为何要在二选一的时候，挑王行瑜下手呢？
首先，从犯罪性质入手，王行瑜是称兵犯阙的主犯，李茂贞是从犯。
讨要尚书令的人，是他王行瑜；要求吞并禁军基地的，是他王行瑜；在长安城挑头作乱、焚烧剽掠东市的，是他弟弟王行约；最早提出要皇上移驾的，是他弟弟王行约；在长安为争抢昭宗而大打出手的，是他弟弟王行实……
是他，是他，还是他。
其次，从综合实力分析，王行瑜相对来说是个软柿子。
李茂贞的综合实力要高于王行瑜，在关西集团中，王行瑜扮演的也是李茂贞的小跟班。剿灭王行瑜更容易一些。
最后，是地缘政治的考量。
留下的这位，是要用来制衡李克用的。参照第二条，只有李茂贞具备这个实力。
因此，昭宗要力保李茂贞，而拿王行瑜背锅。
昭宗派两位亲王到李克用那里解释，让李克用务必接受李茂贞同志诚挚的道歉，等铲除了逆贼王行瑜之后，再讨论其他问题。为了拉拢讨好李克用，昭宗密令两位亲王一定要屈尊管李克用叫“大哥”。
两位王爷可都是昭宗皇帝的亲兄弟，皇上的兄弟跟你称兄道弟，你李克用多大的脸！
李克用派他的儿子李存勖前往皇帝行宫，给昭宗请安问好。
李存勖当时还是一个年仅11岁的小孩儿，年纪虽轻，却长得器宇轩昂，仪表不俗。
昭宗对李存勖的相貌很是惊奇，爱抚着小朋友的脑袋，说道：“孩子，我看你不凡，日后必成国家栋梁，你可要尽忠于皇家。”
李克用清扫了长安地面，上疏请求圣驾还朝。
8月27日，昭宗抵达长安。
在李克用的军事支持下，昭宗刚到长安就下诏将关西集团的走狗、吃里扒外的宰相崔昭纬免职。不久之后，再贬崔昭纬为梧州司马，不久赐死；
崔昭纬的同党，刘崇鲁，被贬为崖州司户；崔昭纬的兄弟——静难节度副使崔鋋，也同样罪不可赦，此前，昭宗特意下诏全军，“破贼之时，勿令漏网”，非弄死那小子不可。
这是整顿文官集团的好机会，可历史很会开玩笑，刚刚铲除了文官集团中的毒瘤，宰相孔纬就因病医治无效，于长安逝世。昭宗不胜其悲，“难道上天不愿看到大唐复兴？何故斩我手足？”
李克用继续对王行瑜穷追猛打，王行瑜实在招架不住，于是向李茂贞求救，李茂贞派兵一万协防。
李克用上疏，要求昭宗诏令李茂贞退兵，同时还要批准自己对李茂贞发动进攻。
昭宗发布最高指示：既然李茂贞主动诛杀元凶李继鹏，说明他已经回心转意，既往不咎，你不准打他。
另诏李茂贞：疯了吧你？别这么不懂事儿！赶紧退兵，要乖哟。
王行瑜丢城失地，连连败退，儿子王知进也被生擒。李茂贞派来的凤翔援军也被李克用击溃。万般无奈之下，王行瑜逃回邠州大本营，派使节呈递奏章，表示愿意投降。
李克用率军包围邠州城。
王行瑜登上城楼，哀嚎痛哭，向李克用哭道：“我王行瑜有什么罪？胁迫皇上，那是李茂贞、李继鹏父子干的好事，跟我毫不相干！不信去凤翔问问，我愿意亲赴京师，负荆请罪。”
李克用“呵呵”一笑，冷嘲热风道：“王尚父（王行瑜求封尚书令不成，昭宗赐号‘尚父’以宽慰他），干嘛如此卑躬屈膝？我可承受不起啊。不是我要为难你，而是朝廷有诏讨伐三个贼子，您恰巧榜上有名，我是奉旨办事而已。至于去朝廷请罪嘛，这事儿，我可做不了主。”
王行瑜自知不敌，于是放弃负隅顽抗，带着全家老小，弃城北逃。逃到半路途中，被部下诛杀，人头连同妻儿老小二百余口，被押送朝廷。
李克用进入邠州，查封库房等机关要地，出安民榜安抚百姓，上疏朝廷奏捷。
在攻克邠州之前，昭宗皇帝还送给李克用一份大礼，这份大礼基本是前无古人后无来者的，昭宗把老婆送给了李克用。
昭宗皇帝的魏国夫人陈氏，颜值高而且有才华，才色双绝，在后宫里独占鳌头。昭宗皇帝把她赐给了李克用，使唤丫头随行奴婢们，也一同赐给了李克用。
等李克用拿下邠州之后，昭宗又晋封李克用为晋王，李克用的爵位由两字郡王（陇西郡王）上升到了一字并肩王（晋王），从此，“晋王”这个称号将陪伴李克用的一生。自李克用以下，凡有功之臣及其子孙全部加官晋爵。
李克用派谋士李袭吉到朝廷叩谢皇恩，李袭吉秘奏昭宗，“关中一带长期以来不能安宁，主要是受关西集团威胁，应该利用这次军事行动，把凤翔也一勺烩了，方能一劳永逸，安享太平。晋王就在渭水北岸，只等陛下一声令下，大业可成！”
昭宗下诏褒奖李克用对国家的忠诚和英勇，特别强调：王行瑜才是罪大恶极的始作俑者，自朕离开京师之后，李茂贞、韩建都幡然悔悟、浪子回头，不断给朝廷进贡，以赎罪。国家遭逢此难，更应该休养生息，不可再生战端！
使者宣读诏书完毕，李克用私下找到他，说道：“我看皇上这意思……似乎是猜疑我的动机啊。要知道，李茂贞才是威胁中央的叛徒，李茂贞一天不杀，朝廷一日不宁。烦劳您通融一声，我没别的意思，就想为国除贼、为民除害。”
此地无银三百两。你没别的意思，别的意思是什么意思？
昭宗再下诏书，明确告诉李克用：战争结束了，你也该早日回家洗洗睡了。另外，念你打仗这么辛苦，朕特准你不必亲自来京师觐见谢恩了，早点儿回去吧。
李克用驻扎在渭水北岸，与长安隔渭水相望，可以说是近在咫尺，起步价的距离。昭宗愣是不让李克用入京师。
显然，昭宗畏惧李克用甚于李茂贞。
李克用开会征求大家的意见。将领们义愤填膺，“近在眼前，岂有不朝见之理？明摆着，是防着我们！皇上太糊涂，太偏心了！”
将领们群情激愤，要求李克用即刻入京，先踏平凤翔李茂贞，然后……你懂的。
李克用犹豫不决，就问他身边的头号智囊——盖寓。
盖寓深受李克用的信任，聪明机智，最能揣测李克用的心灵世界，每次都能用李克用爱听的话婉转地规劝、提议，因而每次提议都能被李克用采纳。
李克用性如烈火，脾气暴躁，有时会对没有犯错的将领大发雷霆，一般人只会劝李克用息怒，而盖寓却会装出更加怒不可遏的样子，挺身而出，大骂这位无辜将领，恨不能当场宰了他，李克用反而会立刻恢复了理智，转而劝盖寓冷静，无辜将领也就得到了原谅。
李克用本身是没多少文化的，所以盖寓劝谏的时候，总能以接地气的俚语、通俗的比喻，让李克用快速明白某个道理。因此，李克用非常信任和器重他。
在河东军，盖寓的名望地位仅次于李克用。无论是朝廷还是其他藩镇的使节，只要来河东办事，在给李克用送完礼之后，必然要再给盖寓送去一份。
可以说，盖寓在河东集团中稳坐第二把交椅。一人之下万人之上。
朱温层多次派人挑拨离间，在河东境内散布谣言，说盖寓心怀二心，要取代李克用。李克用听到这些话后，总是“哈哈”大笑，不但不猜忌盖寓，反而对他更加优厚。
但凡有人想通过贿赂谋取官职或封地，最快、最稳的途径也是通过盖寓疏通关节，让盖寓在李克用面前美言几句。李罕之、刘仁恭之辈，皆是如此。
诸将七嘴八舌地争论不休，李克用本人也举棋不定，这时候，李克用就要认真听取盖寓的意见了，盖寓的意见将成为李克用的最终决策。
盖寓说道：“以前王行瑜那帮人，称兵向阙，犯上作乱，害得天子出奔、人民逃散。今日，天子尚未坐稳龙椅，人民亦成惊弓之鸟，大王如果渡过渭水，恐怕京师会再次陷入恐慌。依我看……就不要去京师了。还请大王三思。”
李克用笑道：“连盖寓都不愿意我入朝觐见，何况天下人民了。”于是上疏朝廷，说自己不愿让京师惊惧，也不敢久驻渭水，以免惊扰附近百姓，那么……拜拜了。
李克用即日点齐兵马，拔营起寨，兵退河东。
消息传来，京师一片欢腾。