰了，剩余的戎克战舰再多，也一定不会是荷兰武装商船队的对手。
故而威特·德·威斯将军毫不犹豫的便对明军水师主力舰队展开了追击，如此一来，便远离了新南安湾战场，失去了与己方武装商船队夹击郑家水师主力的机会，进而造成了第二次新南安湾之战的惨败······