耿继茂所言不虚，次日午时过后，大队的靖南军高打李字将旗从赣州东城进了城。
而在磨刀寨侥幸逃脱的乌真超哈协领左元也是一脸血污地逃回了设置在章江两侧的清军大营。
左元是明朝大将左良玉的孙子，其父便是领着几十万大军不战而降的左梦庚。顺治六年清廷叙左梦庚率兵来降之功，授其一等精奇尼哈哈番。后左梦庚从英亲王阿济格讨大同叛将姜镶，攻左卫城克之，擢进镶白旗固山额真。
顺治十一年左梦庚病死，年仅十二岁的左元袭其一等精奇尼哈哈番爵位，汉军镶白旗任协领。
经左元证实若不是靖南王提前做了布置，后队的七千汉军很有可能全军覆没之后，再结合哨探的消息，众人心知耿继茂说的是实情。
济度虽然因折了沈永兴以及乌真超哈的炮队，心中不爽，但是靖南王耿继茂毕竟也是一镇亲藩，他此刻在朝中势弱，为了拉拢耿继茂，却是亲自下座向耿继茂赔礼道：“本王此前错怪了靖南王，还请靖南王海涵。”
耿继茂因为手中兵少本就没什么话语权，只好就坡下驴道：“简亲王，大家都是为了朝廷，本王也不是那么小气的人，只不过如今乌真超哈全军覆没，我等如何破赣州，如今福建空虚，本王担心安南将军那边顶不住海贼的压力。”
他面上虽是一脸正色，一份忧国忧民之状，然心中却在盘算，打小李贼，你们莫不是疯了，现在还没和小李贼主力交手，就已经折了宁南将军罗托和续顺公沈永兴了，再打下去谁知道又会出什么事，本王还是寻机会返回福建，你们谁愿意打谁打去。
不过他是越看左元越喜，这小子别看年纪不大，到是挺机灵的，至少没将自己临阵脱逃的事说出来，左梦庚门生故旧挺多的，若是将左元纳入自己麾下的话，说不定还能在镶白旗汉军中拉拢几个牛录过来。
耿继茂借着海贼的名头欲率军返回福建，济度和洪承畴也不好阻拦，左右靖南藩下汉军只剩两千余人，守在这里对大局也没有什么影响，遂同意他返回福建。
他不敢在赣州多呆，得到洪承畴等人同意后，即率军东返，又私下和左元接洽了一下，并许诺左元只要和他一起返回福建，就向北京请旨，让他领镶白旗都统。
左元自磨刀寨之战后，也对目前的形势不看好，二人是一拍即合，即和耿继茂同去福建，并向其父在浙江的旧部卢光祖和张应元派去了信使，着其二人速率军赶至福建。
没有红夷大炮相助，洪承畴也没有什么好的办法破开赣州城，长沙知府郭之治献计道：“莫如挖掘章江、梅江的江堤，来个水淹赣州，只要大水浸透了城基，破小李贼那是易如反掌。”
济度却是摇头说道：“如今方才四月初，章江水位并不是很高，如何能够水淹赣州城？况且一旦掘堤，满蒙八旗战马不能驰骋，若是被贼寇打了反击那就不划算了。”
“不能强攻，咱们就在围城，依本督的意思继续在赣州东北增加营垒将城池团团围住，再广设旗帜，分兵驻守，本督到要看看这小李贼如何能够溃围。”在没有更好的办法下，洪承畴只得使用锁城法围困赣州了。
洪承畴企图围死赣州的策略得到了简亲王济度的认可，在没有重炮助战的情况下，如果蚁附攻城的话，更本打不下拥兵五六万人又有三百余门火炮的坚城，洪承畴所献的锁城法无疑是最稳妥的办法，因为一旦围城日久，城中物资匮乏的话，守军必然军心涣散，到时候赣州可一举拿下。
二人定计之后，即令满蒙八旗四处出击，务必将赣州周左的百姓全部抓来助大清军修建土城炮垒，以及各种攻城器械。
清军意图围城，当夜胡全才就是派了麾下的心腹游击贾贵返回赣州向李兴报信，为防走漏风声，更是着贾贵进城之后将各将的家小安顿好之后，万万不可返回城外大营。
贾贵进城后就是向李兴禀报了城外清军的情报“大帅，城外的建奴有兵九万余，其中满蒙汉八旗有三万五千余人，绿营兵计有河南绿营张胆部八千、山东绿营王国栋部八千、潮州绿营吴六奇五千部、加云南绿营李本深和白广恩部三万，还有武昌绿营董学礼残部四千余人，由于其乌真超哈为我军击败，故大小火炮只有近二百门，时下洪承畴意欲四面合围赣州城，将我赣州围死，还请大帅早做决断。”
李兴闻言就是开始思索如何应对洪承畴围城之计。
东阁大学士郭之奇笑道：“李帅我赣州军马尚有军帅府直属一万八千余人，第四镇和新三镇得到补充后，目前俱是满编，有赣州坚城可以依托，又有各种火炮三百余门，清军围城，我军就凭险而守，待桂林的万提督发动攻势，洪承畴必然退兵，到时候咱们再挥军衔尾追击，三楚一鼓可定也。”
第四镇镇将李广恩和新三镇镇将林善至二人则认为，如今大帅和唐王均在赣州城，若是洪承畴不管湖广，全力封锁赣州，一旦清军围城，浙江、南都的清军再赶到战场的话，那赣州迟早会被清军攻破，所以向李兴建议莫如出城袭击城南的清军大营，以缓解清军围城的时间，再调韶州之兵前至赣州助战。
“洪承畴囤兵城下，此人可不是罗可铎和尚可喜可比，城南清军大营之中必有埋伏，故出城击敌之事不得再议，召秦风部进入江西到是可行。”
李兴思索了一下就是又说道：“传本帅令谕，赣州各部不得命令不得出城接战，再给韶州传信着徐天佑留守韶州，秦风和陈博统兵进入南安和吉安，不要攻城掠地只需截断清军粮道即可，本帅到要看看谁先撑不住。”
李兴下令之后，即在清军尚未修好防线之前，即令军帅府千户张邵谦立即前往韶州送信，着陈博和秦风二人立即率军北上务必切断由南安和吉安通往赣州的粮道。
由于靖南军并不出城袭扰，清军的防线修建的极其顺利，至四月十五日清廷大军完成了对赣州守军的合围。
洪承畴又以湖广兵守东南防线，济度兵少则守东北防线，数万大军将赣州城堵的是水泄不通。