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余龙向朱由崧报告道：“根据设想，大都督府未来改制后，将下辖武学司、参军司、战史条例司、检阅司、舆图测绘司、军械制购司并设府务厅、经历厅、档案厅、照磨厅、断事厅（军事法庭）等附属机构，以安置各级将官佐尉。”
事实上，朱由崧一开始并不想在大都督府框架下设置这些机构，而想要设置在兵部之下，以为名正言顺，但兵部机构改革牵扯到文官集团的利益，阻力很大，所以朱由崧思来想去后，还是决定以大都督府的名义，容纳这些新的机构。
余龙见朱由崧没有说话，只是拿着相关报告一边看一边听，便继续道：“定都督为一品、都督同知为二品、都督佥事为三品，今后，以上三等外放担任提督、守备、总兵官、师长、副总兵官等职务时，以五年或四年为一个任期，最多连任两个任期，就必须回大都督府内担任武学等司职务，然后大都督府内职务以三年为一个任期，任满后才可以重新外放！”
这个决定是为了防止军阀和将门的出现，从而彻底将军权收回中央。
“都督，将来在大都督府内可以担任掌司事、同掌司事，在外任则是出任提督、守备的先决条件。”所谓守备，即指挥布置在二线的京营各部的指挥官，就级别而言是等同于提督的，高于边军及各道总兵官的。“都督同知，将来在大都督府内可以担任权知掌司事、司下各班领班及掌班、各厅掌厅事、同掌厅事，在外任时则是出任总兵官、京营师长的先决条件；都督佥事，在大都督府内可以担任各班班员及各厅下掌股、同掌股，外任时是出任副总兵及边军师长的先决条件。”
余龙口中的副总兵与崇祯末年以来所谓的副将的概念是不同的，其实际地位要远高于副将，与总兵官一样同为方面大员，只不过所负责的范围较总兵官为小或所辖地域的重要性不如总兵官管辖地域罢了，并非是总兵官的副手。
“在三品都督佥事之下，再设四品都督佥事一等，为参将、京营团长、武学教授之授职先决条件，从四品都督佥事外任时四年或三年一任，最多两任后就必须调离原有部队，于其他部队任职或回大都督府各班厅任班员股员。”
京营团长什么的就不说了，参将是边军及内地各道的主要指挥官，通常而言会管辖一千至一千五百人的兵马，也就是相当于副师长或旅长级别的；而这里的旅指的是边军及内地各道因为战斗需要而临时组建的下辖有2~3个团的小型师。
“四品都督佥事之下，再设五品都督佥事一等，为游击官、京营以外团长、武学助教等官授职之先决条件，其任期与转任雷同于四品都督佥事，转回大都督府后主要担任各班、房的文书、听差，并以两年为一任，任满才能重新外任。”
在此番改制之前，游击官其实与参将没有特别大的权力差别，两个官都主管一营兵马，无非参将统领的叫做援兵营，有固定的防区，主要作为预备队，随时负责执行增援任务，而游击统领的叫做游兵营，一般没有固定防区，属于救火队性质----在改制之前，明代的军事体系中，总，副，参，守各有汛地，游兵承担的是各将相互之间的援助配合；此外，九边的游兵还承担着入卫京师和轮番戍守蓟镇的任务。
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等除京营以外的明军各部完成师、团、哨、棚的改制后，游击官实际成了参将的下属，或为某一防区的指挥官，或为非京营部队的团长、成为一线作战部队的指挥官。
也就是说，改制之后，游击官是战斗指挥官的天花板，而参将是战术指挥官的地板。
至于在五品游击官之下，实际还有六品都司、七品千总、八品把总、九品外委把总等四级八等，但这些中下级武官的等级太低了，并不需要纳入大都督府之下----否则就有架空兵部的嫌疑了----按正常停年晋升即可，只是，该职务流转的，还是要职务流转，籍此彻底清楚旧日各级主官视国家军队为私人所有的不良习气。
“不过关于此次改制，还有两个主要问题，其一是，舆图测绘司与兵部职方司之间军械制购司与兵部武库司之间，都有职权上有冲突，如何解决？其二是，水军到底是归入参军司统一备位咨询呢？还是单独设置一司为陛下提供咨询建议？”
是的，出于安抚兵部及文官集团的目的，所以暂时明军还将继续由兵部（国防部）统一指挥，至于大都督府参军司，目前则主要是作为为皇帝提供专业意见的咨询机构的面目出现的。
朱由崧想了想，回复道：“职方司确实有撤销的必要，不过不是现在，而是等战后朕整体调整官制的时候；至于船械司今后主要负责设计、研发各种武具，而兵部武库司主要负责监管船械的生产、采购、保存和发放，实际并不冲突。”
朱由崧答应考虑撤销兵部职方司，余龙也就不好在兵部武库司的问题上过分纠缠，便回应道：“陛下说的对，是臣等想差了。”
朱由崧当然知道余龙他们是没有想差，只不过争权夺利是政治人物的本能而已，所以见余龙妥协了，也就不做细谈，转而说起来另外一个问题：“是不是要设置独立的水军司，朕以为暂时不需要，毕竟目前内河水师和近海水师已经全部转入各道总兵、副总兵麾下了，参军司怎么可能不统一分管呢？而外洋水师嘛，参军司想管眼下也管不了的。”
没错，外洋水师要么是隶属于御马监名下，要么是半独立性质的，所以，参军司根本管不到，而内河及近海水师已经分属各道镇戎兵马了，又岂是说分割出来就分割出来的，那样会打乱指挥层级，导致政出多门的。
余龙应道：“原来如此，臣明白该怎么做了！”
朱由崧放下手中的报告：“若是没有其他什么，朕以为就此施行吧······”