小智在特训后再次与艾岚进行了对战，这次他和艾岚在战斗中已经不相上下，但因为共享五感的关系，在战斗的最后小智体力不支而昏了过去。在梦中，小智梦到了甲贺忍蛙离开了他。
在接下来的旅途中，小智一行人从卡露妮处了解到想要捕捉小软的组织闪焰队正在进行某种秘密的实验，这个穿着红衣的秘密组织想利用传说中的宝可梦基格尔德的力量进行某种破坏行动。而在卡露妮了解到小智和甲贺忍蛙间的现象时，她也要求和小智进行一战来测试小智的实力。尽管小智的甲贺忍蛙和卡露妮的沙奈朵旗鼓相当，但小智总是会在牵绊现象出现后因为虚脱而昏迷。继续旅行的小智与翔太再次相遇，翔太告诉小智自己和之前相比已经有所进步，便提议和小智进行一场三对三的对战，小智答应了。没想到在对战中小智被翔太逼入绝境，而甲贺忍蛙的牵绊形态也无法成功发动。最终小智输掉了比赛，经过这一战，小智开始怀疑自己的能力。没想到不久后，他的信心又再次被映雪市道馆馆主得抚所击毁，小智不仅没能拿下徽章，甲贺忍蛙也在战斗中被打得满身是伤。小智难过的看着在疗伤的甲贺忍蛙，独自离开宝可梦中心进入到雪夜中的丛林。
因为担心小智，莎莉娜独自前往森林去寻找游荡中的小智，但是沮丧中的小智开始迁怒莎莉娜，让她十分生气。临走前，莎莉娜向小智脸上扔了几个雪球并表达了自己的失望，她告诉小智他现在这种自暴自弃的行为完全和他童年时勇敢的身影相反。莎莉娜离开后，小智对自己怒吼使自己清醒，正当他想回到宝可梦中心时，暴风雪突然降临。小智和一群野生宝可梦找到了一棵空树干来躲避暴风雪，这让他回忆起了自己童年时在森林中和宝可梦相拥度过雷雨的经历。在小智看到了洞外有一群粉蝶蛹没能及时赶到洞里时，他便立刻着手去营救它们，但却因为意外和粉蝶蛹一起滑下悬崖。这时甲贺忍蛙及时赶到并救下了小智，但是粉蝶蛹还是没被救上来，然后立刻与小智触发了牵绊形态并拯救了跌落中的粉蝶蛹。随后，小智和甲贺忍蛙和正在寻找小智的莎莉娜等人相遇，小智向莎莉娜道歉，并感谢莎莉娜点醒了自己。随后，甲贺忍蛙就像它在和小智相遇时那样，将自己的精灵球扔给了小智。经历了低潮后，小智和甲贺忍蛙间的牵绊开始变得更加强大。之后，小智前往映雪道馆进行第二次挑战，并击败了得抚的超级暴雪王。在取得卡洛斯联盟的第八枚徽章后，小智向他同行宝可梦们道谢，并表示未来不论遇到什么困难，他将会和伙伴们共同面对。
得到全部徽章后，小智来到了位于密阿雷市的卡洛斯联盟会场。在比赛中，小智一路挺进四强，并击败劲敌翔太首度晋级到决赛。决赛前夜，小智和他的伙伴们互相加油打气，他还更深入的了解了小智版甲贺忍蛙的能力。在和艾岚进行决战时，小智一度占上风并将艾岚逼到穷途末路，小智版甲贺忍蛙在关键一击时以黄金化的巨大飞水手里剑和艾岚的超级喷火龙x的爆炸烈焰对撞，最终超级喷火龙x一度失去平衡但得以挺住，甲贺忍蛙随后解除变身并倒地落败，由此小智仅居亚军，两人在战后握手并为大赛拉下帷幕。
但在密阿雷大会的闭幕式上，闪焰队开始实行他们计划的最后阶段，利用一只蓝色的基格尔德·核心z2的力量摧毁了密阿雷市。尽管小智和艾岚尝试抵抗闪焰队，但小智最终被艾岚背叛，小智从克蕾儿那里得知艾岚一直在为闪焰队工作。小智被闪焰队拘禁在棱镜塔塔顶，弗拉达利称小智为“被选中的人”，想利用超级进化的力量控制小智及甲贺忍蛙以便学会牵绊现象，但小智和甲贺忍蛙凭借自己的力量变成小智版甲贺忍蛙挣脱了束缚。在局面失去控制后，认知到自己被利用的艾岚以及认为局势失控的帕琦拉均协同小智对抗弗拉达利。之后小智告诉弗拉达利，一个和平的未来应该是由人类和宝可梦共同创造的，而弗拉达利没有权利摧毁这一切。弗拉达利斥责小智幼稚，并自由落体飞离了棱镜塔。之后，小智与莎莉娜等人会合，莎莉娜告诉小智玛农的哈力君被控制并成为了基格尔德外型巨石的核心，这块巨石由弗拉达利利用超级进化的力量创造，他期望通过撞击位于百刻市的陨石来毁灭整个卡洛斯地区。但在甲贺忍蛙的帮助下，小智和艾岚成功救出了被困于巨石中的哈力栗，并和伙伴们击毁了巨石，弗拉达利也在爆炸中失踪。在再见了，小智版甲贺忍蛙！库瑟洛斯奇的回击!!中，小智又打败了库瑟洛斯奇，彻底终结了闪焰队的阴谋。最终，小软和z2因卡洛斯地区的不稳定状态需要甲贺忍蛙的帮忙，甲贺忍蛙接受了小软的邀请，并与小智告别留下来清理事件后遗留的生态灾难。小软也和柚丽嘉道别并和她立下了再会的誓言。
密阿雷市在事件结束开始重建，希特隆也再度开始管理他的道馆。莎莉娜则为密阿雷市的市民们举办了一场特别的表演，并开始思考今后的目标。小智带领莎莉娜来到他第一天抵达卡洛斯地区时与希特隆对战的场地，并向莎莉娜发起挑战。小智告诉莎莉娜，自己在迷茫时就会进行对战，并且他会和皮卡丘一起支持莎莉娜的梦想。莎莉娜回以微笑，并在之后选择了自己前进的道路。在无尽的零！期待再会的那天!!中，一行人来到机场互相道别。小插曲后，莎莉娜启程的航班临近，她感谢小智改变了自己，莎莉娜称小智为她的目标，并且说在下次见面时会变成更加有魅力的女性。原本已经走下电扶梯的莎莉娜，突然转身跑回来，亲吻了小智，并和一行人道别。小智一度被莎莉娜亲密的举动给愣住，回过神后，小智更卖力地向莎莉娜道别。莎莉娜离去后，小智也与希特隆进行一场胜负未知的对战，并在黄昏的夕阳下搭机离去。最后小智回到了真新镇，在月光的照耀下抵达了自己的家。
由于魔墙人偶抽中了大奖，小智和妈妈便前往阿罗拉地区度假。小智将自己在卡洛斯地区收服的宝可梦交给大木博士，并从大木博士那里获得了一个蛋，大木博士吩咐小智将蛋交给自己的堂兄成也?大木进行研究。小智前往阿罗拉地区后，误打误撞地被当成宝可梦学校的学生，并认识了水莲、莉莉艾、玛奥、卡奇和马玛内。小智被阿罗拉地区的宝可梦和风土人情所吸引，决定留下来体验校园生活，他同时也获得了美乐美乐岛的守护神卡璞?鸣鸣赠与的z手环与电z。后来，小智了解到阿罗拉地区特有的诸岛巡礼，并决定参加以拿到新的z纯晶。小智通过了葱郁洞窟的考验，并获得霸主宝可梦猫鼬探长赠与的一般z，也因帮助居民赶走了作恶的阿罗拉的样子的小拉达和拉达从君莎小姐那得到了感谢状。其后小智战胜了哈拉，突破了大考验，哈拉本想赠与小智格斗z，然而卡璞?鸣鸣却把格斗z换成了电z，小智也因此再一次得到电z。小智来到马玛内的家中特训，在听取马玛内意见的特训起到效果后，授予z手环的卡璞?鸣鸣再次出现了，小智再战卡璞?鸣鸣，但未分出明确胜负。之后，在某次的机缘巧合之下，他和皮卡丘在无人岛宝物岛遇上了阿卡拉岛的守护神－卡璞?蝶蝶。小智也认识了美乐美乐岛上的火斑喵和年迈的长毛狗。由于长毛狗的病情加重，小智把它送到了宝可梦中心，但不久后小智重新回到宝可梦中心时却发现火斑喵和长毛狗已经离开。小智来到火斑喵平时的住处，但只有火斑喵独自在那里，火斑喵因为长毛狗的离开情绪低落，一直不理睬小智，然而在小智的努力下，火斑喵开始变得开朗起来，并加入了小智的队伍。
小智也收服了原本由库库伊博士照顾的岩狗狗。后来，小智认识了格拉吉欧并与之进行对战，但由于一些原因两人未能分出胜负。小智也目睹了岩石属性的z招式－毁天灭地巨岩坠，并听从了格拉吉欧的建议，决定去挑战阿卡拉岛的大考验。
小智和同学们在阿卡拉岛的岛屿女王丽姿和库库伊博士的带领下前往阿卡拉岛进行户外课程。小智也突破了树荫丛林的考验和丽姿的大考验，得到了草z和岩石z，并目睹了他的岩狗狗进化成为黄昏的样子的鬃岩狼人。户外课程结束后，小智和同学们回到了美乐美乐岛，但接着他们又因宝可梦学校成立20周年纪念典礼来到关都地区，而小智也因此与小霞、小刚重逢。在华蓝道馆，小智与小霞认真进行了一场道馆对战，最终他和皮卡丘使出的终极伏特狂雷闪击败了小霞的超级暴鲤龙。回到了阿罗拉地区，某日小智在梦里与索尔迦雷欧和露奈雅拉进行了一个“约定”。在去学校的路上，小智追着皮卡丘进了树林后看到了卡璞?鸣鸣，并在它所处的草丛里发现了正在睡觉的小星云，之后小智便负责照顾小星云。然而，以太基金会的分部长扎奥博为了能在基金会得到权力，他展开计划诱拐了小星云，并利用小星云的力量重新运作四年前被封印的机器。小智和同学们发现小星云不见后连忙赶去营救，虽然小星云被成功救出并进化为科斯莫姆，但究极之洞依然被打开，从洞中出现的虚吾伊德带走了露莎米奈。于是小智一行人为了解救露莎米奈而来到日轮祭坛，但等待他们的并非传说中的宝可梦索尔迦雷欧而是阿罗拉地区的四位岛屿守护神。在惊讶的小智一行人面前，它们首先展示了小星云的来历，随后站在基座上汇集能量，让小星云进化为索尔迦雷欧。在小星云进化之后，天空飘下了索尔迦雷欧z，而小智的z手环也在四位守护神的帮助下升级为了z强力手环。随后，小智同小星云一起使出了日光回旋下苍穹，并与同学们以及格拉吉欧乘着小星云进入了究极空间。而在究极空间内，小智和皮卡丘使出千万伏特击败了控制露莎米奈的虚吾伊德，使露莎米奈从虚吾伊德体内被释放。解决了究极异兽事件后，小智和同学们参加了库库伊博士和芭内特博士的婚礼，在露莎米奈的拜托下组成究极防卫队，并与小星云分别。
小智和同学们成功遣返了不少从究极之洞来到阿罗拉地区的究极异兽。其中有只究极异兽－毒贝比也来到了阿罗拉地区，究极防卫队决定在找到通往其所在地的究极之洞之前，由小智收服这只毒贝比。某天阿罗拉地区里的成年人都失去了精神，究极防卫队开始寻找其原因，途中奈克洛兹玛追着露奈雅拉从究极之洞来到了阿罗拉地区，并吞噬了露奈雅拉。后来小星云及时赶到，救出了露奈雅拉，但自己却被奈克洛兹玛吞噬并带离阿罗拉。究极防卫队将负伤的露奈雅拉带回治疗。露奈雅拉苏醒后，带着究极防卫队前往究极之洞寻找小星云，他们来到了毒贝比所在的世界，并从毒贝比的亲人四颚针龙口中得知奈克洛兹玛是阿罗拉传说中的“光辉大神”失去光的样子。因为奈克洛兹玛失去了光，毒贝比的世界陷入黑暗，所以小智的毒贝比为了替其他毒贝比寻找合适的居住地方离开了这个地方。。