朱由崧并没有因为马士英等人的解释而放松了面部表情：“卿等说不是，就不是了？君子论迹不论心，朕看来，你们的提议就是要虚君实相，置朕与后继天子垂拱而治！”
这话就更严重了，马士英、孙传庭、张国维都摘下官帽，俯首道：“陛下见疑，臣等也不敢争辩，请陛下准予臣等致仕！”
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朱由崧冷冷的说道：“卿等只会辞官的手段吗？也对，夫子不是说‘道不行，乘桴浮于海，从我者其由与’嘛，正好证明了朕是昏君暴君嘛！”
正反话都被朱由崧说了，马士英等人无言以对，只能再次叩首道：“臣等不敢，雷霆雨露具是君恩！”
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朱由崧看着趴在那的几人沉默了一会，这才说道：“带上官帽、起来说话！”
马士英等人起身后，朱由崧言道：“先说总督和巡抚的事，巡抚，朕认为应该偏向民政，于军务上行监督权便是了，不应该染指各道兵马的指挥权。”
关于巡抚、兵备使与各道总兵的关系，朱由崧已经跟孙传庭说过了，孙传庭也把朱由崧的意思传达给了军机处众人，因此大家都理解朱由崧的用意，而且各道驻军其实都是镇戍兵马，大多数情况下是不可能离开防区的，所以，巡抚不直接指挥各道总兵、副总兵，问题还不是很大，相比巡抚是不是指挥总兵和副总兵，真正要令人注意的是谁来制约各地京营守备的兵权。
所以，孙传庭第一个表态道：“臣以为陛下说的有道理！”
张国维也是当个兵部尚书和经略的，知道文臣领兵的弊端，所以也附和道：“臣附议！”
马士英因为是靠着手中的兵权才有拥立之功的，所以他也知道朱由崧对此的忌讳，便在孙、张之后，表态道：“臣同意，巡抚不直接领兵，有事当移文总兵官、副总兵官。”
王灿成没有立刻表态，只是问道：“陛下，总督又如何说法！”
朱由崧看了王灿成一眼，然后用不快的语速说道：“总督更偏向军政方面，是兵部在边防前线及镇压内乱前线的代表，本身也不应该直接指挥各部，而是主要起协调作用，确保对边防各军的监督、保障。”
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总督的职责除了监督边军各部外，更多的是协调工作，即协调边军与中枢的关系、边军与周边各道的关系、边军与边军之间的关系，必要时还要协调边军与京营或内地援军之间的关系。
王灿成在朱由崧说完后，开口道：“陛下，若总督只是协调的话，一旦有事，实际很难进行统筹，反而会耽误了战事；所以臣以为总督应该有必要的指挥权，而总督只是兵部在一线的代表，若兵部没有指挥权，那挂在兵部尚书或侍郎衔的总督又哪来的指挥权呢？”
朱由崧仔细想了想，回复道：“言之有理，那就改一改，总督是朕或内阁在前线的代表，其下设置有兵备使和行参军司，真要前线有事，行参军司辅助总督指挥各部！对，总督如此，经略如此，督师也应如此！”
孙传庭眼眉一挑：“陛下，那么总督也就不挂兵部衔了？”
朱由崧答道：“不挂，只挂都察院衔，但总督麾下兵备使可加不分左右的兵部侍郎衔！”
王灿成有些急了：“陛下，不妥！”
朱由崧看向王灿成：“怎么不妥？”
王灿成眨了眨眼，他不能说总督权力太大了，会有谋反的可能，所以他绞尽脑汁，终于在短时间内找到了一个理由：“目前总督防区是固定的，也就是说，所谓行参军司也将长期存在，长此以往，总督岂不是会被行参军司所架空了吗？”
那边的段炜觉得王灿成是在鸡蛋里挑骨头，便替朱由崧反驳道：“行参军司内武官按照皇爷制定的法度，会定时流转轮岗，并不会长期待在一个位置上，哪来的架空总督；若干王都给谏的意思，但凡坐在那个位置上的武官都会有谋反嫌疑了？那干脆边军提督、内镇总兵都不要设了好了，文臣直接指挥到队，那就不怕有人谋反了！”
看着朱由崧蕴意不明的眼神，王灿成不敢为了反对而反对，只好低头不语了。
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既然王灿成所代表的吏科提不出反对意见了，朱由崧便继续往下说道：“至于大都督府的调兵命令是不是需要兵部副署，朕觉得没有必要，若是兵部对有人僭用皇帝名义调兵的可能存有疑虑，这样吧，大都督府府务厅、经历厅、档案厅、照磨厅的司职，可以安排兵部官员出任，如此或可以方便兵部对大都督府的监督，另外，都察院也可以派遣监军御史进驻大都督府及边军和内镇兵马的指挥机构！”
在文官集团绝不可能轻易放弃兵权的情况下，朱由崧不得不做一些必要的妥协，以换取大部分文臣的理解和退让，但这也是朱由崧的底线了，文官集团再不依不饶，朱由崧就可以能掀台子了。
只是朱由崧想的虽好，但孙传庭却不能不得寸进尺：“陛下，京营这边呢？”
朱由崧回复道：“京营由御马监兼管，无需兵部派员，对了，大都督府和边军也应该设置坐营监枪内臣，部分内镇大道，也当有监军内臣！”
为了制衡文官监军，不让文官监军凌驾在武职指挥官之上，朱由崧只能以毒攻毒，继续保留内廷监军了，不过，内廷监军应该也会从幼武学、武学毕业的内侍中挑选，所以，就专业性而已，肯定要比文官监军强的，也更能与武职指挥官进行配合。
京营的军费目前是由内廷承担的，所以不让兵部染指，孙传庭没话说，至于设置内廷监军也是大明的祖制，王灿成更是不能反对的，所以，关于兵部改制的问题，朱由崧算是一锤定音了，就算正式方案公布了，遭到大量官员反对，也是不会改了。
“兵部说完了，我们说都察院和六科的事情。”朱由崧的目光落在王灿成的身上。“王灿成先说，为什么反对六科改制······”