那日一起参与讨论的术士之中有个叫刘生的，嫉妒卢生、侯生平日受始皇帝宠信，听到这番话便去向始皇帝告密。
始皇帝听说之后勃然大怒，命人封锁所有城门，进行全城搜捕，务必抓捕归案！然而此时二人早已逃出咸阳，守城士兵大肆追捕三日，并未捉到。
始皇帝训斥了咸阳令后，心中的怒火仍然无法排解，于是招廷尉蒙毅说道：“我以前收取天下书籍，将不合时用的全部烧毁，为的是统一思想，营造太平盛世；朝廷还招集了很多术士，希望炼制仙丹，得到奇药，以保太平！”
蒙毅见始皇帝怒气正盛，不敢顶撞，只得顺着说道：“陛下所思所想都是万世之计，企是这些江湖术士所能理解”
始皇帝并不理会蒙毅的话，接着道：“我为他们付出了如此之多，这些人却是怎么回报我的呢韩终离去后一直不来复命；徐福等人耗费巨万建造巨船，入海寻仙，至今也还是没有得到仙药；我对卢生等人很尊敬，赏赐丰厚，如今他却诽谤我，来加重我的不仁！
我现在每天听到的都这些术士以寻仙之名来欺骗朕钱财的事！如今这些术士不但找不到仙药，还聚众抨击朕，甚至制造怪诞邪说来惑乱百姓！是可忍孰不可忍！”
“陛下息怒，这些宵小之徒都是欺世盗名之辈，不值得陛下动怒！”
“你说蒙蔽皇帝该当何罪”
蒙毅不敢怠慢，道；“欺瞒皇帝，罪当死！依照刑律要活埋。”
“蒙毅，你立刻派人捉拿咸阳城中的术士，严加审讯，凡是打着仙人的幌子行骗之人一律下狱！私下有议论朝廷过失的人也一律逮捕！”
“臣领旨！”
于是蒙毅派人抓捕并审问咸阳城中所有的术士。很多术士以前都只是街头的地痞，没有什么骨气，只是为了迎合皇帝的欲望才诈称见过仙人，此刻为免除自己的罪过，互相告发。
最终查出触犯法禁的有四百六十多人，始皇帝下令全部在咸阳活埋，借以警戒后人。其余罪过轻微的则全部派遣到边境戍边。
听到这个命令，蒙毅大吃一惊，他负责案件的审理汇总，知道其中很多人是被其他人诬陷的，并没有罪，并且其中不少都是儒生出身，为寻求进阶之梯才当了术士，对帝国文人都有很大的影响力，因此蒙毅劝谏道：“陛下！四百多人之中不少是被牵连进来的，罪不至死，请陛下三思。”
始皇帝自从扫平六合以来，一直认为自己功盖五帝，前无古人后无来者，没想到卢生和侯生竟然这样议论自己，不仅否定了自己所有的功业，而且连一个合格的皇帝都算不上，其心中恼怒可想而知！如今当事二人全部逃脱，怒火无处发泄，如今蒙毅却求情，心中怒火又起，斥责道：“蒙毅！你也糊涂了吗天下之大，如果我连自己的尊严都无法保全还如何治理国家这些术士仗着我平日对他们的宠信，竟敢在背后抨击朝政，扰乱民心，如何能饶恕！你不必多说了，立刻处死所有在押的术士！”
蒙毅见到始皇帝如此决绝，知道再劝下去也不会有结果，只会更加激怒始皇帝，不得已只能领命而去。
长子扶苏与蒙毅一向交好，扶苏还娶了蒙毅的妹妹。蒙毅了解扶苏的脾气，知道他如果知道此事也一定会去劝谏始皇帝，因此出来皇宫便马不停蹄的赶到扶苏住处。蒙毅下马，连忙往长子府奔去。此时，扶苏正急匆匆的出门，二人差点迎头相撞。
蒙毅见扶苏一身朝服打扮，知道自己所料不错。但此刻他却假装不知，问道：“公子这是要急着干嘛”
扶苏道：“听说父皇要处死四百多个术士，蒙兄赶紧同我一起前往劝谏父皇，阻止这件事啊！”
蒙毅连忙拉住扶苏，道：“公子此刻千万不要莽撞，陛下正在气头上，现在去劝谏非但阻止不了坑杀之事，还极有可能惹火上身！”
扶苏不满的说道：“我一直以为蒙兄是忠义之人，如今怎可见死不救此刻不去劝谏，杀了这些术士，天下人必将认为父皇不明是非，滥杀无辜，大错一旦铸成，必将留下千古骂名啊！”
“此事我当然明白，不瞒公子，我刚刚就去劝谏过陛下，但现在陛下怒火难消，是听不进去劝谏的！”
“即使父皇不听我也要去！至少要让天下知道父皇身边还有忠臣！”
蒙毅拉住扶苏，急道：“公子三思啊！陛下身体日渐衰老，册立太子是迟早的事，现在不宜多生事端，触怒陛下！”蒙毅知道扶苏平日就与始皇帝多有芥蒂，这也极有可能是始皇帝迟迟不肯册立太子的原因，此番如果再触怒皇帝，太子之位就又远了一层。
扶苏根本听不进去蒙毅的劝阻，道：“身为臣子知道皇帝的过失而不指正，那就是不忠，是小人的行为，我扶苏岂是贪恋权位之人！”
于是甩开蒙毅的手，径直出了大门。
扶苏来到王宫觐见皇帝，始皇帝怒气刚刚平复了一点，正在批阅奏折。
扶苏进来之后，开门见山道：“父皇去年刚刚焚烧了天下之书，如今又要坑杀儒生，孩儿以为不妥。”
始皇帝冷笑一声，“哪里不妥说来听听！”
“现在天下平定不久，百姓尚未被安抚，儒生们主张学习效法孔子行仁政，是有利于天下太平的！不应当用刑罚来惩罚他们。而且这样也会留下父皇擅杀的污名。”
始皇帝一直认为自己被欺骗，现在扶苏又来指责自己，刚刚平复下去的怒火一下又被点燃，一把将手中的奏折扔到桌上，生气的说道：“这些儒生到处散布谣言，抨击朝政，混淆视听，难道有利于天下稳定吗我如今还活着，他们就那样污蔑我，容忍他们就能留下美名了吗”
扶苏争辩道：“古人云，防民之口甚于防川，天下如此之大，又如何能够完全禁止的了只有修圣德才能慢慢感化他们！”
始皇帝一向不喜欢儒家的学说，更加生气，道：“你何时也学会了儒生那一套动不动就仁政、圣德，如果这也可以治天下，为何周天子制止不了诸侯纷争看来只有让你见识一下杀戮，你才会知道儒生主张的那一套在现实中是根本行不通的！”
看到始皇帝发怒，扶苏不敢再争辩。父子二人沉默了片刻，始皇帝道：“你去陇西一带辅佐蒙恬监军吧！”
当日，始皇帝就下诏，令扶苏到北方监军。蒙毅得知消息后，喟然长叹！
始皇帝经历了卢生、侯生逃亡之事，心中非常郁闷。他也开始怀疑仙人是否真的能够找到。
随着年龄的增长，长子扶苏日渐成熟，在政治上也表现出了很多天分，他博闻强识，谦虚谨慎，心存仁爱，并且私下里亲近蒙毅等能臣，虽然在很多事情上与始皇帝存在意见分歧，但是始皇帝心中也不得不承认扶苏会是一个合格的接班人。
但是就性情上来讲，始皇帝却更喜欢与幼子胡亥亲近。胡亥没有任何政治天分，对国家大事也不感兴趣，但是他却对父亲发自内心的崇拜和孝敬，或许正因如此，他在生活中表现出更多的真性情。因此始皇帝每当遇到烦心之事，都喜欢让胡亥陪在身边。与胡亥在一起便会暂时忘记政治上的烦恼，只是以一个父亲的身份来教导儿子，也只有在此时才更能够体会到人生的天伦之乐。
就在扶苏离开咸阳的那个晚上，始皇帝心中烦闷，信步来到胡亥的宫中。
胡亥此时正在玩弄自己雕刻的木偶，见到始皇帝来到，连忙起身迎接，道：“父皇！您来的正是时候，快来快来，看看孩儿的雕刻！”
始皇帝一向宠爱胡亥，又没有对他寄予治国的厚望，因此对他喜好玩乐并不反感，只是让赵高教授他一些刑法断狱的常识。
始皇帝拿起两个小木人，“亥儿的雕刻越来越精湛了！这里怎么有一大一小两木人是不是因为小的那个木料不够了”始皇帝笑呵呵的问道。
“才不是呢，我是故意雕刻一个大的，一个小的，大的是父皇，小的是亥儿，我要永远陪着父皇，就像这两个木人，大的出现在哪里，小的就出现在哪里！”
“呵呵……难得亥儿如此孝顺啊！”始皇帝倍感温存。
“我还要雕刻好多呢，就像父皇下令制作的兵马俑，我也想照着兵马俑的样子为父皇雕刻出来一支威武的军队！”始皇帝曾带诸公子参观正在修建的骊山陵墓，胡亥对威武的兵马俑非常感兴趣。
“哈哈……那可需要太多了，你如果真这么想，就让下人们去雕刻好了！”
“亥儿要自己雕刻，我闲着也是无聊，不像大哥，父皇每次出巡都带着他，听说外面有好多好玩的，我都没玩过！”
“怎么，亥儿也想跟随父皇出巡吗”
胡亥立刻眼睛放光，道：“当然想啊，跟着父皇出去，不仅可以一直陪着父皇，还可以看看外面的世界，整天呆在宫中都快闷死了。”
始皇帝见胡亥如此孝顺，便开心的说道：“好，下次出巡朕也带上你，让你出去看看我大秦的江山！看看辽阔的大海！”
胡亥一听始皇帝答应带自己出游，兴奋异常，连忙道：“谢父皇，谢父皇！您是天下最伟大最仁慈的皇帝！”
“哈哈……”
与胡亥呆在一起，始皇帝瞬间感觉轻松了许多，因扶苏惹出的不快也一扫而光。
始皇帝三十五年，前后经过八年的修建，万里长城终于铸成，始皇帝心中对于帝国安危仅剩的担心——匈奴，已经被完全挡在中原之外。大秦帝国至少在表面上已经固若磐石！
此时，以咸阳为中心的驰道四通八达，使得皇帝出行和百姓流动大为通畅，商业开始繁荣。但这同时出现了一个意料之外的后果，就是四周的百姓开始不断迁移到咸阳，加上从原来始皇帝就从东方六国迁移了大量的富豪，咸阳越发显得拥挤。
始皇帝喜欢易服出巡，时常感到诸多不便：咸阳城道路狭窄，人流密集，如果有两驾马车迎面驶过必定会占据了全部道路，行人无处避让；而且很多新迁移到咸阳的居民四处建房，使得咸阳城非常杂乱无章。
于是在朝议时，始皇帝道：“我觉得现如今咸阳人口众多，先王的宫廷也太过狭小了。听说周文王建都丰，武王建都镐，丰镐之间，都是帝王的都城所在。”
中车府令赵高立刻明白了始皇帝的意思，便符合道：“陛下自即位以来，扫六合，平天下，建立空前的功业，而居住的却仍然是先王的宫殿，是不合时宜的。”
李斯也明白始皇帝的意思，咸阳城拥挤的情况他也非常清楚，因此接着道：“咸阳的皇宫是按照诸侯宫殿的标准兴建的，而今陛下振长策而于宇内，富有四海，远非此前的诸侯可比，的确不应该再居住在以前的宫殿，并且近几年来现在咸阳人口急剧增加，渭水之北受两河限制，难以继续扩展，臣希望陛下另建新城！”
丞相冯去疾却道：“这几年，国家不断征发民力，修驰道，筑长城，北逐匈奴，南平百越，老臣以为应当与民修养，新城要建，但不宜操之过急。”
赵高反驳道：“丞相此言夸大了，如今除了骊山陵墓正在修建，国家根本没有大的工程，臣以为此时恰恰是时机，可以用省下来的民力修建新城，使之与咸阳城相连，彻底解决咸阳拥挤的现象。”
始皇帝见群臣都赞成修建新城，便道：“诸位爱卿都忠于国事，我非常高兴，冯丞相说的也有道理，兴建新城事关国家大计，不可能一蹴而就，我想先在渭水南岸的上林苑中兴建朝宫，以朝宫为中心，再兴建新城，如今先兴建朝宫，听说中车府令精通营造之事，希望你为我规划新宫。新宫即在渭水之南就暂时称作阿房宫吧！”
“臣一定不负圣望！”
一月之后，赵高绘制了新宫的图纸，对新皇宫进行了全面规划：新都城按照宇宙图式建造，朝宫之内引入渭水，象征天河，天河中间修建兰池，象征浩瀚的大海，然后兰池之中建造寝宫，称为仙岛，始皇帝闲暇之时便可在仙岛上求仙问道；
前殿是阿房宫的主体宫殿。东西五百步，南北五十丈，殿堂上可以坐一万人，殿堂顶下可以竖立五丈高的旗帜。周围环绕着架起阁道，从殿下直达南山。在南山的山顶上修建标志，作为门阙。在空中架设道路，从阿房宫渡过渭水，与咸阳相连接，以此象征天下阁道越过天河直至营室；
阿房宫门阙为磁石门，凡是觐见皇帝的人都要从此门经过，这样，行刺者所携带的兵器便会被磁石所吸引，从而保卫皇帝安全，震慑四夷；
此外，新宫之中还修建了上天台和祭地坛，分别祭祀天神和地神，以保佑大秦江山永固，万世不息。
始皇帝看了大为满意，于是召集隐官刑徒七十多万人，分成几批营造阿房宫，或修建骊山工程。挖运北山的石头，输送蜀地、荆地的木材，都集中到这里。关口口计宫殿三百座，关外四百多座。