厦门被独立军光复后，日本陆军弘前师团的师团长立见尚文中将算是比较聪明的一个，战斗才开始没有多久，他也不知怎么地，在卫兵地护送下高举白旗，居然让他摸到了一师二旅的旅部，直接向二旅旅长投降，避免了被杀的命运。
至于侵华日军的总指挥，山泽静吾大将就没有那么幸运了。日军崩溃后本也想自杀效忠的他，刀刃才横切到腹部，突然一颗炮弹打中了他的指挥部，让他当场就昏了过去。后来打扫战场的独立军士兵，从他的肩章上发现捡到个大官，也不管是大将、中将、还是豆瓣酱，反正往师部一送就算了事。
至此，从1904年7月11日到8月3日，历时二十三天的厦门战役结束。二十三天的战斗，日本侵华日军两个师团人，被我中国军民打死打伤人，俘虏人。民族独立军方面，伤亡3358人。
自鸦片战争起，中国军队首次在对外作战中取得了一场辉煌的胜利。
为了配合中国军事盟友在厦门取得的大捷，俄国旅顺守军在局部展开反击。决意先打好对俄战争的日本政府，打定主意要从福建战场抽身，将中国问题暂时放一放。8月6日，原日本驻上海领事馆总领事小田切万寿之助被撤除总领事职务，改由日本原驻汉口领事永泷久吉接任，希望能尽快与军政府达成和谈，营救出被俘的山泽静吾大将和一万多日军。
经过一个多月拉锯式的艰苦谈判，双方终于在9月12日达成了《九一二协议》。协议规定，军政府归还日本军舰“秋津州”号，并允许日方派人接收，必须于10月底前驶离上海；同时释放被俘日本官兵，归还阵亡日军将士骨灰。日本则以军舰保管费，俘虏饮食生活费的名义，象征性地给付军政府白银五万五千两。
对于这种变相性质的赔款，是李国勇必争的，哪怕只赔一两银子他也要！中国与列强历来的各种条约，从来只有赔款、割地，丧权辱国，这种让中国人蒙羞的事情，李国勇决意要从自己这里废止。
当《九一二协议》传回日本国内的时候，日本政府勃然大怒，认为赔款这一条严重损害了大日本帝国的尊严，虽然对已经生效的协议无可奈何，但还是当即又免除了永泷久吉的领事职务，再次改由山野吉明接任。一个多月的时间接连撤换两位领事，也算是开创了各国外交之先河了。
在李国勇的授意下，协议内容很快传遍了国内，继厦门大捷的喜讯之后，民众再次沸腾起来。多少年了，从来只有咱中国给洋人大把大把地赔银子，几时见过外国人从口袋里掏出银子来赔给中国？这时候的李国勇和他的军政府，威望达到了一个新的高峰。
李国勇恪守承诺，协议生效的第二天，立刻指示归还了日舰“秋津州”号，并开始分批释放俘虏。但日军俘虏中以立见尚文中将为首的三千多人，却因害怕回国后受到军事法庭地审判，而死活不愿意回去，这正中李国勇的下怀，三千多日军被李国勇集中在了一起，由军政府派出的政教人员对他们进行洗脑运动。
对于这些日军的去向，山野吉明数次对李国勇提出了抗议，但总是被李国勇以各种借口推托了过去。而立见尚文为首的三千日军，在未来数年后爆发的中日大战中起到了很大的作用。
中日厦门之战的意义，其实远不止协议中的赔款那么简单，民族独立军经此一战，积累了大量的实战经验，推动了军官战术水准地发展，更重要的是初步消除了士兵们对于外国军队的心理障碍，为将来多次的对外战争打下了良好的基础。
至于李国勇，中日战争地爆发很大程度上是他一手促成的，战争前的准备并不充分，战争结束后的协议也不让他满意，但对于民族独立军的战斗力却让他有了一个新的认识，对于国际盟友在此次事件中的态度，也令他在日后更加坚定地倾向到德国一方。
喜事总是一桩连着一桩，中日协议签署完没有几天，李国勇家里居然传出了两位如夫人王青颜和傅馨萍同时怀孕的特大喜讯，这让李国勇开心得快发疯了。来到不属于自己的这个时代已经整整六年了，对于能不能让老婆怀孕，李大帅是很持怀疑态度的，现在突然有人告诉自己就要当爸爸了，这让他开心得大摆宴席，和厦门大捷的庆功宴干脆来个双喜归一，凡是能请的一个个都请到了。
那些文职官员们倒还规规矩矩，但打了胜仗的军官们可就不太客气，俩位大帅夫人他们是不会怎么为难的，可大帅那是万万不能放过的，你方敬罢我来敬，到后来连一贯严谨的蔡锷张孝淮也加入到了敬酒的大军，一碗碗酒象白开水一样倒入了大帅的肚子里。
喝的已经有了八分醉意的李国勇，举起一大碗酒大声说道：“让我们为胜利干杯！让我们为终于报了那么一点点甲午的耻辱干杯！让我们为伟大的民族独立军干杯！”
一片哄然声中，不管酒量大的，酒量浅的，都喝光了面前的酒。
李国勇又满满地倒上了一碗：“这一杯，让我们为英勇的战斗工兵团干杯！为牺牲了的独立军官兵干杯！为死难的中国老百姓干杯！”
这时的场上突然一下子安静了下来，不知怎么的，李国勇竟然流下了眼泪，他把满满的一碗酒慢慢地洒在了地上，直起身子吟唱道：“怒发冲冠，凭栏处潇潇雨歇。抬望眼，仰天长啸，壮怀激烈。三十功名尘与土，八千里路云和月。莫等闲白了少年头，空悲切。靖康耻，犹未雪；臣子恨，何时灭！驾长车踏破贺兰山缺。壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血。待从头收拾旧山河，朝天阙！”
他泪流满面，注视着场中的每一个人，缓缓地说道：“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血。待从头收拾旧山河，朝天阙！我李国勇在此发誓，有朝一日，我要壮志饥餐列强肉，笑谈渴饮倭寇血！我要收回属于中国的每一寸土地，我要打造一个强大无比的中国！我要让天底下的每个国家，从此后都在中国的脚下颤抖！若违此誓，天诛地灭！”
说完他将碗狠狠地砸在了地上，碎声中，他的声音感染着在场的每一个人。
见大帅已醉，杨度急忙使眼色将李国勇连拖带拽拖了出去。