澎湖海战之后，施琅并没有立刻挥师东宁，这主要是基于三个方面的考虑。第一，清军其实也在澎湖海战中也损失非小，施琅需要等待铜山开来的援兵和战船，而且施琅对投降及俘获的万余郑军尚不放心，打散了重编也需要时间；第二，正如施琅在《飞报大捷疏》中宣传的那样，“台湾港道纡回，南风狂涌，深浅莫辨”，他需要时间来寻找带路党；第三，也是最关键的一点，施琅希望利用澎湖一战的结果来分化、威慑、策反、诱降明郑各级官员，从而达到不战而屈人之兵的效果。
为此，施琅派人对投降及被俘的伤兵进行医治并“赏以袍帽、给以糇粮”，还利用其求生思归的心理，对其宣示曰：“父母妻子必谓汝等已死，日夜悲汝。余纵汝归，复见父母妻子，宁不甚乐”
趁着伤兵们因为可能死里逃生的感激，施琅进一步施展诱降之策：“汝今归，为我告台湾人速来降，尚可得不死，少缓，即为澎湖之续矣”
正是由于施琅的攻心计，所以出现了“皆感泣拜舞，归相传说，东人由是大悦，各思归顺”的一幕。再加上此时姚启圣也利用澎湖海战后明郑水师丧失台海控制权的机会大肆的派遣奸细潜入台湾，一时间东宁风声鹤唳草木皆兵的局面。
郑克臧虽然第一时间下达了扣留遣返伤员的命令，但东宁海岸线漫长，沿海港口甚多，地方汛兵、警察与伤兵的亲友关系等诸多原因，并未能有效的遏止奸细及伤兵带回来的各种不利信息的快速散播。
对于可能动摇郑军最后战斗意志的种种传言，郑克臧便率百官公祭殉国将士作为回应。公祭大会上，郑克臧对于所以殉国将士追授爵谥。其中江胜、陈启明等十一人获得伯爵的追授及忠勇、忠毅的谥号，其子弟当场获准袭爵，而余下四百余名中下级军官追授指挥使至百户的显爵，其子弟也准予荫授加赐一等显爵，至于剩下的一万多战死士卒家庭，郑克臧也许诺以免去十年田赋及子弟免费就读蒙学等丰厚的追赠。
除了大肆表彰殉国者以外，郑克臧还根据遣返伤兵的报告，对果毅中镇杨德、游兵镇陈明、果毅后镇吴禄、中提督前镇黄球、左翼将廖冬、神威营杨章、中提督中协副总兵张显、骁翊营副将洪良佐、统领右先锋领兵副总兵李锡、右先锋营副总兵黄显以下一百六十五员降清的武官予以剥夺官爵封号、没收田土、家人看管的处罚。
然而郑克臧表忠惩逆的举动并没有让蠢蠢欲动的人心安稳下来，短短十天之内，就有四十多位明郑各级官员从黑市购买外逃船票，在不知情的情况下向郑克臧奉献了大笔财物之后，携眷属仓惶逃亡广南、琉球、日本。
“请什么罪，余向来不主张搞什么株连九族。”郑克臧向跪在自己面前的一众童子军青年武官们摆了摆手示意他们站起来。“逃了的总比降了的好，而投降的也未必是真的甘心做鞑子的顺民，但不管怎么说，这些都跟你们没有关系。余的曾祖、数祖、叔父不也一个个跑到海峡对面去了吗？有治过余父祖的罪吗？”童子军乃是郑克臧最后的依仗，他当然不可能让他们乱起来，因此他只能选择安抚。“人各有志，余不强求所有人都能抛头颅洒热血，但你们能选择留下来跟余同生共死，余很欣慰。”郑克臧的话让处事不深的青年武官们热泪盈眶。“不过，余欣慰并不说明什么，就像当年先祖潮忠武王一样，你们自己也努力要做出一番事业来，好让你们的家人看一看，谁的抉择是正确的。”郑克臧在几名武官的胸膛上捶了捶，又在其他几个的肩上拍了拍。“都不要胡思乱想了，归队去吧吧，余还等着打赢了这一仗后亲自为你们授勋”
童子军武官们低着头来挺着胸出去了，但郑克臧却捏紧了手中的拳头，原因无他，他刚刚接到报告何佑投敌了---何佑封锁了淡水河扣押了两艘运输铁矿石的琉球营商船，还打死打伤多名童子军，一切的一切表明郑军内部也趋于瓦解了。
“把何乾叫来。”郑克臧思考了半天，最后作出了决定。“再把王进功、张学尧也叫来。”
很快三个人出现在了郑克臧的面前，郑克臧扫了扫他们三个：“你原本是一介协将，在军中根本没有出头的机会，是进了童子营之后，余一手把你简拔到现在的位置上的，你自己说，余能不能信得过你！”
何乾和王进忠等一起出现原本就有纳闷，如今听到郑克臧这么一说，脸上更是浮现除了疑云，不过狐疑归狐疑，他还是俯首应道：“臣值得信赖！”
“好一个值得信赖？”郑克臧冷笑着。“何佑是你的族兄吧。”何乾心头一紧，就听郑克臧说着。“何佑是本藩宿将，当年追随父王屡有战功，因而简拔到右虎卫将军的地位上，也算得上是本藩一员虎将了，余委他重任，然而他又是怎么报答本藩的，投敌！有这个成例在先，余为什么要相信你！”
何乾大恐，忙回应道：“世孙，何家从国姓爷开始三代效力于军前，累受先王和世孙的重用，臣那兄长他又怎么可能投敌呢？世孙，是不是搞错了。”
“真的假不了，假的真不了。”郑克臧冷冷的看着他。“何佑投不投敌暂且不说，余问的是，余为什么要相信你！”
“臣，臣！”何乾汗流浃背，他知道一个回应不好，边上的侍卫就会拔刀相向，憋了好一阵子，他咬了咬牙关一下子跪伏在郑克臧的面前。“臣自信忠心耿耿，然剖肝沥胆以示忠贞，但童子军一手由世孙肇建，臣不过是一个上令下达之人，无臣，世孙指挥童子军第二镇也能如臂使指，由是，臣请世孙解除了臣的职司。”
“说得不错。”郑克臧点点头。“童子军少了你也照样听余的指挥，而你只有在童子军的体系中才有价值，所以你不可能反，也不敢反。”这话说到了根子上，不反郑克臧，何佑是堂堂的镇统制，要是反了郑克臧，他连一个兵都调不动，自然在施琅面前也就无足轻重了。“你心里知道就可以了，起来吧。”
何佑自觉的自己脱虚了一般，晕晕乎乎的站直了身子，此时郑克臧步到王进功、张学尧的面前：“你们两个，余凭什么要相信你们呢？”
对于这个话题王进忠早有考虑，因此郑克臧一说，他马上躬身回禀道：“臣，臣不想跟尚之信和耿精忠一样落个身首异处、家人充军宁古塔的下场，所以世孙大可相信臣的忠心。”
“臣也是一样。”张学尧跟着禀报着。“臣更不想被人以逆臣的称呼记载在史册上。”
“很好，看来你们脑子都很清醒，知道东宁一旦易主后自己的下场，如此余也就放心了。”说到这，郑克臧突然脸色一肃。“何乾、王进功、张学尧听命。”三人齐齐应声。“王进功，余委你为左虎卫镇总兵、张学尧为左武卫镇总兵，何乾你率童子军护卫二位大人上任，若左虎卫领兵副总兵江高、副将刘毅升、左虎卫领兵副总兵黄豹、副将江篇、谢宽以下两镇将官或有异议的，毋须回报一律擒拿，若有敢抵抗，则格杀勿论！”
明显郑克臧是对明郑的统兵官们已经彻底失望了，听得出他话里的杀机的三人不敢怠慢领命之后急匆匆的跑了出去，郑克臧这才喘了一口气，只要这两镇被搞定，剩下的六镇不过三千人，已经对台南的防御没有太大的影响了，而且杀鸡儆猴之后，要是他们还有异动，郑克臧也只能用愚蠢来形容了。
当然，除了在台南承天府一线的各部以外，倒风内海及中北线鹿港一带的守军同样不容有错：“来人，四百里加急，今夜之前一定把这封信送到定西伯手上，另外再告诉他，若查知有谁私通北虏，准他先斩后奏。”
吴淑也是从清军方面投向明郑的，郑克臧希望他能跟王进忠、张学尧一样知道进退，当然他更希望吴淑手上能沾上明郑将门的血，这样的话，将来，如果有将来的话，他也只能全心全意为郑克臧效劳卖命了。
“洪拱柱。”郑克臧在屋子里急走两步，此人是陈纤巧的嫡亲母舅，要去信的话也只能让陈纤巧执笔了。“来人，请夫人过来一趟”
郑克臧忙着应对军心不稳，施琅则是一手接着一手使着分化的伎俩。七月三日，施琅派遣署后营游击曾蜚以招降的名义赍书进入东宁，这一下又引起了东宁百官的争议